時間線整理：
2015年【故事主線從這裡開始】
……6月
——某日零號機進行連動實驗失控，麗身受重傷。
——下午十二時三十分，第三使徒來襲，真嗣的初號機暴走將使徒打倒，最後使徒與初號機自爆但沒有將初號機炸掉。
——美裡正式成為真嗣的監護人，並且將真嗣接到家中同住，自此時起真嗣轉入市立第一中學就讀。
……7月
——上旬，第四使徒來襲，被初號機殲滅。
——真嗣離家出走，及後被諜報部尋回。
……8月
——月初某日上午九時左右，nerv研究第四使徒，但結果亦沒有公布。
——某日下午二時左右零號機進行第三次連動實驗，實驗成功。第五使徒來襲，隔日被初號機用陽電子炮命中核心摧毀。
——某周三，jetalone完成發表紀念會，為nerv所破壞。
——28日太平洋艦隊運載貳號機與亞當至日本，下午第六使徒來襲，被下沉的兩艘戰艦零距離攻擊，使徒被殲滅。
——隔日明日香轉入市立第一中學二年a班就讀。
……9月
——5日上午10時33分，第七使徒來襲，開始被貳號機切斷，使徒居然一分為二。10時58分兩機被使徒整成慘狀。
——上午11時5分聯合國空軍利用n2地雷炸毀使徒甲表麵物質約28%及使徒乙表麵物質約27%。
——隔日，明日香搬進美裡家與真嗣進行配合特訓。
——11日上午初、貳兩機同時重擊使徒兩個核心，消滅使徒。
——下旬，nerv在淺間火山口發現第八使徒，原想捕捉樣本，但使徒在捕捉過程孵化，由d型裝備貳號機殲滅。
……10月
——月初某周五，上午10時30分，零號機改，進行第二次延長活動實驗，機體亦複修完畢，塗裝改為藍色。
——月初某周五，nerv本部大停電，第九使徒在舊熱海登陸，三部eva首次同時出動，並於同日擊滅使徒。
——中旬，源渡和冬月自南極運送羅基奴斯長槍回本部。第十使徒在衛星軌道出現，以帶at力場的分體進行攻擊，美裡打算利用三架eva直接阻止使徒下降，翌日作戰成功，使徒被殲滅。
……11月
——上旬某日約上午11時，三位適任者進行直接以身體同步實驗，途中magi被十一使徒入侵，並計劃執行自爆係統，下午1時左右律子從casper傳送自滅促進程式，消滅使徒。源渡對seele否認有入侵的事件。
——上旬某日，真嗣進行第一次機體互乘實驗，結果失控。真嗣則於同日恢複意識。
——某周日，唯之忌日，真嗣與源渡到墳前拜祭。深夜，明日香與真嗣接吻；街上，美裡與加持相吻定情。
——翌日，麗在本部深度地底設備中央部試驗dummysystem。地深兩千八百公尺。最終教義區，加持被美裡洞悉了真正身份，加持將天國之門打開，看見使徒亞當，實際上是lilith。
——月底，真嗣的同步率終於超越明日香，令明日香大怒。
……12月
——月初，第十二使徒來襲，初號機被使徒的狄拉克之海吞沒，翌日清晨初號機在沒有供電力情況下再起動，出現暴走狀態，消滅十二使徒。
——上旬，第三新東京市偽裝迎擊係統完成。早上，北美第二支部消失，連帶eva肆號機、s2機關及半徑四十九公裡的研究設施全部消滅，據知當時在進行s2機關的實驗。
——dummyplug試作型開發完成。下午確認第四適格者為鈴原冬二。叁號機運送至日本本部，其已被使徒寄生，叁號機起動實驗發生事故，被作成十三使徒處理，初號機初次使用dummysystem，將使徒肢解。真嗣知道第四適格者是冬二，大怒要破壞nerv，後因被提高lcl濃度而昏迷，真嗣被拖出駕駛艙。
——三天後，失去左腳的冬二恢複意識。真嗣離開nerv，適格者資格取消。十四使徒來襲，直接攻進geo-front。貳號機的雙臂和頭被刺飛，麗駕駛零號機抱著n2爆雷自殺式攻擊無效，臉被切成兩半。使徒將nerv本部基本摧毀，入侵主軸往中央教條區前進發令所。真嗣回來駕駛初號機把使徒推出本部，初號機活動極限，使徒反擊，初號機暴走攻擊並吃掉使徒，將s2機關據為己有。真嗣與初號機同步率400%，完全融於lcl中，隔日救援真嗣行動展開，事後二十七日救回真嗣。不久，源渡將亞當植入右手。
——三日後，加持將內藏第二次衝擊的秘密膠囊交給美裡。
2016年
……1月
——下旬，冬月在地下都市西區第八區失去消息，其被抓去seele審問，冬月被加持救回，下午，加持被槍殺身亡。諜報部認為加持是事件主謀者，美裡受到偵訊。
……2月
——上旬，第十五使徒來襲，後來零號機以朗基努斯之槍消滅目標。
——中旬，十六使徒來襲，零號機自爆與使徒同歸於儘，麗的遺體在插入栓中發現，律子命秘密處理，真嗣發現麗毫發無傷，這其實已經是第三個麗了。
——幾天後，美裡解開膠囊，決心繼承加持的心意，追查補完真相。同時，律子破壞dummysystem。
——下旬，明日香失蹤。七日後，被諜報部二課尋回。
——第五適格者渚薰抵達nerv，真嗣對薰產生好感。同日，同步測試中，薰可以和未改寫核心的貳號機同步，令眾人驚訝。翌日，美理知道薰能自由設定與eva的同步率。途中薰同化貳號機，展開超強大at力場，形成結界，掩蓋所有探測。麗亦展開同等力量的at力場，中和結界。
——最後使徒————熏，直接闖進中央教條區，並將最後防衛線，天國之門開啟，初號機捕獲使徒，但渚薰自願被初號機殺害。
……3月
——上旬，某日上午5時59分，美裡終於知道第2次衝擊的秘密。
——律子對magi加上666號防壁，seele下令直接強行占據nerv本部設施。上午6時正，5國支部magi同時入侵nerv本部，目標在奪取magi主係統。