琴酒死了。
帶回消息的赤井秀一滿身硝煙, 幾乎被血滲透。他胸前的防彈衣破了個大洞，半邊身體帶著燃燒過的焦痕，一起的還有降穀零和江戶川柯南。
據說返回支援船後, 被叫到指揮部的降穀零和江戶川柯南一直等不到赤井秀一, 眼看島上的火勢開始蔓延, 江戶川柯南根據赤井秀一定位最後的消失地點推測出赤井秀一的方位，於是便和降穀零一起重返島嶼上救人。
這沒什麼意外的, 畢竟主角總要在最後和反派來一場轟轟烈烈的對決。尤其是對江戶川柯南來說, 他的【誕生】始於琴酒，也應該終於琴酒。
當降穀零和江戶川柯南趕到的時候赤井秀一和琴酒的決戰已經到了最後關頭, 兩人身上到處都是傷，白色的沙灘上撒滿了鮮血。赤井秀一肺部被刺穿, 琴酒另一隻手也被廢掉, 兩人麵對麵站著，即使是最狼狽的時候背脊依舊筆直, 在月光下如同冰冷的槍械。
看到降穀零，琴酒諷刺地笑出了聲, 帶血的手擦去嘴角的鮮血，灰綠色的眼睛倒映著燃燒的火焰和遠處密密麻麻的支援船。天上的戰鬥機在盤旋著，巨大的轟鳴聲響徹海灘, 海風吹起他帶血的銀色長發。
“投降吧琴酒。”
當江戶川柯南說出這句話的時候，回應他的是拉響的手榴/彈，在降穀零的舉槍射擊中琴酒轉身跳進了布滿暗礁的急促漩渦中。
就像所有電影結尾一樣，反派留下一個背影，消失在無垠的大海裡。
“琴酒腹部撕裂胸口中槍早就失血過多，我們趕到的時候他已經是強弩之末，在大海中他不可能活下來。”降穀零說道：“之後我們會派人員進行搜查, 不過這附近暗礁和海坑很多加上水流很急，找到屍體的可能性不大。”
黑衣組織最強大的戰鬥人員被消滅，剩下的組織成員就如索薩所說的不過是貪生怕死之徒，很快便在大火的攻勢下跑到沙灘上投降。
因為在班長他們的安排下，組織管理層被針對擊殺，等黑田兵衛和詹姆斯他們把投降的組織成員押上船進行清點後便發現除了一開始被公安抓起來的那名管理層外，剩下的全是保鏢人員，其他管理員全都死了。
更有意思的是，這名管理層負責的是行動組，雖然對組織了解很深，但是卻沒有掌握組織和各大政府勾結的核心情報，仿佛印證了烏丸蓮耶所推測的幕後勢力借警方的手鏟除黑衣組織，卻不讓他們深究一樣。
等降穀零在江戶川柯南的提醒下聯係上日本本土，了解到倒計時的真實含義轉身去找索薩的時候，卻發現原本在醫療室裡和花田早春奈一起接受治療的青年不見了。
此時花田早春奈早就因為藥效昏睡過去，高山猛男也因為太累呼呼大睡，坐在花田早春奈床邊的凱頓一如既往地不搭理人，降穀零便找上了基爾。
走廊上的基爾麵無表情：“那家夥說餓了讓我去給他泡個麵，因為他一直嚷嚷我擔心吵到彆人，又看在他差點死了的份上就答應了，沒想到等我回來後他就不見了。”
旁邊的垃圾桶裡散發著濃鬱的方便麵味道，足以表現這位溫柔的CIA臥底的憤怒。
在她離開前那家夥明明答應了會告訴她想知道的事，卻又耍了她！
降穀零皺起眉，索薩居然能遠距離操作日本的導彈，這件事非常嚴重，如果被上層知道可是比黑衣組織還需要嚴陣以待的事。
但幸好倒數的事隻有江戶川柯南和花田早春奈他們組織的人知道，烏丸蓮耶的彆墅又化為烏有，在沒有證據的情況下，上麵的人怎麼也聯想不到這次千裡之外的逮捕行動。
為了最大限度地降低威脅性，他必須要先搞清楚索薩是怎麼做到這件事的。如果索薩真的威脅到日本，他就隻能對他進行逮捕了。
抱著這種想法，降穀零加快了收網的速度。
島上的大火一直燃燒到的第二天清晨，在降穀零等負責人的指揮下大火很快被撲滅，之後公安人員和FBI戴著防毒麵具進入海島進行搜查，與此同時打撈船開始對附近海域進行打撈。
整個過程天空一直有飛機在巡邏，確保從昨晚開始便沒有船隻離開過附近的海域。
之後警方人員在島上發現了一百多具焦屍，因為大火的溫度很高，加上之前的戰鬥中使用過地雷和手榴.彈，屍體大多隻剩下殘骸，加上組織成員一向使用假身份，之後估計也很難做DNA對比，對此班長等人樂於見成。
不過雖然屍體殘缺不全，但是對比過索薩之前提供的管理層參與名單後，降穀零他們依舊發現屍體數量少了不少。
少的那部分，主要是花田早春奈他們組織的。
這次跟上支援船的花田早春奈他們組織成員隻有凱頓、索薩兩人（猛男和8號因為本來就以公安和FBI身份參與的所以不算），其餘二十多號人就像索薩一樣憑空消失了。
就像之前說的一樣，從昨晚開始天空上就一直有飛機繼續巡邏，根本沒有船隻離開過，花田早春奈他們組織的人是如何消失的，江戶川柯南他們怎麼也想不明白。
因為唯一會無條件告訴他們情報的花田早春奈正在昏睡，江戶川柯南他們隻能先處理眼前的事。
在把島上的屍體收集完畢，又留下部分繼續打撈的人員後，公安和FBI們便浩浩蕩蕩地返回了日本。
花田早春奈和受傷的公安和FBI等人被送往了東京最好的醫院進行治療，降穀零做了簡單的包紮後便和黑田兵衛以及詹姆斯投入到對黑衣組織資料的整理中。
因為這次是兩國合作，除了對抓捕行動的彙報後還有一係列的利益分配和黑衣組織涉及的罪案調查，接下來會將會是無窮無儘的扯皮會議和加班地獄。