一道道能量組成的煙柱從六號機身上逸散出來，連接到靈魂之扉的中心，進行某種能量的交互，整個機體發出刺目的強光。
大地開始震動，強度越來越大，這是黑之月即將破土而出的征兆。
這時候，舊東京圈的市民剛收到了政府發布的緊急災害警報，富士山火山爆發了。天空中轟隆隆作響，一朵由火山灰組成的黑色蘑菇雲，在風力和空氣對流的作用下不斷擴散，在地平線上升起，引發了大麵積恐慌，民眾開始奔湧到超時、便利店搶購食品跟飲水。
接著，天空突然變得一片血紅。不是黃昏的那種夕陽紅，而是空氣都浸透了血液一般，是一種令人心悸不已的異常現象，就像用紅色塑料紙遮住了眼睛。無數居民走出建築物，開始到處張望，不知所措。
以至於，地空中高速劃過的三道導彈的白色尾跡，都沒多少人注意。
人類掌握的最強武器——核武器終於出動了，n2爆彈雖然綠色無汙染，終究還是因為威力不足。人類麵臨生死存亡之際，已經不是顧忌核汙染的時候了。
在衛星和微波的引導下，三發 100 萬噸當量的三相彈（一種威力加強版氫彈）迅速抵達靈魂之扉上空，此處的空間環境已經發生了不可預知等變化，電磁波被吸收或屏蔽，導彈隻能依靠慣性製導和地形圖像識彆繼續朝著落點前進。
三道流光從天而降！
在 45 千米外的第三東京市觀測，隻見天邊升起了一個刺目無比的太陽，一瞬間騰空而起的火球直徑達 4 千米。激波向外傳播，其負相位部分使空氣的密度迅速降低，形成兩道水蒸氣就會凝結的白色圓環……衝擊波在爆心投影點附近地麵的反射和負相的抽吸作用使得地麵掀起巨大塵柱，和煙雲相銜接，形成高達18公裡以上的蘑菇狀煙雲……
氫彈爆炸產生的電磁波航橫掃一切精密電子設備，包括太空的衛星也收到不小的乾擾。部署在外圍的探測器，傳感器紛紛電路紛紛擊穿報廢，中央作戰司令室的大屏幕一黑，彈出了無數告警窗口。要不是處於低下深處，還要報廢更多的電子設備。
通信的恢複需要時間，至少在一刻鐘內，nerv jpn 成了瞎子聾子。
然而核打擊之後，靈魂之扉並未關閉，發動第三次衝擊的儀式並未被打斷，眾人的心頭逐漸蒙上一層絕望的陰影。
此時，在伊豆半島中心的戰場，原來的山穀已經化為一片焦土，形成一個寬度超過一千米，深達五十米的大坑。5 psi 的超壓衝擊波讓方圓 6.7 公裡的樹木倒伏，更加接近爆心的則化為焦炭燃燒起來。空間中的輻射強度超過 6 sv，排除高溫真空的極端負麵影響，也足以讓人斃命。
噗！
一架發著白光的機體從琉璃化的土石裡冒出，六號機被強大的衝擊波摁進地裡。果然，這種當量的核武器還是不起作用。畢竟一個成熟台風每20分鐘釋放的能量，相當於引爆一顆 1000 萬噸當量的核彈，每小時釋放的能量等於 2600 多顆廣島原子彈爆炸的威力，雖然威力大大分散了。
此時的六號機也不是完好無損，機體表麵的裝甲在 x 射線和熱輻射的作用下，幾乎熔化了大半，表皮也有著大麵積燒焦。它手中的朗基努斯之槍和卡西烏斯之槍卻完好無損，不愧是弑神之物，已經恢複到了不辨彼此的雙絞槍狀態。
然而靈魂之扉並未關閉，從靈魂之扉中心貫注而下的無形能量氣柱，好像有了生命一般扭曲抽動。
六號機體表的傷勢，以肉眼可見的速度恢複著……它開始嘗試再次升空！
忽然，六號機的動作一滯。
低頭一看，一隻冒著青煙的手臂死死扯住了它的右腿。
“嗯？！”
是初號機！
渾身破爛不堪的初號機，以極為敏捷的速度，四肢如蟒蛇一般迅速盤上了六號機，兩手死死抓住雙槍，死死纏在六號機身上，然後對著六號機的脖子就拚命啃了起來。
噗哧！
動脈湧出的鮮血如高壓水槍噴水一般，落在高溫的琉璃質地麵上，發出哧哧的聲音，蒸發出大量血霧。
嘭！
兩台機體之間炸開了一圈圓盤狀的氣流，空氣被撕裂開。初號機一個膝撞將六號機擊飛，重新奪取了雙槍。
噗哧！
一個巨大而猙獰的頭顱掉落在地，初號機竟然將六號機的脖子啃斷並徹底撕裂。
無頭的六號機竟然沒有失去行動能力，重新升空後，靈魂之扉在數秒內關閉了，方圓數千裡的夜空終於恢複正常。看來，掌握雙槍竟然是發動第三次衝擊的關鍵。
六號機也沒想到自己重傷之下會被初號機偷襲，無頭的機體沒有墜下，對著初號機沉默了一陣，很快化為一個黑點顯示在夜空中。
亞當的分身不像一般使徒和 eva，有著核心存在。這家夥沒有弱點，掉了腦袋也沒事。
確定六號機消失後，初號機才跪坐在地，用雙槍支著身體，進入準拘束狀態。
地下空間，大屏幕上終於出現一個沉重的腳步聲。
在漫天高溫煙塵中，初號機朦朧的身影從一個山頭後冒出。
轟隆!
一個巨大的頭顱砸了下來，屏幕給了個特寫。