關於上次與 mark.06 作戰的細節，真嗣經曆了一場又一場“懇切”的麵談，審查，以及各種心理疏導，關懷撫慰。與許多心理學、行為學、甚至審訊專家周旋，實在身心俱疲。
一旦糊弄不過去，或者覺得煩了，他就以自閉症混亂的表達能力裝傻。還時不時出現記憶衰退，身體不適的借口逃避更詳細的審查，nerv 知道他有所隱瞞，也不好強行進行審訊。因此，雙方都埋下了不信任的種子。
老碇假死後出逃，至今不知所蹤，屬於全球通緝要犯，這樣真嗣的身份就有些尷尬了。
自己的老爹是背叛國家、背叛組織的幕後 boss，nerv 還能留真嗣下來，都是美裡周旋的結果。
高層很擔心老碇聯係上真嗣，策反這個熱血少年，讓他開著初號機反水。畢竟處於血氣方剛的衝動年紀，雙方血濃於水，應該很好忽悠。雖然真嗣與老碇的關係很不好，但高層不敢冒這種風險。
已經摸透真嗣性格的專家們，建議對他這種喜歡正麵剛的家夥，隻能采取順毛捋的對待方式。必須給予必要的尊重，絕不能采用壓迫的手段激發其逆反心理。
畢竟在nerv看來，真嗣這種少年人，十分忌諱被彆人當做不成熟的小孩子對待。渾然不覺那隻是一個騷氣靈魂的偽裝。
現在強敵仍不知所蹤，威脅整個人類生存的風險仍在，第三次衝擊隨時有被再次引發的可能。當前又沒有靠譜的駕駛員，可以替代真嗣駕駛初號機的情況下，萬一在關鍵時刻，真嗣賭氣撂挑子不乾，那就麻煩了。
殃及池魚的是，被老碇一手帶大，靠“關係”（羈絆）才能駕駛 eva 的綾波，也被列為不信任對象，屬於必須被替換的駕駛員。
現在明日香回國述職，短時間內是見不到了。
真嗣猜測，高層敢在這種敵人隨時可能來犯的時間點放明日香回去，應該是 nerv 的某個秘密研究的大殺器，可能取得了重大突破。
而自己短時間內，估計是接觸不到初號機了。
真嗣十分懷念之前與六號機拚命的那種感覺，不同於任何一次駕駛體驗。果然轉變為使徒之身後，駕駛 eva 最為契合。那種感官被無限放大，思維反應速度快如閃電的奇妙體驗，完全沒有操控機械的生澀感。反而更像是，控製放大後的自己，與機體融為一體，靈活得不可思議。
學習自雷天使的力場波探測，掃描範圍可達方圓數十公裡。微觀層麵的感受，甚至可以內視到體內的細胞活動，關鍵時刻甚至救了自己一命，先下手為強乾掉了腦內的巨大隱患——陰魂不散的luca，幾乎讓他有了全知全能的錯覺。
“可惜，脫離了初號機，現在的我憑肉身無法再現那種狀態。”真嗣呆呆看著自己的手心，表情有些遺憾。
要不是仗著初號機（碇唯）的保護，他也不敢在腦子裡開個洞，現在想想還是十分後怕。
他也搞不清楚之前進入初號機的狀態，記憶出現了斷層和模糊。因為擔心明日香的安危，害怕二號機被分屍的慘劇再次重演，當時他心中隻有駕駛初號機出去拚命這個念頭。
也許，是初號機裡麵的碇唯靈魂回應了他的願望。
無論如何，這次大難不死，收獲十分讓人滿意。以至於從醒來到現在，真嗣始終壓抑著心中那一份狂喜之情。
首先，精神汙染導致的生命垂危問題被徹底解決，小命有保障了。
以肉體凡身操控神性生物兵器 eva，必付出難以承受的代價。精神汙染問題是每一位駕駛員心頭揮之不去的夢魘。
除了會導致精神層麵的失常、發瘋， eva 的細胞侵染也十分可怕，如癌症一般恐怖。現在他重生之後，身體構成已經發生了本質的改變，朝著使徒化發展。理論上與 eva 屬於同一類生物，無懼所謂的精神汙染問題。
這意味著，駕駛 eva 的精神同步率可以繼續上升，存在廣闊的進步空間。真嗣記得他之前的同步率也就在 50%上下波動，比明日香的 80%左右低多了。而綾波比較可憐，僅有區區 45%，比真嗣還低。不過綾波的存在特殊，不能用常理判斷。
真嗣與初號機的同步率為何如此之低，期間甚至發生過明顯的下降。根據之前深層次的檢查發現，是靈魂層麵的問題。剛好發生在與明日香互換身體之後，看來這種意外對精神層麵存在一定的損害。至於明日香為什麼沒事，研究團隊就不得而知了。
儘管同步率不怎麼樣，初號機就已經可以憑著 s2機關和媽媽掛吊打大部分使徒了，現在的狀態更是無法想象。
不難推斷的是，真嗣熟悉新的身體後，還能進一步突破極限。
重生後的真嗣，使徒化的感官，與人類之軀大為不同。