於是，在唐沅和塞繆爾的推動下，聯盟總部第一所集科學技術和軍事人才培養於一身的賽因斯學院正式成立了。
總的來說，賽因斯學院是合並了聯盟原有的尖端學府，但將教學模式全盤推翻重建。初期主要是塞繆爾和唐沅負責，軍事人才培養方麵主要仿造帝國聖斯學院，而科技人才方麵則是靠唐沅搜集了1088所在世界的高等學府培養模式綜合而成。
唐沅深知，一流學府的產生離不開優質的資源，這些資源包括大師泰鬥和優秀學生，也包括前沿信息和前人的研究成果。前者聯盟暫時稀缺，可後者在1088這個作弊器的幫助下卻是要多少有多少。
最重要的是，這個時期的聯盟居民，擁有著飽滿的熱情和堅定的信仰。和唐沅祖國的紅色年代很像，這裡的人民儘管生活並不富足，還時時麵對戰爭的侵襲，可他們卻普遍有向美好未來不懈奮鬥的決心和動力。這點在賽因斯學院的第一批師生身上體現得淋漓儘致。
唐沅給他們了資源，他們就像乾渴的海綿進入大海，瘋狂汲取著周圍的養分充實自己的大腦。介於原本教師水平的不夠，賽因斯學院采取的是師生共同學習共同進步的模式。在攀登知識高峰的途中，師生共同進退，互相扶持，還當真取得了不錯的成效。
賽因斯學院開辦得熱熱鬨鬨，研究所的事情唐沅也沒落下。在了帝國建造星網初期的詳儘資料後，研究人員們協助唐沅花了不到五年給聯盟交上了一份滿意的答卷
星網總服務器，基本成型
而此時，賽因斯學院第一批學生，順利畢業
授人以魚不如授人以漁，這個道理唐沅從來懂得。在最大的技術難關成功攻破、新鮮血液注入研究建設工作後，當初改變了一個時代的星網密密麻麻覆蓋了聯盟總部。
當然，賽因斯學院規模龐大，培養的也是多方麵人才。於是，一些畢業生走入了教育行業，將無數個“賽因斯學院”複製到聯盟的每一個據點；一些畢業生投入了武器研究，在星網建造的同時迅速將聯盟的武器改朝換代，裝備一新；一些畢業生邁入了農業、政治、軍隊
唐沅、塞繆爾以及數萬萬聯盟居民，一起花了四十年將整個聯盟一點點改造升級，逐漸追上帝國的發展步伐，讓整個聯盟從陰影裡走向陽光下。
四十年裡發生了許多事。聯盟老領導期滿退位，塞繆爾正式接過整個聯盟的領導權成了一把手；聯盟逐步收攏星際其他勢力，逐步發展壯大；聯盟和帝國之間的對抗從一開始的退避三舍到後來的主動出擊，漸漸解放了許多帝國奴役的荒星和賤民聚集的星球。
順帶一提，這個世界的女主古妮薇爾在賽因斯學院開辦後主動報名，並因為崇拜唐沅，選擇了武器設計製造方麵的專業，畢業後進入研究院，現在已經是聯盟在這個領域的中流砥柱。
她和伊頓早在三十年前就正式結婚，伊頓的優秀比起妻子也不遑多讓，在塞繆爾成為一把手後接替了他原本在軍隊裡的職位，四十年裡帶領聯盟士兵打了不少勝仗，現在已經是軍隊主話人之一。
古妮薇爾喜歡來找唐沅聊天，唐沅也蠻喜歡這個開朗善良的姑娘。一來一往間，唐沅就知道古妮薇爾和伊頓是自小長大的青梅竹馬，從小感情就很好。剛得知這個消息的唐沅十分疑惑，如果是青梅竹馬，在原世界線中古妮薇爾為什麼會和塞繆爾走到一起
1088翻閱伊頓原本的人生軌跡後給了她答案。
原來在原世界線裡，伊頓還沒來得及跟古妮薇爾訂婚，十幾歲的年紀就死在了帝國對聯盟據點的一次攻陷中，那時古妮薇爾對伊頓的感情還沒來得及轉變成愛情，自小長大的哥哥戰死後，她悲痛了一段時間，最後也走出了陰影，後來才與塞繆爾相知相愛。
而唐沅來了後，塞繆爾沒回聯盟反而進了聖斯，那幾年裡塞繆爾往聯盟傳了不少情報，其中一次就讓聯盟成功避開了那次戰役，伊頓也並未英年早逝，於是近水樓台先得月，讓他成功抱得美人歸。
得知真相的唐沅
雨她無瓜，無瓜是塞繆爾自己救了自己最大的情敵
於是那天晚上，塞繆爾結束工作回家後，就接受到了來自唐沅的複雜目光。
塞繆爾
看著自家絲毫不知道自己錯過了什麼的蠢弟弟，唐沅心痛jg恨鐵不成鋼jg
總之，不管唐沅如何心痛，塞繆爾最終還是成功單身到了四十年後。
對此唐沅雖然深表遺憾，但並沒有出手乾預。她自認是一個自由民主的家長，做不來七大姑八大姨催婚逼婚的事，何況，她自己就是一個獨身主義，實在沒臉去勸塞繆爾接受一段不情願的感情。
星曆4031年，聯盟收服了普克星係最後一方小勢力，經高層商議後決定傾儘兵力，正式向麥倫星係的日曼帝國發起總攻。
那場浩大的戰爭足足持續了十年。
十年裡，聯盟的軍隊逐步解放帝國勢力下各個星球，不斷有奴隸和賤民掙脫枷鎖，站起來加入到這場泣血的抗爭。
帝國從最開始的不屑一顧，到節節敗退後的舉國惶然，也不過經曆了短短數年。
星曆4041年，聯盟的軍隊終於踏上帝星的土地。那天的帝星血流遍地，高高在上的貴族被自己的奴隸逮捕起來，畢維斯帶領的皇城護衛在聯盟的鐵蹄下不堪一擊，重重防衛破後，他不得已自裁謝罪。卡洛斯五世和他的皇後殿下，還沒來得及逃出皇宮就被憤怒的人民抓起來，推上了斷頭台。
統治了這片星域上千年的帝國，在這一年的煌煌火光中蕭條落幕，而當新的黎明到來時，代表著自由與平等的聯邦在它的廢墟上傲然重生。