空木博士是城都地區有名的寶可夢博士，在遊戲中，空木博士是大木博士的晚輩。他的研究課題是“寶可夢培育與寶可夢的蛋”，皮卡丘居然有進化前形態也是他第一個發現的，蛋群也是他研究出的。此外也研究寶可夢的特性和進化，大木博士曾稱讚空木博士是寶可夢進化的頂尖研究人士。
雖然是這麼說，實際上空木博士在所有遊戲版本的寶可夢博士之中屬於是那種沒有什麼特點、很容易被人遺忘和忽略的那種。他研究寶可夢培育和寶可夢的蛋，但是在遊戲中，他並沒有對玩家進行這方麵的指導，在遊戲裡麵唯一和寶可夢的蛋有關的事情也就是遊戲剛開始的時候，空木博士會讓主角去寶可夢爺爺的家拿回來新發現的神奇蛋，因此把最初的夥伴交給了主角，並給出了自己的寶可裝置號碼。之後從空木博士的助手處獲得調查過的蛋並孵化出波克比後，可把它帶空木博士看他會送出不變之石。
直樹和葉子進入了研究所，得知兩人的來意後，空木博士非常熱情地邀請兩人住下，並且用研究所裡麵的儀器為兩顆未孵化的寶可夢蛋做了全麵檢查。他能這麼熱情也是多虧了大木博士，空木博士是大木博士的鐵杆粉絲，對直樹和葉子熱情應該就是所謂的愛屋及烏。
說起來現實中的空木博士和遊戲裡麵的很像，他是一個研究狂，直樹也能夠理解為什麼在遊戲中他和主角之間的互動很少了，畢竟忙成這樣，也不太可能給其他人太多的關心，光是顧著家人就不錯了。空木博士的研究所旁就是他的家，他的妻子和孩子一起住在那，他的孩子長大後想像他的父親一樣成為寶可夢博士。同樣身為寶可夢博士的兒子，直樹心裡可一點這種想法都沒有，隻能說這孩子還太年輕了。
兩人在空木研究所停留了幾天，幫助空木博士研究的同時也從他那裡學到了不少關於寶可夢培育的知識。直樹才發現空木博士還有話癆的一麵，說起有關研究的事情的時候，他總是能夠說個不停。
另外，經過這些天的孵化，直樹和葉子從正輝博士那裡得到的寶可夢蛋就快要孵化了。寶可夢在從蛋裡孵化出來之後會有很小的一段嬰兒期，根據種類的不同，時間從數分鐘到數小時不等，和人類相比算是非常快了，進入幼兒期後，寶可夢的等級就會固定在lv.5，如果蛋內的營養不夠的話等級可能會稍微低一些，不過這並不會有什麼影響，後續隻要好好吃東西、鍛煉，等級自然就會上去。寶可夢的個體值在它還是蛋的時候就已經決定了。
又過了幾天後，兩隻寶可夢都成功破殼，親自從蛋裡孵化出來的寶可夢對訓練家會更加的親密，不過以寶可夢的智商，它們是不可能把第一眼看到的人當成父母的就是了。
“哦！居然是小仙奶啊！這隻寶可夢的進化方式可是獨一無二的哦！”空木博士用手指托了托眼鏡，有些興奮地說道。
“小奶仙攜帶自己喜歡的糖飾，原地轉圈圈地話就能夠進化成霜奶仙哦！根據攜帶的糖飾不同，還有旋轉的方向和時間長短以及所處的時間段不一樣，進化成的霜奶仙的樣子也會不同。”
“小仙奶進化為霜奶仙的方法感覺就像是淡奶油攪拌形成發泡的過程一樣呢。”
直樹愣了一下，道：“博士你還會做甜點嗎？”
“誒？”空木博士撓了撓頭發，說道：“哈哈，一點小小的愛好啦，研究的時候用腦過度總喜歡吃點甜食。”
“還真是意外呢！”葉子有些驚訝地說道，畢竟空木博士這形象，怎麼看都不像是會喜歡吃甜食到自己去製作的那種人。