公元前500年，齊魯組織夾穀會盟，孔子給魯定公打輔助，從齊國手裡要回了汶陽之地，魯定公因此更加信任孔子，提拔他為大司寇，負責國內治安、法治。大司寇相當於是國家級領導人了，這個崗位的權力很大，但魯國的權力都集中在三桓手裡，不在國君手裡，孔子雖然當了大官，實際上還是無法推行自己的政治主張。於是孔子計劃削弱三桓，加強君權，魯定公作為國君自然是支持孔子的。
三桓勢力如此強大，要如何削弱他們呢？孔子想到了個好主意，即墮三都。根據周朝的規定，諸侯貴族們的領地城牆不得超過18尺，而魯三桓掌權後，各自建了氣派的城池作為自己家族的“國都”，比魯國國都還要大，城牆也遠超18尺。孔子認為，要削弱三桓，要先削弱他們的城池，這樣可以降低他們的防禦能力，於是建議魯定公，以周禮為由頭，讓三桓將各自的城牆恢複到18尺以內，高出的部分毀掉。這就是墮三都計劃。
三桓這麼強勢，會答應這個要求嗎？要放在以前，三桓肯定不答應。但從三桓專權以來，三桓的內部又分化出了很多“小三桓”，就像之前的陽虎一樣。三桓實際上被自己內部的家臣掌控了，他們占據著城池，架空了各家主。為了打擊權勢日漸強盛的家臣，三桓家主同意了墮三都計劃。墮三都具體由孔子的學生子路執行，子路此時在季孫家乾活，算是他們的管家。
拆違部隊首先來到叔孫氏的郈邑，叔孫氏由家臣侯犯掌權，叔孫氏家主叔孫州仇早就想鏟除掉這個禍患，但是力不從心，因此同意墮毀城牆。掌權的侯犯自然不願意自毀城牆，準備出城和拆違部隊決鬥。叔孫州仇的心腹駟赤足智多謀，侯犯很信任他，駟赤建議：“咱們先按兵不動，齊國的司馬穰苴是我們的好朋友，他肯定會來救援的，等他過來，咱們再衝出去。侯犯聽從了駟赤的建議沒有出城作戰。
叔孫州仇的心腹駟赤為什麼還給侯犯出主意，他想的是先穩住侯犯，然後讓叔孫州仇和魯國拆違部隊聯手消滅他。但讓駟赤沒想到的是，司馬穰苴果然率兵來救。這下糟了，司馬穰苴是個牛人，他是春秋後期齊國扛大旗的名將，曾臨危受命擊退過晉、燕聯軍。雖然曆史上關於司馬穰苴的記載不多，但他和孫武一同被列入武廟十哲，足以證明他的能力和威望。駟赤知道如果司馬穰苴和侯犯聯手，叔孫州仇怕是凶多吉少。於是他派人在城中散布流言：“侯犯把郈邑送給齊國了，現在齊國軍隊殺來了，要把市民們都劫去齊國，不聽從的人會被誅滅九族。”
流言擴散出去後，郈邑內人人自危，駟赤趁機讓百姓衝進辦公樓裡，占了兵器，守城的士兵相信了流言，也倒戈了。城內兵變，侯犯很害怕，找駟赤商量，駟赤說：“事不宜遲，您趕緊跑路吧，我送你出城。”於是駟赤將侯犯一家老小送出了城，郈邑重歸叔孫氏的控製。侯犯離開了郈邑，司馬穰苴也就沒有帶兵過來了，拆違部隊順利地拆掉了郈邑高出18尺的城牆。
接下來是季孫氏的費邑，費邑現在上被季孫氏的家臣公山不狃占據，季孫氏家主季恒子視其為大患。公山不狃當然也不同意毀掉城牆，於是季恒子帶了軍隊過來準備討伐，沒想到公山不狃竟公開起兵反叛，直接攻向魯定公所在的曲阜。孔子作為大司寇率兵抵禦，公山不狃兵敗逃去了齊國。費邑的違章城牆也順利被拆。
三都墮了兩個，剩下的還有孟孫氏的郕（g）邑。孟孫氏家主孟懿子本來支持孔子的計劃，但家臣公斂處父極力抵製，他認為郕邑是邊防重鎮，拆毀城牆相當於少了一道屏障。孟懿子聽從了公斂處父的建議，就沒有拆毀城牆，成了釘子戶。魯定公後來親自率軍前來攻打，但也打不下來，便就此作罷。
墮三都計劃沒有圓滿完成，但三桓們已經意識到孔子就是個保皇黨，對孔子越來越不滿。有次魯國舉行祭祀，按慣例祭祀後要將祭肉送給各個大夫，但作為大司寇的孔子並沒有收到，孔子意識到三桓是不想留他了，於是找了借口辭去官職離開魯國，帶著幾個弟子們開始周遊列國。孔子周遊列國的旅途也是多災多難，具體就不細說了。
孔子晚年回到魯國定居，專心教學及文獻整理，於公元前479年逝世。孔子去世後，他的弟子及再傳弟子將孔子及主要弟子的思想、言論整理編撰，形成了《論語》一書。
接下來回到吳越爭霸的主線劇情。