但部分處分將領，由於才華橫溢所以準許其將功補過。
如；明廣寧衛指揮僉事：王世忠（納拉·克把庫），他是原海西女真哈達部貝勒：納拉·孟格布祿，次子，在哈達女真部滅亡後，悄悄潛入大明帝國謀求恢複故地，被朝廷封為廣寧衛遊擊將軍，後因擊退多次漠南蒙古守邊有功升至（衛指揮僉事）此次廣寧衛等地丟失他也罪責難逃，但被明薊遼總督：王象乾，推薦保他一命，請封為「中軍都督府都督僉書」。
這是由於明中軍都督府都督僉書：王世忠，之妹嫁給了漠南蒙古察哈爾胡圖克圖汗：孛兒隻斤·林丹汗巴圖爾（虎墩兔）所以明宣府總鎮巡撫：王之臣，就利用明中軍都督府都督僉書與漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗的姻親關係，打算將其調往萬全都指揮使司宣府鎮，用以結交漠南蒙古察哈爾部。
眼下更是成為了明遼東總鎮經略的得力助手，因此又晉封為「中軍都督府左都督」。
至於明遼東總鎮監軍：方震孺，他之前在朝就以（初生牛犢不怕虎）的姿態上奏稱；當今陛下乃是個傀儡？言外之意就是指［明司禮監掌印太監：魏忠賢，乾政］這點非常符合明遼東總鎮經略的品味。
畢竟他早就痛恨閹黨了，更何況孫總鎮經略與他都是東林黨門人，因此打算保釋他，怎奈卻明司禮監掌印太監先下手為強，直接指使閹黨明刑部員外郎：徐大化，誣告明遼東總鎮監軍：方震孺［攘差］。
朝中的東林黨隊友，明吏部左侍郎：鄒元標，為之力爭，但明熹宗本來就是靠魏公公下令征收江南稅負充實國庫的，因此皇帝陛下是不會輕易動閹黨的。
也正是因為閹黨權勢熏天，朝廷才沒有道理可言，最終；方震孺、鄒元標，皆被罷官，方震孺還以莫須有的貪汙罪下了刑部大牢。
而廢將明撫夷總兵：李秉誠（由於從渾河之戰多次戰敗，故此不授其駐守任何衛所）準其戴罪立功、明廣寧右屯衛副總兵：杜應魁，（被查貪汙罪？）但不多可以戴罪立功，明廣寧中屯衛左參將：賈祥，是在護送前任遼東總鎮經略：熊廷弼、前任遼東總鎮巡撫：王化貞，入山海衛關內時負責阻擊後金追兵的有功可重用。
隨後明遼東總鎮經略就出發前往山海衛關外，巡行邊塞，由明廣寧前屯衛兵備道僉事：袁崇煥，就向明遼東總鎮經略請示道“在寧遠衛駐紮五千兵力，以壯十三山驛的聲勢，然後在派遣將領們帶兵去救援十三山驛，而寧遠衛距離十三山驛隻有兩百裡地，可以輕易占據廣寧中屯衛，如果不行再退守寧遠衛，不可放棄十萬難民！”
於是明遼東總鎮經略就與明薊遼總督：王象乾，商議情況，但明薊遼總督卻認為駐紮在山海衛的軍隊剛剛打了敗仗，士氣正沮喪著，不如調動漠南蒙古察哈爾部護關的軍隊三千人前往寧遠衛與其地大明駐軍防守。
此舉被同意後，一方麵調兵前往寧遠衛，一方麵前去救濟災民，然而救援卻失敗，十萬難民隻救回六千人。
明遼東總鎮經略對此就詢問明兵部尚書：王在晉，說道“八裡鋪新城修築好以後，是不是要將舊城的兵馬，移調四萬人前來駐守？”
而明兵部尚書則說“應該另外設立一支四萬人的軍隊。”
但明遼東總鎮經略卻說“這樣一來，八裡鋪就有八萬兵馬了，那廣寧前屯衛一片石西北就不派兵駐守了嗎？在八裡鋪內修築重關，新城後麵就是舊城山海衛了，如此一來山海衛舊城前麵埋的地雷，這是用來對付敵人的？還是用來對付自己新兵的？新城如果可以守的話，還用得著舊城嗎？新城要是不能守，四萬守兵倒戈，你是打算開關放敵人進來，還是閉關投降敵人？”
麵對這話明兵部尚書解釋道“山海衛關外，有三道關可以進入。”
可明遼東總鎮經略就說“如果這樣的話，假如敵人兵臨城下，我軍士兵們還像先前那樣逃跑，哪裡還用得上重關？”
對此明兵部尚書就說“準備在山上建三座營寨，用來監督防止士兵們潰逃。”
不過明遼東總鎮經略依舊反駁道“士兵還沒有潰敗，就修築營寨等待他們，你這不是在教士兵們逃跑嗎？況且逃跑的士兵可以進來，那敵人也就可以尾隨他們進來，你現在不為恢複做打算，卻在這裡閉關自守，把關外防線全部撤離，還天天在朝廷內爭鬥，京都以東還有安寧之日嗎？”
麵對孫總鎮經略的指責，讓明兵部尚書無話可說！
隨後明遼東總鎮經略：孫承宗，就召集諸將們商議，在關外防守的問題，明廣寧前屯衛兵備道僉事：袁崇煥，首先主張駐守寧遠衛、明山海衛監軍副使：閻鳴泰，則主張駐守覺華島，而明兵部尚書：王在晉，反而主張駐守廣寧中前守禦千戶所。
最後明遼東總鎮經略還是采用了明廣寧前屯衛兵備道僉事的建議，上奏撤王尚書官職，但被明熹宗給調任為南直隸兵部尚書，並由孫總鎮經略親自出關鎮守寧遠衛。