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開院儀式結束，靈秀山大宴賓朋，宋神妃親手釀造的雪泥酒重見天日，酒香彌漫山野，人人痛飲狂歌。徐佑的玄功日益精進，幾乎千杯不醉，無論誰人敬酒都來者不拒，劍眉星目，唇紅齒白，衣袂翩翩而起，恍若天上人。
興儘而散，各歸來處，徐佑抓緊時間安排書院的各項工作，以袁青杞為道院監院，以竺法識為佛院監院，以袁蔚為儒院監院，以祖騅為天經玉算兩院的監院，監院以下設有各堂的堂正，堂正以下是管乾、典謁和學錄。再效仿春秋時的會盟製度，由徐佑和四大監院組成玄機書院監務會，凡重大事宜，若山長不在，由四人與會協商處理，並另設監辦一人，負責學院的日常行政事務管理。
可以預見，在很長一段時間內，四大監院的精力主要放在講學上，監辦將成為書院的實際掌控者。所以此人必須得是徐佑的心腹，能夠完美執行徐佑的意圖，並有足夠的應對處理各種瑣碎事務的能力，但這個人又不能出身太高，背後不能有明顯的靠山，不然會對監務會形成牽製，尾大不掉。
就這樣沈孟進入了徐佑的視野，袁青杞對沈孟的觀感不錯，支持他擔任監辦一職。所以當沈孟被徐佑叫到房內，說了讓他擔任監務會監辦的打算，沈孟小吃一驚，立刻意識到這是自己千載難逢的機會，豈有不答應的道理？
然後頒布了玄機書院規約，就入學資格、書院禮儀、專業教學、成績考核、違規懲罰、休假製度等條例均被納入規約之內，齊誌趣而端士品，全仰仗於此。後世司馬光曾寫文章把規約的存亡作為學院興衰的金標準，朱熹的白鹿書洞書院學規更是被視為書院教育的巔峰之作，所以玄機書院規約製定的十分詳儘，對不率師教、學業無成、假違程限、作樂雜戲等十七中行為作出了相應的懲罰，卻又特彆注意不能禁錮學生的思想獨立和創新精神，如何在兩者之間找到平衡，需要日後在書院的發展壯大過程中隨時的刪減和修正。
通過天工坊無比強大的印刷能力，徐佑著作的《五經正義》裝訂成千餘冊，發給各院師生。同時對所有願意擔任書院都講的各宗各學的大家，由天工坊免費開印對方的著作，並通過駱白衡在全國進行推廣和售賣，所得收益儘歸著作方所有。
人活在世，無非名利，誰也逃不出這個真香定律，所以玄機書院很輕易的就籠絡了大批飽學鴻儒，師資力量急劇膨脹。
開院後的第二天，徐佑親自給首批入學的三百五十三名學生上課，講的不是五經正義，而是妙趣橫生的天文地理知識。
東漢時期蔡邕的《天文誌》中說“言天體者有三家：一曰周脾（蓋天），二曰宣夜，三曰渾天”。蓋天說就不必提了，樸素的不好意思討論，渾天說相比蓋天說有點點的進步，但也基本屬於知識分子的美好臆想，隻有宣夜說吸收了道家關於氣的思想，提出“日月眾星，自然浮生虛空之中，其行其止皆須氣焉。是以七曜或逝或住，或順或逆，伏見無常，進退不同，由乎無所根係，故各異也”的見解，它認為宇宙是無限空間，日月星辰漂浮在氣體裡，這具有相當大的突破意義，但它又認為星辰發亮是因為有質有精的元氣自帶光耀，卻又拘泥在了時代的框架裡。
“地是圓的,類似一個球體……”
這樣的說辭其實算不得驚世駭俗，畢竟在楚國比這個更過分的言論都不知有多少，然而有意思的是，徐佑以屈原的《天問》為切入點，解釋了天是怎樣，地是怎樣，潮汐是怎樣，太陽月亮如何發光，宇宙如何形成，星辰如何運轉等等等等，聽著匪夷所思，偏偏又能夠自圓其說，這就很了不得！
明道堂裡坐著的三百多人幾乎大半數聽的很懵逼，可也有少數幾個人陷入了認真的思考。徐佑要的就是這個效果，作為山長第一次講學，不講經義，不講詩賦，甚至連佛道都沒有提及，卻講了這麼個不三不四的東西，必定會帶來最強烈的衝擊力，國人已經遠離科學太久了，沉屙要用猛藥，不用怕會藥死人，藥死再多沒關係，隻要能救過來幾個，那就是星星之火的種子，是未來的希望。
“山長！”有人舉手喊道。
徐佑把虎鈐堂那套規矩搬了過來，課堂可以發問，發問要先舉手，笑道：“好，請起！”
那人站起來，五短身材，肥胖不堪，說話時臉上的肉堆積一起，把原本還算大的眼睛糟蹋成了小小的縫隙，寒冬之日，可能由於堂裡的人太多，或者是由於緊張，額頭隱約還有汗滴，道：“弟子庾策，敢問山長，方才你說的這些既不見人諸聖經典，也不見於稗官野史，若是真的，又該怎麼驗證呢？”