所有擅自參與修改義體內部程序的也會第一時間遭到逮捕，此外，義體的存在也讓人們互相監督，那些為了能夠擁有更強大力量的喪屍獵人們則在人類之中擔當起了告密者的身份，喪屍所帶來的威脅正慢慢遠離幸存者們，可是所謂“救世主”接下來帶來的控製及製造的白色·恐怖卻在逐步蔓延。·
這也是一直以來慕容宇華、林思等人不希望看到的。他們最終選擇了另一條路，一條關於反抗的道路，絕不受控於天空之城，消滅那些沒有情感的機械警察，暗中改造所有被控製的義體的道路。
那個時候，為了能夠讓地麵的人擁有更強的抵禦能力，慕容宇華與林思兩個人潛入到天空之城的深處，他們是反叛軍中最熟悉天空之城的人了，而林思更是在地麵的時候想方設法重新回到了當年的基地，找到了天空之城的解構圖紙。
他們的行動最終也取得了成功，在當時人類對抗機械的戰爭進行得如火如荼之際，朱雀的行動突然間停止了。
慕容宇華調整了數據世界和真實世界的時間軌道線，並通過這種手段，在穀三脫開數據倉的瞬間就將她的意識通過這些年來找尋到的存儲設備記錄了下來。
他將穀三的意識下載到已經完成的身軀中時，刻意引導朱雀進入。慕容宇華其實很清楚，這些年對自己的追擊不僅僅是聯邦方麵對他深惡痛絕，更是朱雀和自己的一場比賽。他在沒有任何人幫助之下相繼創造了擁有學習能力與情感的AI，朱裡、小穗兒、安蓮。
對於朱雀來說，人類是她的創造者，可是她身上天生帶著屬於天空之城的傲慢。她從被人類創造出來的那一刻起就是為了來教導人類、守護人類、分類人類和懲罰人類的。對於她來說人性之中有太多令人失望的東西存在，而這些東西卻又都是人所無法割舍的。
正如在王宮之中，她以三公主的眼睛看到的失望，她在天空之城中所看見的臣服，在地麵看見的自私自利、妒忌和恐懼。
人類有太多AI無法理解更無法去產生認同感的感情。她們強大的計算能力總能讓他們在理智之間選擇出最適合的方案，而後一舉成功，根本不需要像人一樣有所顧忌，甚至會為了一些根本就沒有未來或過去的情感耗儘一生。
朱雀從頭到尾都覺得為了複活自己的一個救命恩人，便幾乎耗儘自己前半生和未來前途去做了一切反抗天空之城程序與發明的慕容宇華可笑。
更覺得他為了過往舊文明去舍棄了新·文明之下充滿智慧、規則和理性的數據世界的做法無比愚蠢。
可是最終打敗了她的人卻仍然是慕容宇華。
那個在她眼中被視為無能、愚蠢甚至可笑的人類，成功擊潰了她一直最引以為傲的防火牆，同時也銷毀了控製整個世界，限定了一切的“第一規則”。
當時慕容宇華成功在這個過程中利用穀三的思維——最強有力的防火牆徹底阻斷了朱雀的威脅。他們讓整座天空之城有短暫五分鐘脫離了AI的控製，就是這樣短短的五分鐘，早已布置下的反抗者們摧毀了天空之城的武器係統，同時原本在地麵受控製的義體人類也終於奪回了身體的控製權，以避免殺害自己眼前的同盟。
天空之城唯一的優勢就是一切自動化的機械攻擊武器，機械化武器在朱雀下線的那一刻立即由朱裡接管，並且在第一時間轉頭攻向了天空之城。
而林思，也帶著另一批人去將所有天空之城生產武器的工廠徹底炸毀了。
原本這應該就是最終的勝利。
所有人都以為這應該是最終的勝利。
——直到他們發現，慕容宇華在他們撤離天空之城的一刻消失不見。