儘管在仕途上諸多不順，但或許也正是這種遭遇，讓祝允明的草書狂放不羈，表現出了玩世不恭的倔強之氣和隱逸之風，多年的不得意也使得其超出了師輩們的文學境界，獨具一格，放浪形骸，成為“明朝狂草第一人”。其代表作有《太湖詩卷》《箜篌引》《赤壁賦》等，所書“六體書詩賦卷”“草書杜甫詩卷”“古詩十九首”“草書唐人詩卷”及“草書詩翰卷”等皆為傳世墨寶。坊間流傳著一句話：“唐伯虎的畫，祝允明的字”，祝允明所書寫的《草書杜甫詩卷》、《古詩十九首》等，均是精品之作。
祝允明，對他影響最大的是外祖父徐有貞和嶽父李應禎兩人：徐有貞擅長行草書，他的行草主要師法唐朝的懷素和宋朝的米芾，用筆直率而華美，結構瀟灑多姿，很得古雅之氣。在祝允明二歲時，徐有貞奉詔回蘇州閒居，祝允明時常寄宿在外公家裡，因此徐有貞的書法風格對他影響是很深遠的；李應禎也是一個有名的書法家，祝允明也一直得到李應禎的指導，在跟從嶽父學書的十幾年中，李應禎對於祝允明在書法的發展上起了很大的作用。
據文徵明的記載，李應禎在晚年告訴他，說自己學習書法四十年才開始有所得，並向文徵明論述了書法上的很多道理。他留下的尺牘，秀麗而又有氣度，行筆自然大方，橫向取勢的撇、捺、橫都很生動有致，字的大小，粗細變化自然，他這種富於抒情性的行草書對祝允明也有很深的影響。祝允明自己談幼年時學習書法，說前輩不讓他學習近代人的字，看到的都是晉唐人的字帖，所指的應該是楷書的學習。應該說祝允明幼年在兩位前輩的指導下，打下了很好的底子，為日後的發展作了鋪墊，同時兩人的書風的優點也傳給了祝允明。
祝允明，書法主要成就在於狂草和楷書：狂草來自懷素、張旭，更多的是接近黃山穀，提按和使轉的筆法交互使用，行與行之間的距離很緊，形成一種汪洋恣肆的視覺效果。更難得的是楷書又寫得相當嚴謹，有晉唐人的古雅氣息。這種反差很大的綜合素養與唐代的張旭十分相似，如《草書自詩卷》《致元和手劄》《草書千字文卷》《王文恪公卷》等。