在所有人都還沒有回過神的時候,酒廠製藥公司悄然出現在了大眾的視線中，並且飛快地在市場上占據一席之地,因為推出的幾款新型藥物而廣受好評,同時，在地下社會，烏丸集團的身影開始悄然淡去，漸漸隱於幕後。就連赤井秀一這種經驗老道,追查組織已久的FBI，在意識到不對勁的時候，才發現木已成舟，沒等他深入調查,組織就在一夜之間消失,留下的至於稀稀落落的幾個空殼和幾個站點,被公安一舉清剿。
烏丸集團就此陷落,像基安蒂這樣的不少高層乾部被逮捕，其它來自各方的臥底公開身份時成功脫身,貝爾摩德一如既地遊走在灰色的地帶難以捕捉，女明星莎朗卻一如既往活躍於熒幕上，波本的臥底身份到最終也沒有公布，不少人猜測這個神秘主義者早已隱居或者逃亡國外，誰也不知道他從未脫下過身上的警服,至於突然出現的神秘人物，諸如新任的boss以及軍師“教父”和護衛“白蘭地”則來無影去無蹤，仿佛人間蒸發一樣就此消失,出現在大眾視野中的隻有女承父業，致力於開發研究藥物救濟天下的酒廠製藥公司董事長藤丸立香，以及為了兌現對摯友的承諾特地從國外趕回來教導她的教父，目前掌握大部分實權，對教女寵愛有加的總經理詹姆斯。
就連公安中的不少人也覺得似乎有些意料之外的輕鬆，但再一考慮此前漫長的追查工作和大大小小的戰役，以及潛入組織多年的臥底，頓時覺得一切都像是水到渠成一般的順利，乾脆就不再想太多。而降穀零則遵守約定，沒有將藤丸立香等人的消息傳出去，於是這個故事就變成了“組織的boss假死意圖轉移組織卻被臥底公安看出並且用計假戲真做消滅boss後依據拿下組織”的故事。
在降穀零的配合下，莫裡亞蒂把一切證據做得滴水不漏，大部分普通的、還沒有變得喪心病狂的科研人員都進入了公司研究能夠救人的藥物，很多願意改邪歸正的成員也在莫裡亞蒂稍稍對他們進行了一些小催眠之後也進入了公司開始了平凡的工作，當然也留下了一些武裝力量以保證未來公司不會被地下社會的其它東西威脅，貝爾摩德也依舊為製藥公司效力，讓公司不至於因為一點黑暗的小尾巴而被黑吃黑。
灰原哀在藤丸立香的勸說下，還是答應了進入公司進行研究，藤丸立香也耿直地把APTX-4869相關的資料全都交給了她，讓她去研發恢複的藥物。至於柯南，也開始暗暗為“柯南”這個人物如何消失得不起眼而作準備。
而藤丸立香也收到了“安室透”最後的邀約。
“你居然真的完全沒有說出去啊。”在夜晚空無一人的波洛咖啡廳，藤丸立香對著櫃台內正在收拾的安室透感慨道，“我還以為降穀零會是那種一定會把自己所知道的部分如實上報的那種警員呢。”
“降穀零也不是傻子好嗎。”安室透笑了笑，回答道，“我知道，這是最好的選擇了，最少的流血，最少的損失，最少的混亂和動蕩，對於這個國家來說——我本來就不是為了上司在工作，而是為了國家啊。”
“出人意料是完全不死板的類型呢！”藤丸立香喝了一口他遞過來的飲料，眨眨眼，“咦，這是什麼飲料？”
“是灰姑娘，一款經典的無酒精雞尾‘酒’。”安室透解釋說，“考慮道你還沒到能喝酒的年紀，我可不想被你的伯爵給燒死。”
“哈、哈哈，不至於的……”藤丸立香乾笑了兩聲。
“這種雞尾酒最初的含義是告訴年輕的女孩子們‘如果不能喝酒，就不要去參加舞會’。”安室透用毛巾擦擦手，靠到櫃台邊來，“雖然很想這麼對你說，但你已經踏入其中，我也就沒有辦法了。”
“謝謝關心，但我不要緊的。”藤丸立香點了點頭，“不過無酒精雞尾酒啊，會有酒的味道嗎？”
“其實就是果汁而已。”安室透給自己也拿出一個杯子，不知道從哪摸出一瓶酒來給自己倒上。
“那個是酒吧？”藤丸立香聞出了酒的氣味，“波本？”
“是蘇格蘭威士忌。”安室透聳聳肩，重新把酒瓶蓋上然後開始小口喝著杯子裡棕紅的酒液。
“這樣啊……”藤丸立香停頓了一下，然後抬起自己的杯子，“那我們來乾杯吧！”
“為什麼？”幾天前就參加過慶祝剿滅組織的慶功會的安室透好笑地看著眼前稚氣未脫的少女，“為了酒廠製藥公司的成立？”
“不，為了波本！”藤丸立香固執地舉著杯子，“謝謝你這段時間的照顧啦，波本先生~”
“……噗。”安室透控製不住地笑了起來，“什麼啊，該道謝的是我吧。”
“那就更要乾杯啦，快點舉起杯子喂！”藤丸立香催促道，“你已經辭職了對吧——那麼現在就是最後的機會了噢，波本先生！這是boss的命令！”
“好好，聽你的。”安室透無奈地也舉起杯。
“敬波本。”藤丸立香笑著，眼底流露點點星光。
“也敬你，boss。”兩人的杯子輕輕碰上，發出清脆的一聲。
然後藤丸立香咕嘟咕嘟喝了一大口冰鎮的飲料，然後喘了口氣：“呼呼呼，好舒服！”
安室透看著她的在夜晚並不明亮的燈光下露出的笑容，良久，然後也喝了一口杯中的酒：“你也快要離開了吧。”
“你知道了啊。”在一切還沒有收尾完成的時候，藤丸立香就成功聯係上了迦勒底，隻是還有最後一點沒有結束，她決定拖兩天再回去，把對麵的江戶川亂步氣得宣稱隻有獻上一年分的小熊餅乾才能原諒她。
“猜也能猜到吧。”安室透笑笑，“你連偽裝成你的任務都拜托給貝爾摩德了，柯南君應該也猜到了吧。”
“是啊，大概沒法看見他變回中學生的模樣了。”藤丸立香頗有些遺憾地歎了口氣，“話說貝爾摩德又為什麼討厭小哀啊，還揚言要用職權為難小哀呢。”
“一些私人恩怨吧。”安室透對此不甚介意，他所知道的那個貝爾摩德，可不會把這種事情拿到嘴上來說，所以當她說著要作這樣的事情，反而可能隻是說說而已。
再說了還有赤井秀一那個混蛋FBI盯著，小姑娘出不了事。
“明天一早我們就要靈子轉移，連給他們告彆的定時郵件都設定好了。”藤丸立香喝完了最後一口飲料，“順便，這個給你——”
她從口袋裡掏出一個深棕色信封放在了桌子上，火漆上是煙鬥的圖案：“是福爾摩斯先生準備的解謎遊戲，建議你去和柯南一起解決，解密的獎勵是雙人份的。”
說完藤丸立香站起身，走到了門口，推開門，門鈴發出一聲清脆的響聲。
她回過頭，對著站在把台中的男子揮了揮手：“有緣再見，波本先生！”
安室透展顏一笑，也揮了揮手：“再見！”
以後大概見不到了吧，她也是，那個孩子也是，共同的目的達成之後，熟悉的身份被拋棄之後，會就這樣漸行漸遠也是理所當然的事情，何況是相隔了一個世界的人。
不過，這樣就夠了，他笑著，看著門在他眼前被關上，門鈴又發出一聲清脆的響，如同酒杯碰撞一般的叮當聲。
在黑暗得看不見鏡頭的旅途中如同流星般劃過夜空的光芒啊，和他不同，和任何人都不同地，沒有選擇終結黑暗，而是選擇了照亮黑暗的那個少女——
“遇見你很開心，不論是作為波本，還是作為安室透，還是——”
“我。”
第二天，聽聞藤丸立香已經離開的柯南匆匆忙忙找到了脫離了安室透身份，正在休假整頓準備重歸警局的降穀零。
於是兩人一同拆封了那封信，開始跟隨著上麵的謎題線索，滿城市地尋找那個所謂的“獎勵”，一大一小兩個人硬生生是從天亮找道了天黑，幾乎把全城都走了一遍，才終於抵達了目的地——一個複古的舊書店。