看到明東征提督：李如鬆，如此神勇神武，讓明軍將士們瞬間士氣大振，繼續浴血奮戰，雙方又打成了僵局。
在這個緊要關頭，從馬山館撤下來救援的明東征左副總兵：楊元、明東征左副總兵左參將：鄭文彬、明東征左副總兵監軍：王魯希，率領的援軍終於趕到了，從倭軍尚未合攏的北麵一氣殺入，為被困的明軍們打出了一條後退的生路。
這支援軍帶有自己本部的一千騎兵。
此時明東征提督覺得反擊的機會來了，他並沒有打算撤退，而是繼續試圖整軍出擊，但幕府治部少輔：吉川廣家、幕府代總大將：戶川達安、幕府三河守：吉見元賴、幕府左衛門佐：天野五郎兵、幕府右兵衛尉：三吉殿、幕府周防守：佐波殿，等倭軍將領紛紛上前夾擊。
這讓明軍有些招架不住了！畢竟沒帶火炮以及火箭、戰車，故此明東征提督見倭軍勢大，一時間不能抵擋。
而僅在明軍後方跟隨的李氏朝鮮都元帥：金命元，則帶領一百名李氏朝鮮軍隊負責觀戰，全程不敢參與作戰，與李氏朝鮮京畿右道防禦使：高彥伯，彙合之後開始遠處放箭。
很快明軍就向北方的惠陰嶺撤退，在被倭軍追擊了一段路後，亦於酉時回到了王京，至此「碧蹄館之戰」畫下序幕。
戰亂過後，明東征提督通過審問倭軍俘虜以及截獲李氏朝鮮文書中所得情報，重新估計了一下倭軍人數，他斷定李氏朝鮮官員說謊，並且還發現→射傷我之家丁及馬匹者，俱是爾國之箭！
這充分的說明了，有李氏朝鮮人在幫助倭軍作戰，讓他非常失望。
正月28日，明東征提督在上報戰況給朝廷兵部怒斥李氏朝鮮的文書後，便返回了臨津江重新布防。
2月初6日，明神宗：朱翊鈞，為了堵住群臣的嘴穩定局麵，也想把明皇三子：朱常洵，留在京中暫不封為親王就藩，便下詔暫停三位皇子並封王之皇命。
2月14日，跟隨入李氏朝鮮王國作戰的明南鎮撫司錦衣衛指揮使：史世用，派出的南鎮撫司錦衣衛隊偵查，得到情報稱；李氏朝鮮京畿右道漢城府王京內，有倭軍二十萬人，且聲言幕府關白：豐臣秀吉，欲要親自出征李氏朝鮮王國？
為此明東征提督當即下令諸將們，分布在各處要害之地，扼守大同江等處，又得知幕府兵庫小允：平秀嘉，占據了龍山縣，囤積倉米數十萬石，而龍山大倉本為李氏朝鮮王國的大倉，裡麵囤積了李氏朝鮮王國數十年的糧食。
在京畿右道漢城府被倭軍占領後，龍山大倉就成為了漢城府倭軍的軍糧庫，後來倭軍運來的糧食都存放於此地。
明東征提督得到了這一情報後，即刻密令明遼東總鎮右副總兵：查大受，明禦倭副總兵：李如梅，率領敢死隊7百名勇士，深夜奇襲龍山大倉。
十三座大倉，數十萬石糧食，一夜之間儘被焚燒得乾乾淨淨，軍糧一失讓李氏朝鮮王國半島的倭軍們全線進入被動狀態，陷入到了前所未有的困境之中
倭軍不得已，於4月18日徹底搜刮不到糧食之後，商議決定撤離京畿右道漢城府王京，退守尚慶左道慶州府釜山浦地區。
在侵朝倭軍退出王京之後，明東征提督就遣將分扼要害，以明東寧衛右參將：李寧、明遼東總鎮左副總兵：祖承訓，據守在京畿右道開府城，明東征左副總兵：楊元，據守在平安西道平壤府，明東征右副總兵：李如柏，據守在鹹鏡北道寶山縣、明遼東總鎮右副總兵：查大受，據守在黃海左道臨津江一帶，明四川副總兵：劉綎，據守在尚慶左道慶州府釜山浦海口，李氏朝鮮王國戰局至此略定。
4月20日，明遼東經略：宋應昌，明東征提督：李如鬆，兩人商議之後決定再派明禦倭遊擊將軍兼通事：沈惟敬，前往倭軍大本營中議和。
臨行前明遼東經略特意交待道“此間和議，汝既專主，吾不當欺李氏朝鮮，亦不敢誣朝廷，爾須率策士五人，領倭眾歸幕府，受關白降書以來，本部院得此，定會轉奏，請旨冊封關白為郡王，使之進貢，勿令誤事。”