為了阻止蟲族女王築巢地球的計劃，聯邦高層決定用核彈轟炸沃登號。但在核爆沃登號之前，瑞科爭取到營救船同伴的寶貴時間。然後，瑞科駕駛掠奪者機甲，有神兵天降救出前女朋卡門和好友卡爾，也見證了12機動步兵隊帥哥校“英雄”亨利的壯烈犧牲。然而此時核彈已經發射，眼看就要來不及逃離，不料蟲族女王再次操控飛船，一輪艦炮齊射擊毀了來襲核彈。
好在“英雄”亨利生前已命人在飛船引擎安放了4炸彈，最後眾人在飛船炸毀前逃出了火海，再一次有驚無險地解除了危機。蟲族女王和她的蟲群在飛船爆炸中全滅，隻可惜還是有一隻蟲子逃進了下水道。
2369年，人類聯邦艦隊再次抵達蟲族母星克蘭達夫，重抵星，收複威士忌前哨站。
2371年，聯邦開發出了對付蟲族最新的武器：新星炸彈。
此時，人類已經在火星殖民了數十年，並成功通過大氣改造讓火星擁有了大氣層，也幾乎沒有遭遇過蟲族的侵擾。火星的人類自稱火星人，對人蟲大戰無感，甚至想要脫離聯邦獨立建國。然而真實狀況是，火星早已被蟲族隕石撞擊，深藏撞擊坑地底，不斷繁殖一直“沒被”聯邦發現。
直到有一天，無數蟲群忽然鑽出地表，襲擊火星城市。火星人被打得措手不及，整個星球成為了蟲族的孵化器和屠宰場。最年輕的天空元帥艾米斯納普npp，世界最聰明的女人，其實早就知道蟲族隕石的存在，但是她隱瞞了真相，放任蟲族在火星滋生，並在火星的大氣改造站裡藏了一枚炸彈。她的真實目的，是通過摧毀火星，利用地球人對火星人日漸滋生的厭惡，和對蟲族日漸積累的恐懼，在競選中提高自己的支持率。
此時，瑞科就駐紮在火星太空站，由於之前那隻在地球下水道裡亂竄的蟲子，降職為校，派駐在此。
而他的好友卡爾發現天空元帥艾米斯納普的陰謀後，通過心靈感應告訴了隨聯邦遠征艦隊再一次攻擊蟲族母星克蘭達夫的新約翰沃登號艦長卡門，並讓卡門臨陣脫逃前往火星尋找瑞科，於是“宿命3人組”再次聯手。在好友卡爾用通過心靈製造的前女友迪茲弗洛雷絲的精神體一路陪伴和鼓勵下，瑞科找到了大氣改造器裡的彈，挫敗了天空元帥艾米斯納普的計劃，火星得以保全。天空元帥艾米斯納普的支持率直線下滑，狼子野心逐漸敗露，最終隻能選擇流亡星際。而瑞科則被卡爾恢複了將軍之職，與新約翰沃登號艦長卡門攜手加入了反攻火星的任務。
2372年，聯邦找到了蟲族母星克蘭達夫的蟲族女王，用新星炸彈摧毀了蟲族巢穴，贏得了勝利，人蟲大戰告一段落。
所以，02實驗室的超腦其實是：星際蟲神畢罕科托。
按照星河戰隊是和生化危機一樣是級入門的評價，險些吞噬一顆星球的星際蟲神畢罕科托能夠創造的劇情世界，理論應該高於生化危機中的白皇後。
然而這都不是重點。重點是，隨著吳塵越來越了解基地的詳情，就對他親手創立的落錘組織越發忌憚。
而且參考“星際蟲族”這一經典科幻設定，再加落錘組織或者說作為落錘首領個人癡迷於電子遊戲的偏好，作為02實驗室“對比實驗體”的星際蟲神畢罕科托的“神腦”創造的“夢世界”不會是星際爭霸、光環或者戰錘40吧？