萬曆二十九年元旦日，朱翊鈞昭布天下：田雌鳳、楊朝棟、楊兆龍、何漢良、田飛鵬、田一鵬、孫時泰、馬千駟等首逆、從逆，於菜市口斬首。其餘赦了死罪的人也是閹割為奴或發配教坊司，隻僥幸逃脫了性命。
十惡不赦大罪中的第一大罪就是謀逆反叛，在此大罪之下，唯一落得較好結局的，是因為萬曆皇帝的惡趣味，而被贈送給葉小天的楊花楊小蘿莉。
隨後，朝廷將楊應龍及其一眾黨羽的首級做了防腐，旋即傳示川黔雲貴等地，這是對各方土司的一種威懾。
楊氏家族近八百年的播州基業毀於一旦，楊氏宗族幾乎被斬儘殺絕，直到最後關頭，依舊死守海龍囤的賊屬五千五百餘人，被流放閩廣。
此役，朝廷斬殺賊眾兩萬餘人，俘其賊屬近六千人，先後俘虜或招降近十二萬人，播州地方一團糜爛。
這一仗，朝廷贏了，可實際上卻也是慘勝。為了這一仗，朝廷從十五個省抽調了軍隊，由李化龍親自遴選全國各地“精明乾練”的府、縣知事百餘人，調用十個省的兵器製造坊和兵器庫的兵器設備。
僅僅是攻打海龍囤的最後一戰，朝廷方麵就陣亡將官七十八人，士兵四千六百餘人，重傷近一千人，輕傷近兩千五百人，加上土兵，總傷亡人數達到驚人的三萬餘人。
整個戰役中，由於前期明軍盲目冒進，屢屢中伏被全殲，所以全部的傷亡人數是播州方麵的四到五倍，這還不是慘勝麼？
戶部焦頭爛額地算著帳：此一戰，朝廷耗費銀兩一百五十萬兩，銅錢十七萬文，米三十二萬石，乾魚七萬斤，另有食鹽、生薑、乾蒜、蔬菜……
這還隻是與吃用有關的，藥材呢？撫恤呢？獎賞呢？戰袍呢？火藥呢？軍械呢？戰馬呢？當萬曆皇帝從興奮之中清醒過來後，他忽然發現，自己這個大贏家，其實也沒贏來什麼。
真要說有贏家，朱翊鈞咬牙切齒地發現：真正的大贏家，居然是葉小天！
葉小天借著這一仗，已然是兵強馬壯，如今整個思南已經徹底落入他的掌握，這還不算，播州的一半也落入他手中了。
餘慶、湄潭、甕水、白泥、草塘、黃平，整整六府之地，全在葉小天的掌握之中。
朱翊鈞能拿回來麼？能！問題是，他拿回來之後，交給誰？
還有比葉小天更叫他放心的人麼？相對於那些幾百年來世守其地的土司，葉小天這個麵目可憎的家夥，居然是他雖然不想承認，卻也隻能捏著鼻子承認的最可信任的人。
幾百年來追隨楊氏的播州五司七姓，因這一戰，已經徹底打亂了他們對播州的統治。那些上了楊氏賊船的，要麼戰死，未死的也被列入死黨赴京師問斬了。
未參與楊氏叛亂但也未向朝廷示忠，而是一味觀望者，也被取消世襲官職，但是這種徹底的破壞主要集中在北線，因為南線被葉小天提前全盤接收了，所以當地未曾遭逢太多的戰亂。