而在葡萄牙的這段生活裡，最出乎瓊安意料的，便是塞巴斯蒂昂國王的祖母——奧地利的凱瑟琳王太後不僅沒有為難過瓊安，反而待她和顏悅色，甚至幫助瓊安與西班牙使者拉近關係。
“她是擔心你在葡萄牙要是過得不好，會直接影響到英格蘭與葡萄牙的外交或是王室血脈的延續。”塞巴斯蒂昂國王特意在自己的書房裡為瓊安量身定製了一張辦公桌，兩人總是一邊處理國家政務，一邊麵對麵交流道：“我的祖母雖然是西班牙公主，但她更熱愛葡萄牙。”
“這畢竟是她生活了幾十年的土地，更是她的丈夫，兒子，以及孫子所熱愛的土地。”提起奧地利的凱瑟琳，塞巴斯蒂昂國王也是百般複雜：“我在懂事時就為葡萄牙傷了她的心，但是她一如既往地愛我並且包容我，甚至願意為了愛我而像愛自己的孫女一樣愛你。”
“孫女？”瓊安調侃道：“論輩分，我應該稱呼你的祖母為表姨。”
“所以我們兩的婚姻也需要教皇的赦免。”塞巴斯蒂昂國王接口道：“好在美第奇家拿錢辦事，非常公道。”
“這也是我父親喜歡他們的主要原因。”瓊安跟塞巴斯蒂昂國王的交流不多，因為兩人都是喜歡埋頭工作的人。
不過在那些為阿維什王朝的未來而擔憂的人眼裡，有件事遠比工作更重要。
那就是王室血脈的延續。
因為塞巴斯蒂昂國王是阿維什直係的唯一血脈。而在他之後的第一繼承人是曼努埃爾一世唯一存活的子嗣，他的叔祖恩裡克主教。
不過在恩裡克主教之後，有關於王位的繼承者便產生了不可調和的糾紛。
由於在葡萄牙的繼承權裡，采取了男性優先製度，所以在對王位的宣稱上，曼努埃爾一世的女兒們的後代要次於兒子們的後代。但是曼努埃爾一世的兒子們裡，唯一留下後代的便是若昂三世和吉馬良斯公爵。
而吉馬良斯公爵隻有兩個女兒，分彆是成為修女的瑪麗亞，以及嫁給阿維什旁支——布拉乾薩公爵的凱瑟琳。
這也是塞巴斯蒂昂國王最頭疼的地方。
雖然他在未婚前，有意讓已經跟布拉乾薩公爵生下合法後代的凱瑟琳繼位，但是腓力二世卻以現階段的繼承人裡，應該是男性優先為由，拒絕承認吉馬良斯的凱瑟琳是王位的第二繼承人。
當然，除了吉馬良斯的凱瑟琳和腓力二世，曼努埃爾一世還有個尚存於世的孫子安東尼奧，在葡萄牙擔任克拉圖修道長。不過安東尼奧是個私生子，再加上若昂大帝曾引發的繼位之戰，讓葡萄牙並不青睞這個男性繼承人。
所以為了葡萄牙的未來著想，所有人都期待塞巴斯蒂昂能跟瓊安生下合法子嗣。
哪怕是個女兒，都能斷絕葡萄牙即將麵對的分裂局麵。
然而這對小夫妻雖然在政事，興趣方麵有著說不完的話題，甚至漸漸削弱了塞巴斯蒂昂對於女性的恐懼，但是這並不意味著塞巴斯蒂昂在房事上的表現，能夠讓所有人滿意。
甚至為了監督塞巴斯蒂昂國王確實在履行血脈延續的義務，奧地利的凱瑟琳和恩裡克主教也顧不得自己的年紀和臉麵，直接在二人行房後，還在聽塞巴斯蒂昂國王和瓊安的牆角。
這讓塞巴斯蒂昂國王除了痛苦，便是更加痛苦。
“老天啊！這種日子到底什麼時候才能結束？”對於性|冷淡的塞巴斯蒂昂國王而言，每次跟瓊安行完房事，他都要抑鬱個三四天，然後在上帝的麵前痛苦很久，才能再次進入王後的房間。
這讓奧地利的凱瑟琳和恩裡克主教心急如焚的同時，還必須安慰瓊安，避免王後因為心理壓力過大，而對生育或是葡萄牙的生活產生不可磨滅的影響。
畢竟除了瓊安和奧地利的凱瑟琳，塞巴斯蒂昂國王十分抗拒跟異性接觸。
至於瓊安……她倒是不覺得被安慰的那一方會產生太大壓力，隻是時間久了，不僅是奧地利的凱瑟琳和恩裡克主教，就連威廉三世和胡安娜王後也開始擔心她在葡萄牙的宮廷生活，哪怕瓊安再三強調她過得很好，也不能阻止父母的連環轟炸。
