皇帝很清楚解刳院沒有問題，張居正也很清楚，但大明百姓並不清楚，張居正以內閣的名義請旨調查，其原因也非常簡單，就是杜絕陰謀論的蔓延，給這件事下一個最終定性。
這一次大明皇帝的病危，是一場巨大的危機，對於剛剛從泥潭裡站了起來的大明而言，作為新政向心力的那個中心，陛下一旦出問題，大明就立刻向不可知的深淵滑落，帝製素來如此，興衰和皇帝個人關係極大。
大明度過了一場浩劫，要對這場浩劫有一個最終的官方結論，那麼陰謀論就沒有了滋生的土壤，這樣對所有人都好。
包括陛下本人。
大明皇帝有點太小看自己現在的影響力了。
一個非常簡單而直白的例子，草原上現在有一條共識，那就是可以反漢，但是不能反對陛下，在草原上依舊廣泛存在著北虜和漢民之間的矛盾，主要是因為生產資料的矛盾，土地、草場、堿池、礦山等等，都是矛盾爆發的誘因。
但草原上不能反對陛下，因為現在的安定生活都是陛下和陛下的天兵天將帶來的，這是侯於趙的一個大明、皆為王臣的最大共識，隻需要兩三代人，隻需要生產資料分配完畢，就會從你中有我、我中有你，變成渾然一體，再無法區分彼此了。
張居正要進行調查的原因，就是為了防止陰謀論的滋生，因為刺王殺駕案的存在，民間有很多人認為是王崇古和他的外甥張四維一樣在刺王殺駕，所以就需要調查，需要一個結論。
很快，經過了數番審查，解刳院的審查結果，那就是解刳院，沒有問題。
陛下出現了風寒和感冒的症狀，是因為陛下身體過於強壯導致的排異反應，就是人對進入身體的異物或藥物產生的不良反應，而且是超急性的排異，陛下的這輪排異反應，大約可以解釋為免疫係統在虛空索敵，而皇帝陛下本身十分強壯，導致了這種發熱。
陛下的橫生牙縫了三針，就是這三針的線，導致的這種現象，一般人隻會局部發炎，或者疼痛。
解刳院的大醫官都很好奇，皇帝到底是怎麼挺過來的，一般來說，手術過後出現發熱症狀，基本可以白布一蓋，準備後事了，李時珍看了都隻能說，等死吧，沒救了。
當然解刳院的大醫官雖然覺得皇帝陛下很特殊，但沒有任何大醫官說，他們希望解剖皇帝。
解刳院在皇帝手術中沒有任何的問題，但張居正在調查中發現，解刳院在違規操作，解刳院有相當多的規章製度，藥品的管理非常的嚴格，鎮痛藥物甚至需要三個人互相監督才能支取，很多規章製度，是因為解刳院給皇帝看病而專門設立。
解刳院的違規，主要是集中在了實驗上，解刳院明令禁止，任何大醫官不得以自己為樣本進行試藥，皇帝陛下苦心搜集了那麼多的都不能稱之為擬人的畜生，淩遲犯，送進解刳院就是讓大醫官做實驗的。
但解刳院的大醫官普遍存在拿自己試藥的現象，比如已經脫離了觀察期的大醫官龐憲，在進行了反複驗證後，將牛痘種植在了自己身上，獲得了天花的免疫。
“所以先生，要責罰醫者仁心的大醫官嗎？他們是對自己的實驗負責，才會用自己試藥，先生怎麼忍心責罰他們呢？”朱翊鈞兩手一攤，張居正要求懲處這種行為，大明皇帝不同意。
“陛下，每一個大醫官都是眾人異樣的目光中，走進了解刳院裡，研究生物無窮之理，他們每一個都很寶貴，而標本，是非人的畜生，陣亡在長崎的每一個軍兵，都是大明的忠骨義士，無論死多少倭寇，都無法抵消倭人這份罪孽，織田家、毛利家，整個倭國，都要付出代價！”張居正非常執拗，仍然要依規處置，這是處罰，更是保護。
而且張居正用這次長崎之戰作為例子說服陛下，處罰是為了禁絕這種風氣。
“大醫官弄出來的藥，療法，有些需要用到朕和皇親國戚身上，比如剖腹、比如陳鹵水、比如大蒜素，但凡是出些問題，就會連累家人，是死在試藥之下，還是藥死了朕全家陪葬？這對大醫官們而言，是個顯而易見的選擇。”
“先生，罰的輕了不管用，罰的重了，朕不樂意。”朱翊鈞仍然堅持不給懲處，這涉及到了懲罰力度的問題。
罰的輕了，這條禁令就形同虛設了，等於說：隻需要付出微不足道的代價，就能換來違禁的權利。
比如一些個國賊，隻要他不死，那就一定有人會前赴後繼的以身試法，而且有這個國賊在，就無法把禁令執行下去，人不患寡患不均，他這個國賊不死，憑什麼處置我們？
王崇古老是說：殺人真的有用，因為殺人就是明正典刑，就是明確禁令的不可觸碰，是讓國法變得更加莊重，和稀泥隻能獲得短暫的平靜，而後情況會越來越糟糕。
“那臣請陛下下旨，再次申明解刳院上下，必須依例做事，若是再犯，則趕出解刳院。”張居正無奈的說道：“陛下，天下從來不缺少規矩，缺少的是讓人普遍遵守的辦法。”
製定的條例不執行，那為何要製定條例？看樣子嗎？
