波風水門並沒有親眼見過真言所說的外星人，不過他卻曾與帶著虎紋麵具的神秘人交手，按照他的推測，神秘人和外星人應該有關聯，那麼找到神秘人，應該就能得知外星人的線索，進而弄清楚外星人的目的。
然而麵具人使用的忍術也是空間能力，他幾次追蹤都被對方逃脫了，但他也並不是一無所獲，在追逐神秘人的過程中，他機緣巧合發現了一個古老的遺跡，遺跡中有一些和封印術類似的符文，他無法解讀，便把符文抄寫了下來，回到了木葉。
忍界最擅長封印術的就是漩渦一族，而他的妻子漩渦玖辛奈就來自這個家族。
回到家中，波風水門先見了玖辛奈和鳴人，他離開這段時間，鳴人已經長大了一圈，玖辛奈看起來也完全恢複了，這讓疲憊的他欣慰不少。
和家人敘舊完，波風水門這才拿出自己抄寫的符文，拿給玖辛奈看。
“這個符文很複雜，我需要時間解讀。”看完後，玖辛奈說道。
波風水門抱著鳴人，點點頭說：“這段時間我會留在家中。”
既然要留一段時間，波風水門又去見了一趟三代火影，他隱退之後，誌村團藏並沒有如願上位，而是三代火影重新出山，繼續擔任了火影。
三代火影沒想到波風水門真的能追查到線索，聽對方講述完，他忍不住追問：“那個遺跡的位置在哪裡？”
“是一個獨立空間。”波風水門說道，忍者世界確實存在一些獨立的空間，比如一些通靈獸的歸屬地，像是□□所在的妙木山，萬蛇所在的龍地洞，以及蛞蝓所在的濕骨林等都是這樣的空間。
“那個遺跡看起來荒廢了許久，裡麵還有一些奇怪的圖騰，不屬於忍界的任何一個家族。”波風水門又補充道，這也是他慎重對待的原因，因為這更加印證了外星人存在的可能。
三代火影完全沒料到九尾事件會發展到如此複雜的程度，想了想他開口問道：“需不需要增派人手？”
“在沒有定論之前，我覺得這件事還是越少人知道越好，以免引起恐慌。”波風水門說道，“還是先等玖辛奈那邊的結果吧。”
玖辛奈把符文破譯出來，已經是四天後，破譯後的符文分成了兩部分，一部分是記錄事件的密文，大概講述的是一個祭祀活動，祭祀主體是一棵神樹，至於剩下的符文內容，則類似於一個聚靈陣，應該是為了供養神樹。
符文破譯後，之前的疑惑不但沒有解開，波風水門又有了更多的疑惑，神樹到底是什麼？為什麼忍界從來沒有相關的傳說？還有神秘人，尾獸，外星人，這三者又和神樹有沒有關聯？
為了弄明白所有真相，波風水門和家人告彆，又一次離開了村子，繼續尋找線索。
...
經過一段時間的忙亂，木葉村的重建工作基本上已經完成，村內也逐漸恢複了秩序，唯一待解決的問題大概隻剩下過度消耗的財政資金。
為了彌補虧空，三代火影不得不把部分因為警戒敵人，而留在村內待命的上忍放出去接任務，除此之外村中的中忍和下忍也忙碌了起來。
真言聽說這件事，還是因為有一段時間沒見到鼬了，問過宇智波富嶽才知道鼬也出任務去了。
隻靠忍者出任務創收，真言覺得村子的收入來源太過單一了，他花費了一些時間整理，然後遞交了一份《木葉村農副業發展創收規劃》。
三代火影看看手中的規劃書，再看神色正經不像開玩笑的真言，他忍不住皺眉問：“你想讓忍者種地？”