他又舉薦了明吏部尚書：孫瓏、明刑部尚書：孫丕揚，被明神宗發怒而革去其職。
待顧憲成回到故裡南直隸常州府無錫縣，與弟弟顧允成共同倡議重修東林書院，之後並與明揭陽縣典史：高攀龍、明都察院福建道監察禦史兼廣西巡按：錢一本、明光州學正：薛敷教、明太仆寺少卿：史孟麟、明安吉州判官：於孔兼，諸人一起講學其中，每歲一大會，每月一小會。
時士大夫懷誌而為當局罷斥者，多聞風響附，學舍至不能容，講學之餘，往往諷議時政裁量人物，朝內的官員亦遙相應和，由是東林之名大著。
人稱顧憲成等辭官大臣為「東林黨」其後，明刑部尚書：孫丕揚、明南直隸吏部員外郎：鄒元標、明吏部考功清吏司郎中：**星，等人也相繼到此講學，自負氣節，願與朝廷相抗，是為東林黨之議開始。
而浙江承宣布政使司寧波府鄞縣人士，明詹事府少詹事兼翰林院侍讀學士：沈一貫，以善於奉承因此得明神宗歡心，遂入內閣，成為浙江承宣布政使司派係官僚首領，人稱為〈浙黨〉。
東林黨人以講學聯絡人士，浙黨人恃權求勝，從此東林黨、浙黨，之間互相爭鬥長達五十年。
5月28日南直隸鳳陽行都督府潁州百姓：王自簡，聚眾千人發動造反，旋即遭到官軍鎮壓。
6月20日，朝廷以明潁州兵備道副使：李驥，等俘獲王自簡等人有功，下令嘉獎，並各賞銀有差。
10月23日，與明薊遼總督：顧養謙，一起力主對幕府議和封貢的明兵部尚書：石星，再次上疏請儘快封貢幕府，並說道“當初幕府倭軍攻占李氏朝鮮王國，是利用其威，及其退還王京、送回王子和陪臣，是講食用，陛下慨然許封，則當儘快封之，一封而倭寇以退，李氏朝鮮王國以保，外患以息，內備以修，今倭軍久住釜山浦，我朝之欲封不封，既已失信！彼之請封未封，必複生疑，故封後而勒令儘歸，宜無不得，封前而數為責備，似難必行，宜一麵令倭使：小西飛，進京確示予封之信，一麵令侵朝倭軍統帥：小西行長，即退以待冊使往之，即使小西行長不敢速歸，待冊使至而返，亦無不可，封則李氏朝鮮王國暫安，得自為戰守，若複設難成之約，則禍及李氏朝鮮王國，全羅左右道必失，我遼東都指揮使司亦難以支持，若封後有反複，臣願自往蒞，事不濟則治臣罪。”
於是明神宗聽後覺得有理，就讓司禮監太監們去傳詔幕府使者：小西飛，火速進京確認禦旨，
雙方在內城太仆寺內談判，大明官員提出說“我皇陛下讓我們來傳話，令幕府倭軍儘早退出李氏朝鮮，若你們執意不退的話？那麼我朝則興兵正罪勢必要剿滅你們。”
但幕府使者就提出道“大和語：我軍在受封之後，可以迅速撤離李氏朝鮮王國，但是咱們隻冊封而不準朝廷求進貢，其次朝廷必須與李氏朝鮮王國修好不得侵犯我國。”
由於明使不太懂大和語！因此幕府使者就和明禦倭遊擊將軍：沈惟敬，一起欺瞞明使，為了穩住他們就謊稱皆以穩妥，並傳遞幕府的降書給明兵部尚書觀看。
不明真相的明兵部尚書大喜，在場的大明官員們也很是高興，連忙上奏明神宗，又帶著倭使進宮向大明天子獻禮。
12月30日，明神宗從明兵部尚書之請，命明臨淮候勳衛署都督僉事：李宗城，為正使、明五軍營右副將署都督僉事：楊方亨，為副使，各賜武官一品服，並帶著［郡王常服］與冠冕前往李氏朝鮮王國釜山浦封幕府關白：豐臣秀吉，為幕府國王兼大明郡王。
明萬曆二十三年公元1595正月初3日，明鄭恭親王：朱厚烷，長子明鄭恭親王世子：朱載堉，奏請“宗室子弟，皆得儒服就試，中式者無論中外職，視才器使。”
明神宗從其奏請，後經禮部大臣會議，至明萬曆三十三年公元1605年12月初1日才正式施行，但規定宗室子弟和及第之後不得授予京朝官。
5月11日，明四川總督：邢玠，下令讓明重慶府知府：王士琦，單騎趕赴播州宣慰使司，在鬆坎裡收到戰報接見了明播州宣慰使：楊應龍，他帶手下五花大綁前來。
這一次明播州宣慰使不施展兵法，玩起了演技，把自己捆綁起來，跪在路旁痛哭請罪，還雙膝下跪去迎接明重慶府知府，期間一直磕頭磕到頭破血流。
他還主動獻出了明播州宣慰使司副使：黃元、明播州宣慰使司僉事：阿羔、明播州宣慰使司經曆使：阿苗，等十二個替死鬼，以抵銷自己的罪責，並認罰四萬金，並協助朝廷采木。