除此之外，林丹汗還利用“圖們大法”約束諸部（即《圖們汗法典》）。任命永謝布部的卻熱斯塔布囊為大汗的代表，管理右翼三萬戶蒙古諸部，任命內喀爾喀炒花（烏濟葉特）部的錫爾呼納克洪台吉輔助大汗管理左翼蒙古諸部，1617年在巴林境內的阿巴嘎哈喇山建察漢浩特（今內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗）作為政治中心，令諸部首領到此朝覲、納貢與議事。
文化
林丹汗篤信藏傳佛教，林丹汗一生熱衷於佛教事業，不僅推動了藏傳佛教在左翼三萬戶地區的傳播，而且為蒙古文化作出了一定的貢獻。1604年，剛即位的林丹汗就從四世□□派駐蒙古地方掌管教法的邁達理呼圖克圖和卓尼綽爾濟等黃教喇嘛接受了格魯派（黃教）的法戒。
1617年，西藏薩迦派僧侶沙爾呼圖克圖到達蒙古地區，尋找自己的支持者，林丹汗為沙爾呼圖克圖的法術所折服，並封他為國師，並接受深奧密乘之灌頂，於是林丹汗由黃教改信紅教（狹義上的紅教僅指寧瑪派，廣義上包含了薩迦派和噶舉派）。沙爾呼圖克圖為了取得林丹汗的信任，從五台山取來元世祖時薩迦派八思巴喇嘛用千金所鑄的瑪哈噶喇金佛（又稱大黑天，為蒙元的護國神）。林丹汗在察漢浩特修建金頂白廟，將金佛供於其中。林丹汗試圖效仿忽必烈與八思巴故事，利用他與沙爾呼圖克圖之間的關係來樹立自己的權威。然而適得其反，這加劇了信奉黃教的蒙古諸部的離心，削弱了林丹汗的號召力。
林丹汗西遷後，召集昆噶敖德斯爾、班第達顧實、阿南達顧實為首的33名學者，在1628—1629年間翻譯了108卷《甘珠爾》 （前人已翻譯過其中一部分），並用金字抄寫在藍紙上。林丹汗組織翻譯《甘珠爾》是對蒙古文化的一大重要貢獻。林丹汗把傳國玉璽和瑪哈噶喇金佛、金《甘珠爾》視為三大法寶。
林丹汗在1612年與1615年攻打明朝，試圖獲得與明朝的貿易權，最終在1617年如願以償。1618年，後金侵明，林丹汗為了獲得明朝的賞銀，奉行“聯明抗金”的外交方針，並在1619年給□□哈赤寫了一封言辭傲慢的國書，導致與後金交惡。不過，林丹汗與明朝結盟並未擋住後金對遼東的吞噬，1622年明朝在廣寧之戰敗北，林丹汗的援軍沒起作用，此後兩者間的聯盟冷卻下來。林丹汗也開始實行攘外必先安內（“先處裡，後處外”）的政策，開始火並科爾沁、內喀爾喀諸部，並且避免與後金正麵交鋒。所以林丹汗從未親自與後金作戰過。
1627年，林丹汗西遷，吞並右翼諸部（哈喇慎、土默特、鄂爾多斯、永謝布等），其中一個重要目的是獲得明朝給右翼諸部的“市賞”。明朝不給林丹汗，林丹汗乃發兵進犯大同，明朝不得不恢複對林丹汗的賞賜。後金利用林丹汗西遷之機，吞並了察哈爾本部，並於1632年大舉進攻林丹汗，林丹汗聞訊遠遁青海。他與明朝的關係徹底破裂，明朝甚至將林丹汗遺留的財物及部眾移交給後金。後來林丹汗與西藏藏巴汗、康區白利土司月頓多吉和喀爾喀綽克圖台吉（卻圖汗）結成“反黃教聯盟”，企圖東山再起，但很快於1634年去世。
曆史評價編輯
明朝對林丹汗評價較低，稱他“年少嗜酒色” 、“沉溺酒色” 、“嗜利好色，馭下無法”。 另一方麵又說他是“虜中名王，尤稱桀驁”。
清朝對林丹汗亦持否定評價。清人魏源稱林丹汗“有宋康（宋王偃）、武乙之暴”。
蒙古傳統史書對林丹汗評價很低，如《水晶鑒》稱其“無道”、《蒙古源流》稱他“心中生嗔，而化六國為烏有”，總之是一個橫行無忌的暴君形象。他與綽克圖台吉、藏巴汗、白利土司月頓多吉被蒙藏史書貶為毀滅黃教的“四惡汗”。這顯然是出於黃教史觀得出的結論。林丹汗得到差評的另一個原因則是他在統一蒙古的過程中損害了許多蒙古封建主的利益，導致眾叛親離，最終歸於失敗，話語權落在了作為勝利者的滿人和蒙古封建主那裡。當時，蒙古封建主紛紛向後金控訴林丹汗的罪惡，其中一個寫道：“因這個罪惡的察哈爾汗性情暴躁，對眾人危害極大，即使是宗族至死至窮絕不會歸附他的緣故就在這裡。”
近現代以來，林丹汗在蒙古的評價得到極大改觀，認為他是一個誌在恢複成吉思汗霸業、將一盤散沙的蒙古複歸統一的英雄之主，又堅決不向後金投降，顯示了蒙古民族的氣概。如烏蘭夫稱他為“反抗異族壓迫的英雄”。 蒙古人民共和國學者則肯定林丹汗“對滿洲的侵略計劃曾經表示堅決地反對”“企圖對於所屬各部實行強有力的集權，並且建立起一個在他控製下的統一獨立的蒙古”。
日本學者萩原淳平對林丹汗評價較高，認為他懷有富國強兵、複興蒙古帝國的夢想。同時指出“蒙文資料，除有關喇嘛教的以外，就是曾受過林丹汗的壓迫、持有被害者立場的人們所寫的資料。清朝的資料是出自這種立場的資料：即以其與明朝的戰爭為主，使蒙古不妨礙他們的行動，並儘量把蒙古拉入自己一方，以便更有利地貫徹對明朝的政策。而明朝的資料則是反映這種立場的資料，即：在對□□哈赤的戰爭中將蒙古拉入自己一方，以利於戰鬥，如有可能則挑起□□哈赤與林丹汗之間的戰爭，使其兩敗俱傷。”總之，反映林丹汗一方立場的史料的缺失是造成林丹汗未能得到正確評價的原因。
中國學者戴鴻義認為“林丹汗對內實行統一漠南各部、重樹宗主大汗的權威，對外實行聯明抗金，以挽救危局，竭力維護北元政權和蒙古民族的利益，是比較符合實際的。但是，林丹汗辜負了北元人民所寄於的期望……林丹汗統轄的北元地區，以單一的遊牧經濟為基礎，缺乏雄厚的實力，沒有強大的物質力量做後盾，他更無堅實的群眾基礎，‘諸部各自稱雄’‘傲然不理’，在明與後金的進攻麵前，其統治區域內毫無任何的防禦部署，隻能實行消極的逃跑主義，‘君一怒而失國，眾一怒而破城’，對內對外政策的錯誤，樹敵過多，必然使他的誌向未成而‘報恨終身’”。
: