之後，曉組織徹底沉寂，一眾骨乾力量死的死，散的散。
得知這一情報的他還頗有些遺憾，覺得曉組織滅亡的太快了，沒能給半藏多找點麻煩。
不過考慮到半藏的強大，他對這個情報並沒有生疑，隨後便放棄了對曉組織的關注。
然而世事難料，他怎麼也沒有想到當初被他算計的那個組織，竟會浴火重生，不僅再次登上了忍界的舞台，更是成為了令五大忍村都戰栗不已的恐怖存在。
而經曆了草之國大戰，確認長門和小南這兩個曉組織餘孽的身份後，他意識到自己的麻煩大了！
當初那場針對曉組織的伏殺，可是他和半藏一起策劃的，他在裡麵扮演了什麼角色，想調查出來並不困難。
所以他與曉組織之間，沒有任何轉圜的餘地。
另外，就算曉組織不找他的麻煩，他曾經設計陷害曉組織，導致曉組織險些覆滅的消息一旦傳開，他必然會受到各方勢力的責難。
大家會把曉組織針對五大忍村的敵意的由來，一股腦的推到他身上。
屆時，彆說他了，就連整個木葉，都有可能因為這件事，而承受其他村子不小的非議。
悔意在他腦中一閃而過，旋即，他冷下了臉，暗道：“我所做的一切，都是為了村子，我...沒錯！錯的是半藏，還有那些早就該去死的曉組織！”
......
大蛇丸的秘密實驗室內。
“放開我，快放開我，我要殺光你們！”
一隻被數道刻滿了封印術式的鐵鏈鎖著的鬼，在實驗室中大吼大叫著。
大蛇丸瞥了一眼鬼，然後低下頭，饒有興致的看著剛剛對鬼測試出來的各項數據。
草之國一戰，他偽裝成木葉的暗部，全程參與其中，所以對於鬼的強大，他有著深刻的認識。
這時，藥師兜走了進來，推了推鼻梁上的鏡框：“根部的人剛才來過了，詢問您試驗的進展，我把他們打發走了！”
大蛇丸點了下頭，隨後將手中的數據遞給了藥師兜。
藥師兜看了一眼，旋即驚歎道：“這也太驚人了吧？這隻怪物的血肉活性竟然比初代的細胞組織都要高？”
大蛇丸眼中冒著精光：“不錯，這隻怪物的細胞組織，簡直就是一個寶藏！”
被鎖在實驗室裡的那隻鬼，感受著大蛇丸和藥師兜那熾熱的目光，身體一下子止不住的泛起了雞皮疙瘩。
大蛇丸隨後對藥師兜問道：“綱手那邊的進展如何了？”
無疑。
村子成功捕獲了一隻鬼，並且正交由綱手支持研究的事情，大蛇丸早就已經知道了。
藥師兜笑道：“綱手大人目前還在收集各類毒物中，應該還沒有取得什麼關鍵性的進展吧！”
大蛇丸知道綱手研究的方向是如何針對鬼的高速再生，而他卻並不準備這麼做，他對怎麼對付鬼沒有絲毫興趣，他隻是想獲得鬼那幾乎不死的身體。
就在這時，又有一道身影走進了大蛇丸的實驗室，然後來到大蛇丸麵前行了一禮：“大蛇丸大人！”
大蛇丸上下打量著：“是君麻呂啊，你的身體怎麼樣了？”