1638年（崇德三年）農曆十二月二十七日，代善自行檢舉說：“我延誤了排班，可以送去法司審擬。”法司審理核實定罪，被皇太極赦免。
1639年（崇德四年）農曆五月，傳來代善的兩個兒子嶽托和瑪占率軍征明均歿於軍中（死於1638年，崇德三年）。噩耗傳來，代善下馬倒地痛哭，良久，皇太極命左右扶代善上馬，且哭且行的過程中，代善再次哭倒於馬下。喪禮過後，因代善家居痛悼，農曆十一月十四日，皇太極率諸福晉，和代善以及諸貝勒、文武官員等，去葉赫狩獵，農曆十一月十六日，至拜虎地方折回。時值冬至祭天日，打獵來到一個叫盈格的地方，代善騎在馬上射獐子，馬匹跌倒導致代善腳部受傷，皇太極策馬至前，下馬親為代善包紮，以金巵賜酒，飲畢歎道：”朕以為兄長年高不可馳馬，兄長奈何不自愛？“於是停止射獵，返回盛京途中，命代善乘輿緩行，日行十五或二十裡。
擁立順治
1643年（崇德八年）農曆八月九日晚，皇太極突然駕崩。最有可能的繼承人有三位，一是皇太極的長子豪格，他有其父擁有的強大的正黃、鑲黃二旗作後盾，他自己南征北戰二十年，軍功卓著，先後榮任和碩貝勒、和碩肅親王，並統攝六部至中最重要的戶部，且豪格在八旗王公大臣中還享有比較高的威望。另一是和碩睿親王多爾袞，他擁有自己的正白旗和弟弟多鐸的鑲白旗，人馬眾多，因長期受到皇太極的寵待，還得到了不少老臣的支持，所以勢力相當強大。再一位和多年前一樣還是代善，雖然代善雖已退居幕後數年，但他擁有正紅、鑲紅二旗，曾經統兵出征吒叱風雲三十年，為後金——清國的建立與強大，建樹了不可磨滅的功勳，在八旗王公中，他資曆最老，地位最高，又有碩讬、瓦克達、阿達禮、愛新覺羅·羅洛渾、滿達海等一批封授王公爵位的兒孫，勢力其實是最強大的。在議立新君的過程中，兩黃旗的主要大臣欲立豪格為帝，兩白旗擁戴多爾袞。
皇太極死後的第五天，即農曆八月十四日，代善召集議政王會議，共同議立嗣君。在會議過程中，多鐸提出：“不立我，論年紀，應當立禮親王代善。”
代善說：“睿親王如果應允，當然是國家之福；否則，豪格是皇帝的長子，當承大統。至於我，年老體衰，難得勝任。”
多爾袞一看自己和豪格都不會得到一致擁護，於是，他提出一個折衷方案，即立皇太極第九子6歲的福臨為帝，由濟爾哈朗和他自己輔政。當諸王貝勒會議通過折衷方案後，代善立即召集所有文武大臣、王公貴族共立誓書，昭告天地。1643年（崇德八年）農曆八月二十五日，6歲的福臨正式舉行登基典禮，繼承了皇位，年號順治。
因病去世
順治初年，多爾袞攝政，排斥代善，代善又年事已高，遂在家閒居。1648年11月25日（順治五年十月十一日），代善在北京的禮親王府病逝，葬在他的世襲領地：北京西郊香山腳下的正紅旗村。
代善的家庭得到一萬兩兩銀子的賻儀，朝廷為代善立碑紀功。康熙十年（公元1671年），追賜諡號為“烈”。 乾隆十九年（公元1754年），入祀盛京賢王祠，乾隆四十三年（公元1778年）配享太廟。
夏允彝：“東國乃能恪遵成命，推讓其弟。又能為之扡禦邊圉，舉止與聖賢何異，其國焉得不興？”
董崇如：“東國部主歲老，其子某雄鷙非常，才略不出曩霄公之下，將來邊警尚未已也。”
李民寏：“奴酋死之後 ，則貴盈哥必代其父，胡中皆稱其寬柔能得眾心雲。凡得罪奴酋，臨殺，貴盈哥多有救解雲。其威暴桀驁之勢，必不及於奴酋矣。”
康熙帝：“忠冠當時，功昭後世。”
昭梿：“是二人為明臣仆，乃推尊烈王至此，當時神武英略，洵可知矣。”
劉小萌：代善幾十年披堅執銳，戮力疆場，立下汗馬功勞，在國家政治活動中同樣立有安邦定國的勳勞。
朱誠如：代善在□□哈赤去世後，以及皇太極去世後的兩次爭嗣鬥爭關鍵時刻，敢於直言，使入關前兩代嗣位得以順利進行，穩定了清入關前統一的大局。
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