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儘管在全世界範圍內，但特定領域的學者圈是極小的。很自然的真嗣就結識了赤木直子——magi係統之母。赤木直子不愧是該領域的天才科學家，為真嗣解答了很多學習障礙。隻是身為女人，在感情方麵太過執著死腦筋。甚至把這個特點也遺傳給了女兒赤木律子，好在律子也繼承了母親的高智商基因。
赤木直子在2008年才完成magi的理論基礎，真嗣占了先知的優勢，很多問題都跟赤木直子通過郵件討論，甚至在生物電腦上移植多個人格協同交互運算，最後得出結論也是他提出的。儘管這個觀點不新鮮，但真嗣通過小q先做出了一套試驗係統，驗證了這個理論。
赤木直子在科研方麵成就極高，但情商有些欠費。他隻把真嗣當做一個優秀的科研夥伴，奉為同行知己，很多問題都很樂意交流，當然在不泄密的前提下。此時她已加入老碇領導的gehirn(人工進化研究所)，負責生物超級計算機係統的開發。
在赤木直子眼裡，真嗣是個優秀的天才，學習理解速度超高。身懷大才卻蝸居在一個歐洲小國當業餘研究者(這是真嗣偽裝的身份)，實在浪費。辛虧赤木直子情商不高沒有讓情報機構調查他，不然早就露餡了。
這也是真嗣努力偽裝的結果，他從不過問赤木直子的工作內容和機構信息，隻談生物計算機領域的問題，純學術交流很正常。赤木直子也嘗試拉攏真嗣入夥gehirn，真嗣隻能以身體殘疾為理由拒絕。
真嗣也通過一些試探，想跟她多談些生活上的事情以拉近關係，不過赤木直子一開始很逃避私人話題。看來她心防很大啊。他費儘九牛二虎之力，在告明身體殘疾可能獲取了赤木直子的同情心，終於撬開一點縫隙。
她開始傾訴生活上的煩惱，例如忙於工作無暇管教女兒。不過沒談到老碇。
雙方不斷保持聯係，人工智能助手小q的開發也一直在進行，不斷完善。漸漸地，雙方的交流逐漸深入，真嗣甚至把一些畫作發給赤木直子品評。
可惜赤木直子是個純粹的科學家，愛好就是研究工作無法品評。真嗣隻是營造一個多才多藝的學者形象而已，以提高在赤木直子心中的分量。
如此，在真嗣的努力之下，兩人幾乎成為無話不談的朋友。甚至赤木直子坦言老碇的存在。
老碇親自出馬玩弄赤木直子的感情，可憐她一直蒙在鼓裡。
真嗣疏不間親，也不好主動談及老碇的話題，說老碇的壞話，因為目前為止老碇都沒犯什麼錯。
幾年過去了，真嗣早已滿足融合教育的條件，可以上普通小學了，他卻死賴在教育研究所不走。因為隻要上了普通小學，就沒那麼多時間做自己的研究了。
通過測試，證明真嗣有大學的知識水平，老碇也就不管了。隻是定時打錢而已。真嗣閒暇之餘用畫畫和看書打發時間，還報了格鬥班，苦練格鬥技巧，提高身體素質，為將來做準備。
根據老碇的想法，真嗣這個懦弱少年如果不行，他就是個eva駕駛員備胎。
也說不定真嗣才是備胎，因為他的表現老碇的情報機構都看在眼裡。他的資料肯定會定期擺在老碇的案頭。不過信息技術這塊以及跟赤木直子的交流被真嗣掩飾了。
在老碇看來，真嗣隻是個喜歡玩體感格鬥遊戲的自閉死宅，愛好是玩玩組裝電腦，用灰色產業掙點零花錢購買裝備。
當然深入調查會發現奇怪之處，真嗣賭五毛老碇不會對他這個小屁孩投入大資源調查，也不會派人監視，讓教育機構定期彙報就不錯了。不過跟赤木直子的聯係是萬萬不能泄露的。
真嗣有了大量閒暇時間，都用來做研究。入侵能力提高了，開始收集有關seele相關的一切資料。可惜收效甚微，研究所的很多資料都是物理隔離的，網上能夠弄到的隻是一些公開資料。
目前確認的就是seele通過幾家大財團操縱世界金融，甚至控製國聯議會，勾結軍方，勢力龐大，關係複雜。
能與seele對抗的，隻有視其為威脅的各國政府了。
終於到了2008年，真嗣7歲了。
赤木直子完成了magi的理論基礎，在真嗣的幫助下這個係統架構更加成熟了，隻是gehirn的研發進度跟著計劃表走，所以時間也沒提前多少。此時赤木律子跟隨母親赤木直子加入研究所，成為主要執行人。
“karl(真嗣化名)，我的理論終於完成，進入建設實現階段。這麼順利要好好感謝你!”赤木直子很高興，迫不及待向真嗣報喜。畢竟magi以後會成為政府的決策參考機器，遲早會公開，也不是什麼絕密內容。
“恭喜!我的貢獻微不足道，這全憑您的才能實現的，您給我的幫助更多，是我該感謝你才對。”真嗣回複。
雙方保持這種穩定的交流。真嗣維持之際，隻能一個人埋頭苦乾。畢竟赤木直子的研究所上萬名頂尖人才合作，加上seele的海量資源支持，他一個人儘管開掛但人力有限。
令他振奮的是，儘管目前的條件有限，隻能讓小q走生物計算機加電子計算機混合路線，發揮這兩個係統的優勢。開發升級過程儘管困難重重，但頂不住真嗣奇思妙想不斷，靈感不絕，加上同行的交流不至信息閉塞走路入死路。
小q的智能程度不斷完善，走的是另一條路了。通過跟赤木直子的交流，他也了解magi的基礎架構和實現原理，當然更多細節和涉密內容赤木直子不會透露。
畢竟magi係統由一人牽頭開發，但一些模塊都是各領域專家合作完成。例如安全領域，反入侵係統等。
真嗣又埋頭鏟了兩年屎，基本脫離社交，成為一個徹底的自閉死宅，有時候甚至一個月都沒說幾句話。
除了林老師定期去看他，基本脫離社會了。