科舉製度是明朝政府選拔官員的主要途徑，但在具體的運作過程當中，暴露了許多弊端，產生了明顯的負效應。如正德年間國子監祭酒陸深在一篇奏疏中認為，科舉所取的士子往往是浮華而無實用。張璁改革科舉製度，重新規定考試文體，提高應試者素質，由於科舉名額極為有限，不可能網羅天下所有的真才，使許多士子難以通過科舉而成為進士。於是，張璁推行三途並用之法，改革用人製度，在改革初期，阻力較大，如明人焦竑批評：張璁“為人剛愎，故所行多縱苛刻，如沙汰生員之舉，是何意義！”出現這種因循之論並不為怪，其反映了一部分人的短視之見，張璁改革科舉製度，改變學風，強化學校的教育功能，考汰之法，以及對提學官的大力整頓，取得了顯著的成效。
明代名臣張居正，以自己少年時的親身體驗對嘉靖前期整頓學政的成就，予以極高的評價，他說：“臣等幼時，猶及見提學官多海內名流，類能以道自重，不苟徇人，人亦無敢乾以私者。士習儒風，猶為近古。”可以說，嘉靖前期是明代曆史上整頓學風成效最為顯著的時期。
官吏的貪贓枉法，是政治腐敗，社會動亂的原因之一，亦是君主專製社會的大患，張璁上疏奏皇帝，依律治罪貪官汙吏。在掌管都察院時，向世宗奏上《憲綱》，擇其中最急切者七條陳之，依照憲綱實行，可嚴肅風紀，整頓官員作風，提高工作效率。
在任用官吏方麵，主張推舉“廉能愛民者”，不受資曆限製，在《論用人》疏上說：“近該北直隸巡撫官奏，欲儘將進士、舉人選補此地方州縣正官，臣思之心有未安。”張璁認為：無論在何地，無論什麼官職、學曆，隻要廉潔愛民，都可以推舉任用。
張璁因為名字犯世宗的名諱，請求改名，世宗就賜他名孚敬，字茂恭，禦書四個大字給他。時吏部侍郎徐縉詢私納賄，經舉發受都察院勘問，徐求解脫，投書行賄於張璁，張發其私，由“法司同證徐縉賄孚敬事，黜為民”，此事使朝野受到震動。
張璁的改革與反腐損害了皇親國戚、太監、官吏、權貴階級的既得利益，不能不引起他們的仇恨，彈章不絕。但由於他一切秉公，亦奈何他不得，張璁幾次致仕離京，猶如一介寒儒，他一再告誡家鄉族人不要因他在朝做高官，便倚勢淩人乾不法事，居朝十載，不進一內臣，不容一私謁，不濫蔭一子侄。
張璁得疾，屢請致仕，世宗不允，為之親製藥餌，張璁在朝房值班時昏暈過去，不省人事一天多，因病情急劇加重，世宗不得已乃許致仕回家調養。世宗多次派人去溫州瑤溪貞義書院看望張璁，並幾次下旨召張璁到京複任，但都因身體原因未能到京。後來，張璁病歿於溫州，卒年六十五歲，此時尚居於承天府的世宗傷悼不已，賜祭葬有加，贈太師，諡文忠。