好在眾人的努力和痛苦都是有回報的。
1576年的春天，在瓊安與塞巴斯蒂昂結婚六年後，終於傳來了王後懷孕的好消息，令葡萄牙上下都鬆了口氣，但又不能徹底地放下心來。
因為這個年代裡，嬰兒夭折率還是很高的。
雖然瓊安和塞巴斯蒂昂國王都是少病少災，熱衷於騎馬打獵的人，但是因為塞巴斯蒂昂國王之前的表現，很多人都懷疑這個孩子會不會意外夭折或是流產。
甚至為了保證瓊安能夠順利生產，威廉三世寫信派來了最好的助產士和醫生，確保瓊安能在懷孕期間得到最好的照顧。
而塞巴斯蒂昂國王在完成最重要的任務後，便迫不及待地揚帆起航，去實現他作為基督教船長的夢想，絲毫不理會恩裡克一世和奧地利的凱瑟琳對他的挽留，也顧不上已經懷孕的瓊安和他未出生的孩子。
好在瓊安已經做好了塞巴斯蒂昂國王會在她懷孕後，就揚帆起航的準備。畢竟他們結婚前，塞巴斯蒂昂國王就將未來規劃袒露得一清二楚，並且在離開前，還留下一份遺囑。表示他若不幸戰死於沙場，那麼將有瓊安與他的合法後代繼位，並且在對方成年前，由恩裡克一世和瓊安為它攝政。
而瓊安的孩子要是不幸流產，那麼將由恩裡克主教繼位，並且將葡萄牙的未來交給上帝。
塞巴斯蒂昂國王或許預料到人們對他衝動行事的擔憂，但是他更相信上帝和瓊安不會讓葡萄牙迎來毀滅般的內戰。
1576年的冬天，瓊安在裡斯本分娩下一名健康的女嬰，她用自己和塞巴斯蒂昂國王共同的祖先，那位傳奇的卡斯蒂利亞女王為她命名，標誌著在葡萄牙終將迎來一位伊莎貝拉的時代。
1578年的8月4日，阿維什家族的塞巴斯蒂昂一世戰死，他的獨女伊莎貝拉公主以不到兩歲的幼齡繼承了葡萄牙王位，成為阿維什王朝的最後一任君主。
與此同時，塞巴斯蒂昂一世的遺孀瓊安在恩裡克主教的幫助下，宣布為她女兒的攝政王與首席顧問，並且派使者將塞巴斯蒂昂國王為基督教事業戰死的消息告知於教皇，希望後者賜福並維護她女兒的統治。
而在之後的十七年裡，瓊安運用她卓越的出身與不俗的手腕，不僅維護了葡萄牙內部的穩定，更是讓葡萄牙避開了國際社會裡的宗教之爭，同西班牙一起抵抗著來自法蘭西的殖民的蠶食，將收支含糊，因為奢靡之風而出現頹廢姿態的葡萄牙整頓一新，完成了塞巴斯蒂昂國王的各項改革與在東印度的貿易事業。
1595年的七月，執政多年的瓊安王太後主持了伊莎貝拉女王與她的遠房表叔，布拉乾薩的亞曆山大（其母是吉馬良斯的凱瑟琳，曼努埃爾一世的孫女）的婚禮，並且在還政於女兒後，起身前往英格蘭，去探望她已經退位的父母跟多年未見的兄弟。
關於瓊安王太後的傳奇，在她離開攝政崗位後並未終止。
1597年的冬天，回到葡萄牙的瓊安在女兒的懇求下，出任葡萄牙駐西班牙大使。在就職期間，瓊安出麵擔保了因為被指控私吞錢財，而鋃鐺入獄的塞萬提斯，並且在之後的很多年裡，不僅成了塞萬提斯夫婦的保護者和資助者，更是和紀堯姆一起，促成了塞萬提斯和莎士比亞的曆史性會麵，在史書上留下了相當精彩的一筆。
1599年的夏天，已經四十六歲的瓊安在女兒女婿以及好友塞萬提斯夫婦的見證下，跟年過半百的西班牙將領唐.胡安在西班牙的某處小教堂裡低調完婚。
他們在之後並沒有留下一男半女，但是瓊安卻通過種種方法，讓唐.胡安的兩個私生女合法化，並且唐.胡安的小女兒胡安娜還成為繼妹伊莎貝拉女王的私人秘書與首席侍女。
1630年的春天，七十六歲的英格蘭公主兼葡萄牙前任王後瓊安病逝於裡斯本。
按照她的遺囑，伊莎貝拉女王將母親和繼父合葬於葡萄牙皇家圖書館後的小教堂裡，並且將瓊安的心臟送往英格蘭，與威廉三世和胡安娜王後合葬。：，，，