張居正也沒辦法，陛下不肯，他也不能強行推進，隻能依陛下所言，他退而求其次，若能求到嚴明條例的聖旨，也足夠了。
朱翊鈞和張居正這對兒君臣，也不總是意見一致，分歧是常態，很多時候都是朱翊鈞贏。
“朕下旨有用嗎？”朱翊鈞倒是願意下這份聖旨，但是不知道有用沒用。
“陛下，下旨真的有用。”張居正十分肯定的說道，下旨真的有用，陛下的信譽和威信都在，下旨嚴明，大醫官們也不會堂而皇之的違背條例了。
解刳院不被大明禮法所容，身體發膚受之父母，這可是儒家的聖訓，可以說解刳院是完全建立在皇帝庇佑之下存在，所以皇帝說話當然管用。
“牛痘的成果如何？”朱翊鈞示意內書房的稟筆太監擬旨，他看過後再下印，聊起了關於牛痘種植和推廣之事。
張居正神情極為振奮的說道：“臣從解刳院了解到，天花也分為幾種，都是天花，可即便是輕症也有超過30%的死亡率，若是嚴重或者出血，必死無疑！以山西大同五裡寨為例，萬曆八年爆發天花，最後封閉城門，再打開時，一萬五千丁口，隻剩下五千人了。”
“若是牛痘真的有用，當真是生民無數，岐聖再世！”
“以何等論功？”朱翊鈞作為後來者，他其實對天花的可怕和天花造成的危害，無法感同身受，因為他沒有經曆過，後世是一個沒有天花的世界，而且連牛痘都不種了，肩膀上種的花是卡介苗，不是牛痘。
朱翊鈞無法理解時人對天花的恐懼，但朱翊鈞經曆過生死，他知道，死真的很可怕，生死之間有大恐怖。
“一等功賞！”張居正十分確切的說道，今年的技術進步獎已經名花有主了，甚至等不到過年頒發了。
龐憲代表解刳院拿下一枚一等功賞奇功牌。
“陛下，在天花爆發的地方，隻能封閉城門，無論老幼婦孺，都要關在城裡，直到每個人都感染、病發、死亡，等於說是…朝廷拋棄了黎民，現在終於有辦法了。”張居正攥著拳頭，用力的說道。
從封閉城門，再到開啟，是三年時間，大疫三年。
天花爆發的地方，都是死絕之地，任何一個城池經曆了天花，都要廢棄一段時間，這也有了各種天棄的傳說。
朱翊鈞的農學老師徐貞明的老師馬一龍，曾經說過，人力勝天。
老天爺拋棄了此方黎民，但是朝廷不拋棄此方黎民。
天棄人不棄！
牛痘法真的有用，當牛痘法廣泛使用的那天，陛下就是立刻宣布自己是真武大帝轉世，也有大批的擁躉，堅信不疑。
戰爭、瘟疫是殺死人類的最大殺手，旗鼓相當，不相伯仲，往往相輔相成。
“龐憲，終究是要青史留名了，他是第一個種痘者。”朱翊鈞朱批了張居正為解刳院集體請功的奏疏。
三娘子還沒走，她一直在等龐憲結束觀察期後，和龐憲了解這種法子的結果，草原也深受其害，天花從漢朝的時候，就被叫做虜瘡，意思是從北虜匈奴傳來的惡疾。
草原上，天花肆虐。
人痘接種防治天花有四種，痘衣法、痘漿法、旱苗法、水苗法，每一種都是用的人痘病毒，極其危險，而牛痘法幾乎不起痘，更不會致命，這就是牛痘法的奇妙之處。
“那就先試試吧，從京師開始推而廣之。”朱翊鈞決定先試點，還是從京城開始。
崇禎年間，因為空前的少雨多旱，蚊蟲老鼠泛濫成災，從山西為源頭的大瘟疫時代來臨，伴隨著旱災，百姓不得不遷徙，瘟疫被帶到了華北平原，這場瘟疫既是大鼠疫，也是天花肆虐，因為當時有疙瘩瘟之稱。
崇禎十四年，沿街小戶，收掩十之五六，街坊間的兒為之絕影。有棺無棺，九門計數，二十餘萬也。
京城爆發了超過超大瘟疫，十家裡有五六家都要收掩埋屍體，街上房間看不到一個人，有棺材的、沒棺材的死人，光是九門計數，就超過了二十萬。
崇禎十六年八月到十二月，再次爆發瘟疫，以最保守估計，和崇禎十四年的規模相當，李自成在攻破大明帝國的京師時，沒有遭遇到任何抵抗，因為他麵對的是一個‘白骨道旁、人鬼錯雜，日暮人不敢行’的死城。
王希元跑到皇帝這裡訴苦，說自己苦，自己累，頂不住了要致仕，是因為他肩上的責任真的很重，王一鶚那會兒京師人口密度還比較低，沈一貫的任期極短，王希元是真的接了個燙手山芋，越來越多的人口，防疫也是一個巨大的考驗。
王希元是事務官，要處理這些事，處理不好就要擔責任。
“《荀子·王製》曰：草木榮華滋碩之時，則斧斤不入山林，不夭其生，不絕其長也，此為聖王之製也；《管子》曰：山澤各致其時，則民不苟。”
“陛下，這兩年京師肉眼可見的綠了起來。”張居正談到了環保，說起了京師肉眼可見的變化。
荀子在王製一篇中提到，草木繁榮生產的時候，斧頭不要入山林，這是法自然的聖王製度，山澤要在適當的時間適當的開發，在草木生長的時候把它砍伐，是違背自然的。
法自然是先秦諸子的都認可的共同認知。