天啟七年（1627年）初，後皇帝皇太極一麵派遣方金納為首的九人代表團，前往寧遠與當時的遼東巡撫袁崇煥議和，以疑惑明朝方麵。一麵派鑲藍旗旗主阿敏、鑲白旗旗主阿濟格、鑲紅旗旗主嶽托，貝勒濟爾哈朗、杜度、碩托，總兵李永芳等人率大軍攻打東江鎮，以解除心腹之患。對於後金的出兵人數，袁崇煥說有十萬：“聞奴兵十萬掠鮮、十萬居守。 ”朝鮮認為毛文龍必敗，為自保倒向後金，向後金大軍提供朝鮮服裝“引賊俱換麗帽麗服 ”冒充朝鮮軍圍攻鐵山。鐵山都司毛有俊等率千餘名守軍與後金大軍血戰，戰至最後一卒，無人肯降，毛有俊拔刀自刎，壯烈殉國。
隨後，後金鐵騎乘冬季冰堅，進攻與鐵山僅三裡之隔的雲從島。毛文龍率部英勇反擊，派部將毛有見、尤景和等逆襲後金軍。雙方在冰麵上展開激烈戰鬥。東江健兒麵對武器、裝備和人數都占優勢的後金軍，毫無懼色，浴血奮戰，雙方互有殺傷，後金軍強攻多日，始終不能前進一步。後金主帥阿敏見部隊傷亡太大，占不到半點便宜，遂遷怒於朝鮮人，轉而進攻朝鮮義州和安州，攻破城池，大開殺戒。得手後，又率大軍移向朝鮮首都王京，準備滅掉朝鮮稱王，朝鮮國王李倧一麵倉皇出逃，一麵遣使向明朝和毛文龍請罪，說導敵不是自己的主意，而是臣子所為，請求援救。
天啟皇帝認為朝鮮雖然協助後金，但不應該計較屬國的過錯，才是□□氣量。於是下詔給毛文龍，要求毛文龍不計前嫌，出兵援朝。他說：“奴兵東襲毛帥，銳氣未傷，深慰朕懷。麗人導奴入境，固自作孽，但屬國不支，折而入奴，奴勢益張，亦非吾利。還速諭毛帥相機應援，無懷宿嫌，致誤大計。 ”
毛文龍接到詔書以後，不顧自身糧餉短缺，毅然率部進入朝鮮，反擊後金大軍。在天寒地凍的環境中，東江軍衣不蔽體，食不果腹，每日“拉死屍為食 ”，仍在毛文龍的激勵下，頑強作戰。雙方在宣州、晏庭、車輦、義州等地反複拉鋸，而隨著天氣逐漸轉暖，戰事逐漸向有利東江軍的方麵轉變。隨著河水、海水的解凍，東江軍逐漸依靠朝鮮境內的大小河流，把以騎兵為主的後金困住，多次重創敵軍，“三戰三捷，困奴於銀杏江 ”，隨於千家莊、瓶山一帶與後金主力展開決戰，“文龍自率兵出，大戰，殺固山三、牛鹿八人，斬兩千餘級。 ”阿敏不得不放棄在朝鮮稱王的打算，“殺出一條血路回到本土 ”，東江軍取得了戰役的最後勝利。
“丁卯之役”之始，後金判斷明軍主帥毛文龍極有可能在鐵山，遂於朝鮮方麵勾結，冒充朝鮮人突襲鐵山，若成功便能成為一次出色的“斬首行動”，體現了其首領皇太極一慣大膽、果斷的作風。但是，由於非常偶然的原因，毛文龍不在鐵山，後金突襲失敗，使得戰事變為持久戰，一拖再拖，最終讓明軍反敗為勝。
後金主帥阿敏在突襲鐵山失敗，強攻雲從不下的情況下，遷怒朝鮮，又想“東邊損失西邊補”，在朝鮮撈一票，甚至打算在朝鮮稱王，不但沒有成功，反而將朝鮮推向明朝方麵。戰役後期，隨著天氣轉暖，騎兵為主的後金軍十分被動，甚至有可能被困死於鴨綠江以南，阿敏卻一再拒絕撤軍，終於令後金軍在瓶山決戰中蒙受重大損失。
“丁卯之役”使得皇太極用軍事手段解決東江鎮明軍的戰略失敗了，不得不轉而尋求外交和政治手段解決的途徑，“通款崇煥，求殺文龍 ”。但是，他至少利用明軍削弱了牛錄比自己還多的兩個旗：阿敏的鑲藍旗、阿濟格的鑲白旗的實力，解除了此二人對其汗位的威脅。可以說，無論後金“丁卯之役”在軍事上成功與否，對皇太極個人來講，都是勝利的。
影響編輯
朝鮮被迫與後金互市，並向後金進貢。在與明朝關係惡化之後，後金的經濟至此得以恢複。
戰後，朝鮮仍舊視明朝為宗主國，並派人上表，將戰爭經過告訴明廷。
學者徐東日認為，丁卯戰爭使得朝鮮蒙受巨大屈辱和苦難。在此之前，朝鮮人一直自視為文明之邦，將女真人視為蠻夷；丁卯戰爭以後，朝鮮人對女真人的態度由蔑視轉為敵視。
雖然朝鮮向後金朝貢，後金也給予朝鮮賞賜品，但兩國的關係依然緊張。執掌朝鮮朝政的依然是反後金親明的西人黨。在儒家思想的影響下，不少朝鮮大臣認為明朝助朝鮮擊退日軍，朝鮮理當與明朝交好抗擊後金。因此朝鮮拒絕廢除明朝年號，並依舊保持與明朝的關係。這為後來1636年後金（清）的再次入侵（丙子胡亂）埋下了伏筆。
對於明朝方麵來說，“丁卯之役”使得擁有數萬驕兵悍將的鑲藍旗精銳喪儘，即使休整兩年也未恢複元氣，其餘參戰後金軍也多有損失。是為明軍與後金交戰以來，所取得的最重大勝利，而這又是在明軍極為艱苦的環境下所取得的，更加可貴。對此，登萊巡撫李嵩評價說：“奴以十萬之眾□□東江，毛文龍乃能於狂烽正熾之際，奮敵愾迅掃之威……毛帥之功於是乎不可及矣！ ”