李嵩的繼任者孫國禎（收複澎湖列島的民族英雄）也認為：“臣看得毛帥孤懸絕島，遠泊水鄉，溟霧胡風，侵肌撲麵，寒煙冷月，泣晝憐宵。七年正月以來，五戰而五勝，諦觀宣州、車輦、義州西門、龍山諸役，皆令人舌咋心驚，色飛神動。然義州西門之捷，獨雄而奇，蓋其俘獲者皆名酋，今之係紐而獻者，此也。宣州諸路之捷，又險而奇，蓋毛帥親中二矢，不為少動。自五、六年以來，大小幾近百戰，積俘至四百七十有零，搶獲器械、馬匹累百，近日續報者不與焉。 ”
“職惟知儘忠報國，絕不肯偷身自免！ ”東江主帥毛文龍戰時如是說，他親冒矢石，身中數箭，猶死戰不退！在毛文龍的激勵下，東江健兒人人奮勇，與後金軍舍身搏鬥，鮮血染儘三千裡江山。在中國的意大利傳教士衛匡國向歐洲人介紹說：“此次戰役之激烈為中國所未曾見。 ”，並說：“抗拒韃靼人最有力的要數英勇蓋世的大將毛文龍。 ”
朝鮮史料則認為是朝鮮民間的義軍打敗了後金大軍，毛文龍坐困窮島，毫無作為。
朝清戰爭
後金□□哈赤為避免兩麵作戰，對朝鮮采取拉攏的政策，多次派遣使臣赴朝鮮投書，希望朝鮮與明朝脫離關係，與後金結盟。但是朝鮮不為所動，仍然支持明朝，反對後金。後金麵對明朝與朝鮮的夾擊，決定向較弱的朝鮮開刀。清天聰元年（1627年），皇太極與貝勒阿敏親自領兵入侵朝鮮，史稱丁卯胡亂，朝鮮軍隊不敵清兵，仁祖與群臣逃往江華島，結果朝鮮與後金議和，約為兄弟之邦，朝鮮並向後金歲貢。
1636年丙子（明崇禎九年，朝鮮仁祖十四年，後金崇德元年），皇太極正式由汗改稱皇帝，改國號大清，族名滿洲。他事先將此事通報朝鮮，希望朝鮮參與勸進。朝鮮聞訊大嘩，積累近10年的憎惡、羞辱情緒一並迸發。朝鮮臣僚紛紛痛切陳詞，“使彼虜得知我國之所秉守，不可以乾紀亂常之事有所犯焉。則雖以國斃，可以有辭於天下後世也”。在一片慷慨激昂的氣氛下，仁祖拒不接見後金使團，不接受其來書。後金使團憤然離開漢城，沿途百姓“觀者塞路，頑童或擲瓦礫以辱之”。
仁祖在三田渡向皇太極跪拜
該年四月，皇太極在沈陽正式舉行稱帝大典，朝鮮使臣羅德憲、李廓拒不下拜。皇太極非常氣憤，認為這是朝鮮國王有意構怨，決定舉兵再征朝鮮。該年十二月二日，皇太極親自統帥十萬大軍親征朝鮮。清軍渡江後，揚野戰之長，舍堅城而不攻，長驅而南，僅僅十二天便抵達王京城下。京畿之內“上下惶惶，罔知所為，都城士大夫，扶老攜幼，哭聲載路”。仁祖再次將王妃、王子和大臣妻子送往江華島避難，自己則率領文武百官退守南漢山城等待各路勤王軍的到來，同時派出崔鳴吉等人赴清營談判，拖延時間。朝鮮請和書中寫道“朝鮮國王謹上言於大清寬溫仁聖皇帝：小邦獲戾大國，自速兵禍，棲身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之約，恤小邦生靈之命，容令小邦改圖自新，則小邦之洗心從事，自今始矣。必欲窮兵，小邦理窮勢極，以死自期而已”雲雲。皇太極見朝鮮君臣求和之切，毫無鬥誌，乃對其迫降，下令清軍包圍南漢山城，伐木列柵，繞城駐守，山城內糧草斷絕，不得不殺馬充饑。各路勤王軍隊也被清軍擊敗，朝鮮君臣隻有坐困孤城。仁祖曾經爬到南漢山城的南門，看到城下清軍黑壓壓一片，不禁長歎。清軍在望月峰上升白旗書招降二字，又致書仁祖，令其出城投降。仁祖則複書“重圍未解，帝怒方盛”，所以不能出城請降，“古人有城上拜天子者，蓋以禮有不可廢，而兵威亦可怕也……”。見朝鮮方麵還在糾纏於出城投降的細節，不耐煩的皇太極下令用火炮攻城，同時清軍又攻占了江華島，俘虜王妃、王子、宗室76人，消息傳來，見大勢已去，仁祖隻好求和。
1637年正月三十日，仁祖率領群臣出南漢山城，徒步前往漢江東岸的三田浦清營拜見皇太極，伏地請罪。皇太極降旨赦之。雙方築壇盟誓，朝鮮去明年號，繳納明朝所賜誥命敕印，奉清朝正朔，定時貢獻，並送質子二人。此外，朝鮮朝廷中主戰最堅決的洪翼漢、尹集、吳達濟三人被清軍索要，在沈陽就義，號稱“三學士”。此役為朝鮮曆史上著名的“丙子虜亂”。清朝班師途中順勢攻陷皮島，拔除了明朝在遼東沿海的最後一顆釘子。
丙子虜亂之後，朝鮮成為清朝的附屬國。世子李溰長居沈陽，另外一質子則由鳳林大君和麟坪大君輪流擔任。同時朝鮮還要歲貢黃金百兩、白銀千兩、白苧布200匹、各色綿細2000匹、各色細麻布400匹、各色細布萬匹、米萬包等等。
具有高度發達的儒家文明、以“小中華”自居的朝鮮淪為落後的山林狩獵民族建立起來清朝的藩屬國，在當時的朝鮮是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虜亂對朝鮮社會、文化的衝擊非常大。國王和兩班的權威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鮮的負擔。經濟掠奪、政治欺壓、文化差異，使得終朝鮮之世，思明反清的情緒一直都是社會思潮的主流。
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