恒溫機庫內，真嗣站在金屬懸橋上，在近處觀注視著初號機。此時機體外部裝甲已經修複完畢，被泡在20萬噸的紅色調整液裡，隻露出碩大的頭部，綠色的眼睛（光學鏡頭）讓人不寒而栗。冷卻滅菌池內還有一些工作人員在進行潛水作業，采集相關數據。
采用模塊化設計的 eva 機體，沒有什麼部位是不可替換的，修複起來也簡單快速。甚至整個第三東京市，幾乎所有基建，比如武裝大樓、地麵裝甲都是采用模塊化設計，這樣遭受破壞後，便於快速重建。
現在的真嗣由於經曆多了，氣質內斂了幾分。淩亂的白發遮住那雙引人注目的紅眸，自閉症患者討厭與人，甚至動物產生目光接觸。這麼近的距離，看著眼前的戰鬥夥伴，真嗣回想起初號機的資料。
初號機，全稱為s2機關完全對應型 evangelion 初號機，是老碇最重視，也是最特殊的機體。其主體材料來自最終教條區的莉莉絲軀殼，而不是亞當，是唯一的莉莉絲複製品。
一開始，nerv 的前身，人工進化研究所（gehirn）對 eva 的控製問題進行深入的研究，發現隻有通過“心”的共鳴才能操控機體，eva 本沒有靈魂但有意識，心就是機體微弱的潛意識。但是，eva 的“心”人類難以接近和理解。
如果存在一個中介，可以讓駕駛員與機體產生精神感應（知覺同調），就能實現對機體的感知與操控。這個中介，就是人類的靈魂。碇唯提出這個理論後，主導開發了 eva 的第一代操作係統。
作為一位天才科學家。也是一位偉大的母親，她早就知道 seele 的陰謀，預知了第三次衝擊可能無法避免。為了人類的未來，以及自己唯一的兒子真嗣著想，她不惜自我犧牲，親自參與初號機的同步試驗。最後，在“意外”中，由於同步率超過400%而失去形體，靈魂融入初號機核心。
自此，eva 的第一代操作係統誕生。此後其他機型的 eva 操作係統也沿用了這個做法，代價是獻祭一個人類的靈魂。而且，駕駛員與核心內的靈魂必須為血親關係，才能獲得最高的同步率。
由於融入初號機的碇唯靈魂是完整的，擁有她的全部意誌，所以真嗣麵臨生命危險時，初號機才有護犢子的暴走能力。雖然對真嗣很好，但這意味著脫離掌控，是 seele 不願意看到的缺陷。
所以，吸取了初號機的教訓後，二號機融入的是明日香母親的部分靈魂。並且磨滅了其中的意識，所以二號機是最穩定成熟的機體，沒有暴走的風險。但是，暴走的機體才能解放機體的束縛，發揮最強的戰力。為了彌補這個戰力不足的問題，二號機還隱藏著“野獸模式”這個解放拘束器的操控模式，強行增大駕駛艙的插入深度，脫離人形變成獸形，獲得300%以上的戰力提升。代價是駕駛員可能也會遭受精神侵染，失去形體化為 lcl。
可惜人算不如天算，二號機竟然產生了“逆精神汙染”的異變，明日香利用體內封印的使徒之力，反向同化了機體，讓機體更加靠近“人形”，並保持了野獸模式的攻擊力。
這些應該都算是不可複製的意外，seele 的黑科技才是代表先進生產力的發展方向。
到了後期的量產機階段，seele 已經開發出全自動，無須人類駕駛的第二代操作係統。其優點是再生能力強，大卸八塊也不死。缺陷是展開 at 力場強度不足、持續時間短。目前這個黑科技本部還在攻關中，不過由於開發資料儘毀，實現可能遙遙無期。
真嗣扶著下巴，在意識空間裡，碇唯向他告彆後，去往另一個宇宙。也就是說，現在的初號機核心沒有了碇唯的靈魂，他卻還能與機體產生 a10 神經同步，這是否意味著碇唯的靈魂還在核心內？真嗣十分疑惑，現在人類麵臨的威脅仍在，碇唯說走就走，有違常理。也許她有迫不得已的苦衷？
真嗣思索著上次的駕駛體驗，當時他沒有通過插入栓控製機體，而是直接融入了機體核心。這麼說來，那時候他自己就是核心。難怪會有那種奇妙的感受。也許，那就是神性生物的全知全能。在那種狀態下，他才能發揮初號機的所有潛力，並施展自己特有的攻擊手段。
可惜，直到現在，真嗣的同步率都保持在50%上下波動，無論他怎麼努力都沒用，也不知道是哪裡出問題。
儘管同步率提不上去，真嗣使徒化後，初號機的戰鬥力還是呈現指數型暴增。
目前，他已經掌握的攻擊技巧大部分都是 at 力場的靈活運用。
首先是如臂使指的 at 力場操控能力，通過強大的運算能進行精密操控。利用力場的支撐，數萬噸的機體可以懸浮，可以實現全地形機動，甚至可以上天入海。
其次是力場外放攻擊，這也是力場多樣化運用的一種。壓縮的 at 力場可以裹挾實物，增大攻擊威力。
最後是利用不同性質的力場，對能量攻擊進行反射、折射的能力。六號機就利用了這個高明的光線折射手段，在關鍵時刻陰了他一把，將機體影像投射到另一個地方，讓初號機的攻擊落空。其他都是輔助***，比如利用 at 力場進行遠距離感知、探測，這是學習自雷天使的技能。探測的精度與距離，隨著真嗣的使徒化，得到了顯著的提升。
初號機的掃描半徑可達三百六十公裡，大範圍的掃描，隻能對高能目標進行粗略感知。精度方麵，僅限於體內自檢，可達細胞層麵。
人類掌握的 eva 支援網絡擁有更加全麵的探測能力、分析能力，所以在戰鬥中真嗣很少使用力場掃描這個能力。對外探測比較雞肋，對內自檢倒是不錯，真嗣就利用這個能力乾掉了陰魂不散的 luca，至今想起來都有些心理陰影。
其他的裝備、武器，都是人類附加的科技，隨著各國不惜代價的研發投入，機體的功能、戰力還能得到進一步的提升。
儘管真嗣對力場運用已經算出神入化，他還是十分不滿。他比較遺憾的是，夜天使的迪拉克之海非常特殊，能夠開辟一處獨立空間，真嗣曾今受困於那個獨立的宇宙，采集了大量珍貴的數據，目前仍處於摸索階段，無法模擬成功。