10月初7日，尼德蘭船隊Catwijck號、Boucaspel號，因風暴擱淺損毀。
10月初8日，在古雷巡檢司吉釣灣，明軍見有夷船一艘靠近岸邊，便帶領衝鋒兵三十餘人喊殺，嚇得紅毛夷眾慌忙亂跳水，被我軍殺死者無數，搶獲三十餘人，斬級十餘顆。
10月10日，尼德蘭船隊受到明軍戰船的攻擊，海盜船馬上前來支援，並向尼德蘭王國荷屬東印度公司駐台灣府總督：漢斯·普特曼斯，邀功。
10月12日，明福建總鎮巡撫：鄒維璉，從福建布政司衙門到達漳州府，當即檄榜調集諸將抽調水師，依舊由明延平衛遊擊將軍：鄭芝龍，為先鋒、明福州府南路副總兵：高應嶽，為左翼、明泉南遊擊將軍：張永產，為右翼、明澎湖巡檢使：王尚忠，為遊擊將軍。
隻是以明福建布政使司左參議：吳震元、明漳州衛經曆使：陳夢珠，兩人為〈記功散賞〉，待一切安排妥當後，就散發海戰方略給諸將。
10月13日，8艘海盜船隻與尼德蘭船隊彙合。
同時由於當初明廣鹿島左參將：尚可喜，曾參與鎮壓皮島兵變，使得這位新任的明東江總鎮總兵：沈世魁，之前失去了權力，所以沈總鎮總兵對他懷恨在心，正伺機報複。
恰巧明東江總鎮水營左參將：王庭瑞、明皮島遊擊將軍：袁安邦，等部將獻計調尚參將前來，打算誣以罪名。
於是沈總鎮總兵就召明廣鹿島左參將前來到皮島，可他們剛到達大長山島就遇上了大風，船隻前進不得，恰在這時沈總鎮總兵又發一封檄榜催促儘快回去商議軍情。
這不免讓明廣鹿島左參將感覺不妙，他發現其手下諸營將領都有熟人帶信來迎，唯獨與自己一向交好者無一語至，再加上風大浪急，不免心疑，遂派人到皮島打探消息。
很快部下明廣鹿島千總：徐而顯，連忙跑來彙報情況，當他得知沈總鎮總兵的陰謀時，尚參將不在打算啟程，而是計謀下一步去向？
在一番權衡利弊之後，尚參將決定效仿孔、耿二人去投降自己的殺父仇人，但是又不知後金汗國方麵是何想法，畢竟自己官低言微，在大明這肯定沒人保他性命，去後金也得先了解一下情況。
隨即便派遣明廣鹿島千總：許爾顯、明長山島千總：班誌富，諸部下前往後金汗庭盛京城與後金天聰汗：愛新覺羅·皇太極，見麵洽談。
後金天聰汗得知又有明將來投，大呼“女真語：真乃天助本汗也。”
並賜尚可喜部軍隊名為［天助兵］還派人前去接應，而尚可喜自從派出使者後，自己害怕被明軍追擊也北逃進入後金防區金州中左守禦千戶所境內避難。
10月15日，明福建總鎮巡撫親自到海澄縣指揮明軍船隊並且誓師督戰。
10月17日，明軍得知尼德蘭船隊以及大明海盜船隊的位置以及規模（夾版船9艘，海盜50多艘），便下令福建都指揮使司所有明軍水師出擊。
10月18日，明軍在銅山守禦千戶所外海以8艘戰船，2艘火船攔截2艘尼德蘭船隻。
10月19日，明軍主力部隊集結完成。
直到10月22日，在金門守禦千戶所料羅灣海域，最終爆發了大明、尼德蘭水師大戰。
尼德蘭船隊以8艘帆船和海盜50艘大小的帆船，與福建明軍水師50艘大型戰船、100艘火船對抗。
黎明，得到可靠情報的明軍主力150艘戰船，悄悄開到了金門守禦千戶所南部的料羅灣港口，在這裡正停泊著尼德蘭軍與海盜：劉香，的聯合船隊全部主力。
當發現明軍來襲時，尼劉船隊擺開了一個以尼德蘭戰船居中，而海盜船四散策應的防禦陣形，明軍船隊則在料羅灣港口東南角展開，以明先鋒兼延平衛遊擊將軍：鄭芝龍，部隊打頭陣，順東風采取了兩路突擊，黑虎掏心的戰術。
按照事先布置，明軍主力部隊全部直奔尼德蘭船隊，隻以輔助部隊對付海盜船，同時明軍還采用了尼德蘭人在歐洲戰場上，從未見過的打法〈火海戰術〉。
在明軍150艘戰船中，隻有50艘是炮艦裝備斯圖亞特王朝（英國）火炮，其餘100條小船都是清一色的火船。