九部聯軍浩浩蕩蕩襲來之事很快就被建州女真左衛偵查兵發現，他們立刻跑去稟報明龍虎將軍：佟努爾哈赤，得知敵軍兵力是他的三倍！這讓佟努爾哈赤開始害怕起來，連忙寫信讓士兵出城去傳報明撫順遊擊：李永芳，讓他通知明遼東巡撫：尤繼。
然而明遼東巡撫顧及建州左衛乃是大明帝國的管轄衛所，便任命撫順守禦千戶所派出1千明軍前去調解情況，明軍快速前往佛阿拉城去幫助建州女真左衛軍隊。
但葉赫女真已經下令攻城的九部聯軍迅速突破各個關卡，建州女真左衛士兵被迫退入古勒山，佟努爾哈赤很是憤怒他集中1萬兵力攻其主力葉赫女真斬殺西城貝勒！
又在明軍的支援下生擒烏拉貝勒，其餘七部聯軍見到有明軍介入紛紛撤退，就這樣佟努爾哈赤打敗了九部聯軍在女真各部威名大增，史稱〖九部聯軍之戰〗之後佟努爾哈赤為了感激明軍的幫助，就帶領使者第三次去京城朝貢大明天子。
到了明萬曆二十二年公元1594年明薊遼總督：顧養謙，與力主對倭議和封貢的明兵部尚書：石星，再次上奏明神宗請求儘快封貢安土桃山幕府。
並說道“啟奏陛下，當初幕府倭軍攻占李氏朝鮮是利用其威！如今及時退還王京、送回王子和陪臣是講信用，陛下既然許諾分封則當儘快冊封倭使，好讓倭寇儘早退出李氏朝鮮，方可保外患平息內備以修，今倭軍久住釜山而我大明欲封不封？既已失信！”
此話讓明神宗覺得有理就讓司禮監太監傳詔幕府使者：小西如安，火速進京確認禦旨雙方在太仆寺談判，大明官員提出說“我皇陛下讓我們來傳話，令幕府倭軍儘早退出李氏朝鮮，若你們執意不退的話？那麼我朝則興兵正罪勢必要剿滅你們。”
但小西如安就提出道“大和語：我軍在受封之後可以迅速撤離李氏朝鮮和呂宋都督府與琉球王國，但是咱們隻冊封而不準朝廷求進貢，其次朝廷必須與李氏朝鮮修好不得侵犯我國。”
由於明使不太懂大和語！小西如安就和沈惟敬一起欺瞞明使，為了穩住他們就謊稱皆以穩妥，並傳遞幕府的降書給明兵部尚書觀看，不明真相的明兵部尚書大喜，在場的大明官員很是高興連忙上奏明神宗，又帶著倭使進宮向大明天子獻禮。
同時明神宗賜封明臨淮候勳衛署都督僉事：李宗城，為正使、明五軍營右副將署都督僉事：楊方亨，為副使兩人同封為一品武官，並帶著（親王常服）與冠冕前往李氏朝鮮釜山，在從此地出使安土桃山幕府。
明萬曆二十三年公元1595年明兵部左侍郎：邢玠，命令明重慶知府：王士，讓明播州宣慰使：楊應龍，到秦江縣聽勘而明播州宣慰使就把黃元等12個叛將斬殺，並獻首級請納銀四萬兩助采木贖罪。
見到他有心悔過被朝廷允準，但是明神宗為防止他繼續造反就以楊應龍長子：楊朝棟，代替其職，並把楊應龍的二子：楊可棟，扣留在四川承宣布政司重慶府作為人質。
然而好景不長楊可棟突然病死？楊應龍得知自己二子死去的消息就懷疑是大明官員毒害的？他當即拒絕繳贖金為此又激起朝廷的猜忌。
同時明建州左衛鎮撫：愛新覺羅·舒爾哈齊，首次帶領建州女真左衛使團前往京城朝貢，這次經曆讓他大開眼界看著中原地區的繁華景象，在想想建州左衛蠻荒部落地區，他開始對自己屈居在兄長的屬下地位感到不滿，他希望有朝一日能當上建州女真左衛指揮使，他還對中原先進的農耕文明和漢文化產生了濃厚興趣。
為此還特意在京城訂製了一件漢服，並且親自穿著漢服入朝覲見大明天子，朝中的文武百官見狀紛紛誇讚這是建州女真八部裡麵最有漢文化之人了，穿著冕服的明神宗也很賞識舒爾哈齊，賜了他許多珠寶給建州女真左衛朝貢使。
之後明萬曆二十四年公元1596年明播州宣慰使再次起兵叛亂率軍襲擊搶掠貴州承宣布政司餘慶縣、大呼縣、都壩縣又焚劫草塘安撫司及興隆衛、都勻軍民衛之後圍黃平縣屠殺重安長官司，地方駐軍聯名上奏要求派兵鎮壓明播州宣慰使。