“所以你就是發明了這個藥物的人？”江戶川柯南好不容易平靜了下來, “那你應該也能做出解藥來了？”
從動物園回來之後，江戶川柯南就開始不斷回想著自己是不是露出了什麼破綻，生怕哪天神院度突然出現在他麵前，用肯定的語氣說“你就是工藤新一”, 所以他又開始想著一旦這種情況真的出現, 他應該怎樣才能蒙混過關, 最後的結論是：
完全沒有辦法, 神院度根本就不可能會相信，要不他還是直接承認算了。
江戶川柯南：絕望.jpg。
於是江戶川柯南秉持著一種不知道是不是自欺欺人的隻要不見麵就不會暴露的想法，開始躲著神院度走，這樣一段時間過後，神院度應該會稍微淡忘一點……吧？
江戶川柯南心疼地抱住了自己的腦袋，覺得實在是希望不大, 就這樣過了兩天後，江戶川柯南忽然從毛利蘭那裡得到了神院度出差去了的消息, 這讓他大大地鬆了一口氣，但也就是在這段時間, 他發現了致使他變小的罪魁禍首, 並不是普通的暴力分子那麼簡單，而是隱藏著更大的黑暗。
他們搭乘新乾線去參加婚禮，中途卻上來了兩個黑衣男子，正是當初在多羅碧加樂園給他灌下藥的兩人。他發現他們拿著一個黑色的公文包去往了餐廳，他本來想跟上去，結果卻被毛利蘭攔了下來, 讓他不要亂跑，於是他隻好來到他們的座位，偷偷地將竊聽器用口香糖黏在了上麵, 後來毛利蘭發現了他的動作，用紙將口香糖包好扔到了桌麵上的煙灰缸裡。
就在這時，那兩個人回來重新在座位上坐下，江戶川柯南發現他們手中的公文包不見了，取之而代的是一個大號的行李箱。從他們的談話中，他得知了他們的代號是琴酒和伏特加，但更令他震驚的是，他們在這輛列車上完成了一筆交易，而交易對象對他們來說已經沒有利用價值了，所以交易過去的公文包裡根本不是什麼情報，而是炸彈，在3點10分對方毫無防備地摁下引爆開關後，就會和新乾線一起被炸得粉身碎骨。
江戶川柯南大驚失色，差點暴露了自己，琴酒和伏特加之後在名古屋下了車，江戶川柯南沒能追上他們，他費儘千辛萬苦找到了炸彈，可是炸彈已經被啟動，情急之下，他衝出去將公文包一腳踹出了窗外。
炸彈在列車外爆炸，衝擊打在玻璃上，能夠看到上麵發出的震顫，原本拿著公文包的女人嚇呆在了原地，事後她向警察說明了一切，但她並不認識琴酒和伏特加，兩人的真實身份依舊是一團迷霧。
不過江戶川柯南並沒有氣餒，最起碼他知道了兩人的代號，並且將他們牢牢地記在了心裡，並且堅定了一定要將他們繩之以法的決心，在這次事件之後，他可以說是平穩地度過了大半個月，直至今天，班級裡忽然來了一個轉學生。
她名叫灰原哀，在經曆了一場誤將穿黑衣服的歹徒當成組織成員的烏龍之後，他們在回家的路上，灰原哀忽然自曝自己的代號是雪莉，江戶川柯南所吃下的APTX-4869是由她來研發的，並讓江戶川柯南誤以為阿笠博士已經被她殺掉了。
結果等他急匆匆地趕到阿笠博士家，發現他被耍了一通，阿笠博士根本就沒有出事，在灰原哀的講述中，他也由此得知了一些遍尋不到的組織的情況。
“你以為我是誰？資料全都在研究所，我怎麼可能記得住？”化名灰原哀的宮野誌保攤開手如此說道。
“那研究所的位置呢？如果我們……”
“彆想了。”灰原哀拿起一張報紙，指著上麵“藥品公司大火”的加粗標題和大火燃起的照片對江戶川柯南說道，“就算現在去也是一無所獲，想必我所能知道的部分都已經被破壞掉了。”
“可惡，難道就沒有辦法了嗎？”江戶川柯南接過報紙，嘴裡不甘心地喃喃自語道，腦海中浮現出了那兩個黑衣男子的身影，“琴酒和伏特加……”
灰原哀的瞳孔緊縮，她猛地轉過頭，麵色難看地提高了聲音：“你是從哪裡聽到這兩個代號的？！”
“怎麼了？是在新乾線上的時候……”江戶川柯南大致將事情說了一遍，說完還有些遺憾地說道，“要是我那個時候能夠追上去，找機會引來警察……”
“工藤新一！你是瘋了嗎？！”屬於小女孩尖銳到有些刺耳的聲音響起，灰原哀上前一步抓住了江戶川柯南的肩膀，她的呼吸急促，像是陷入了一個恐怖的夢魘，“你知道他們是誰嗎？那是一群惡魔！你會被發現，會被毫不留情的殺掉，到時候你身邊所有的人……”