不久後，已經被改造成牛頭人身三頭六臂的蚩尤，在蜥蜴人的扶持下，率領著他的九黎族八十一個同樣是牛頭人身，渾身長滿鱗甲，銅頭鐵臂的怪物兄弟，在接二連三吞並了幾個部落後，終於向黃帝軒轅發動了戰爭。
黃帝軒轅帶領著部落中的族人，與蚩尤在逐鹿展開了大戰，這場戰爭打的天昏地暗。
無奈，蚩尤所率領的九黎族怪物軍團，各個力大無窮，戰鬥力驚人，又有天空中的神秘力量，在戰場上製造大霧，還迷惑軒轅族人。
故此，身材矮小的黃帝軒轅與族人在與其交戰之中，節節敗退。
兩夥勢力一共大戰九次，軒轅九戰九敗，尤其是當他聽說蚩尤之所以能夠得此神力，是因為有神仙相助，軒轅聽此消息，心中更是心灰意冷。
他仰天長歎，恨九天之上的神明不公，為何要傳授蠻族蚩尤此等神力，讓其殘暴的行徑在中原大地上肆意妄為，導致生靈塗炭，危害四方。
然而，正當他準備撤軍之時，天空中突然飄來一片七色靈光，靈光之中佇立著一位仙氣飄渺的仙女。
那名仙女渾身上下被五光十色的菱紗環繞，長發飄逸，豔美無比，她有著東方人種的黃色皮膚，
黑色的眼睛和黑色的頭發，腰肢纖細，婀娜多姿，渾身上下散發著一種隻有世界東方才獨有的靈性。
那仙女來到心灰意冷的軒轅麵前，告訴他自己乃是華夏文明昆侖正宗九天玄女。
她讓軒轅莫要害怕，並傳授他一部記載著，如何在物質空間內，穿梭各個維度的法門，以及激發自己身體潛在能量方法，和找到萬物的靈門，點醒其靈站，
並利用其內在的能量，驅使萬物為幾用的奇書，隻要學會了書上的本領，就可以穿越時間與空間的界限，擁有先祖的能力，點石為將，撒豆成兵，就一定可以大敗蚩尤。
軒轅按照九天玄女傳授給自己的方法，找來大將風後，與其用心鑽研書中奇法。
風後學習了書中記載的驅使萬物為己用的方法，用石頭和木頭造出了指南車，並找到了岩石與樹木的靈門，點醒了其靈站，讓其能量得以釋放。
果然，那指南車便可以按照風後的意願自己行走。
就這樣，軒轅帶領族人，與蚩尤再次大戰，此時的軒轅已經與之前大有不同。
大戰剛一開始，蚩尤便被其變幻莫測的用兵之法打的落花流水，無奈之下，蚩尤隻好向蜥蜴人求助。
然而就當蜥蜴人的飛碟剛剛進入戰場之時，九天玄女駕著七彩神光，與昆侖山諸仙聖如期而至，與蜥蜴人的飛碟戰艦展開戰鬥。
蜥蜴人不敵，駕著飛碟一路沿著華夏大地一路向西飛去，在飛到連綿起伏的昆侖山時，用激光武器向山脈之間發起連番轟擊。
從此，綿延起伏的昆侖山被分成數座山陵，形成了後來的西部昆侖，和祁連山與天山山脈。
趙凱文望著蜥蜴人的飛碟一路逃跑到冰川覆蓋的南極地域，接著鑽入一個地洞之中，在地球表麵消失不見了。
軒轅打敗蚩尤後，將其八十一個怪物兄弟斬殺，剩下的九黎族人落荒而逃，分散到中原各個地區，軒轅與蚩尤的逐鹿大戰就此平息。
而那些逃散到各地的九黎族人，心中依然堅信著女媧是人身蛇尾的正神。
他們畫出蚩尤與其八十一個戰神兄弟以及女媧和伏羲的樣子，講給其後代子孫們聽。
在後世中，這些記憶，便成為了許多華夏民族之間的爭議。
而一直對人身蛇尾的女媧和伏羲形象堅信不疑的人，最多的便是苗疆地區，因為那些九黎族人，最後逃往的地方，便是西南苗疆地區的十萬大山一帶。
軒轅統一各個中原部落，為九天玄女建立廟宇，希望九天玄女能夠為所有華夏後裔開啟智慧。
九天玄女對其表明，此戰之後，外族知我華夏始祖之精神未去，定不敢來犯。
若讓所有後代子孫全部開啟靈根，那麼所有人都會逐漸化去物質肉身，升華成精神，進入記憶空間，
從此空間秩序將大亂，地球能量無法恒定，物質空間將不複存在，華夏文明也將蕩然無存。
記憶空間，有以精神形態存在者要遵守的規則，物質空間也有以物質形態存在者要遵守的規則，地球運轉，也要按照宇宙的規則，這是一種需要萬物眾生來維持的平衡。
或許在後世中，有人能夠在保持這種平衡，使眾生不滅，地球仍然運轉的前提下，打破這種深藏在宇宙中的規則。
到了那時，就是所有的華夏後裔都能開啟靈根，進入記憶空間與始祖相見，並能夠看清整個宇宙的時刻。
隨後，九天玄女便飛往昆侖山深處，再未出現。
九天玄女離去後，大將風後向軒轅請願，天下一統後，我們應該有一群特殊的人，修煉這部奇書上的法門，在暗中保護我們的子孫。
軒轅問道，一群什麼樣特殊的人？
風後說道，這群人在各個部落中都應該存在，他們隻為保護華夏文明的傳承與繁衍而存在，
而不乾涉任何部落之間的鬥爭，隻有這樣，他們才能一直存在下去。
會有這樣的人嗎？
一定會！我相信！