很快朝廷便作出了反應，三月十二日，康熙皇帝禦駕親征葛爾丹。康熙同時考慮到幾個兒子都已經出宮開府，該有個封賞了，而這次剿殺葛爾丹正是一件大功，便帶上皇八子及其以上的皇子——皇三子胤祉與內大臣索額圖領禦營前鋒營，參讚軍機；皇四子胤禛領鑲紅旗大營；皇五子胤祺領正紅旗大營；皇六子胤祚領正黃旗大營；皇七子胤祐領鑲黃旗大營；皇八子胤禩領正藍旗大營；皇太子監國。
——這個反應速度是不是太快了同樣不在憤慨的民眾的考慮範圍內，好看的:。
康熙的大軍行進很快，因為這個時間差不多是八旗駐軍以及蒙古各部向朝廷繳納稅糧之際，於是這部分糧食就近直接運往戰場，糧草壓力驟減。
沒想到此次禦駕親征卻極其不順利。大軍出發沒多久，康熙就病了，本以為是普通的傷風發熱，沒想到行至河西走廊一帶時，康熙病情不減反重，甚至每日昏多醒少，隨行太醫一查，最終確診為瘧疾。
惠妃一聽到這個消息自然想到奎寧，也就是金雞納霜，還沒等他想好要怎樣通知太子，太子就已經當機立斷，派人將藥迅速從廣東送過來——原來因為這幾年大清的商貿發展飛快，與外界的信息交流更為流暢，瘧疾雖然在北方不常見，但在南方，已經從更南麵的屬國傳來了穩定可靠的藥物——金雞納霜。
因為金雞納霜的效果已經得到證實，胤礽並沒有多耽誤，做好朝堂方麵的安排後，藥一送到京城，找人檢驗無誤後，便立刻帶人親自送藥北上。
因為胤礽的雷厲風行，康熙的病情迅速得到解決，絲毫沒有引起騷亂。隻不過康熙的病是治好了，卻因為連日的昏迷導致身體虛弱，根本沒有辦法繼續北上征討，康熙便隻好遵從醫囑，準備回宮，同時臨陣授命，令皇太子代帝親征。
這也算是意外之喜了，待送走康熙後，胤礽便仔細分析了一下戰局，然後又叫來兄弟以及隨軍的武將們討論對敵之法。
此時葛爾丹以率部翻過阿爾泰山正向杭愛山躍進，而目前胤礽所率領的部隊位於準噶爾的南部，原本駐紮在唐努烏梁海的八旗將領退守北方，而東北正是黑龍江將軍薩布素守兵所在，同時，準噶爾後方——南方是天山南麓，雖然被他安置了和卓，但卻是傀儡王，很容易策反，還有西南的西藏更是時刻想要咬葛爾丹一口，再加上被葛爾丹暗殺了弟弟的策旺拉布坦遊離在額爾齊斯河附近，眾人很快擬定戰略，必要將準噶爾一舉剿滅。
胤禩主動請旨前往拉薩和喀什噶爾與拉藏汗和阿帕克和卓談判，說服對方出兵，擾亂葛爾丹後方。胤禛則請求陪同胤禩，他們所領之營暫交由其他兄弟統領。
胤禩的口才當然極好，再加上和碩特部早就忍不了葛爾丹了，雙方一拍即合。隻不過格魯派與和碩特部的關係正是緊張的時候，又與葛爾丹一脈交好，對於拉藏汗的決定自然是百般阻撓，甚至欲派人前往準噶爾部報密。雙方交涉的過程中，掌教弟子桑結嘉措不小心泄露了五世□喇嘛已逝的消息，趁格魯派因轉世靈童的問題發生爭執之際，拉藏汗方麵順利出兵。至於喀什噶爾的阿帕克和卓更好打發，胤禩在征得胤礽和康熙同意後，對其許諾戰後將會以清廷名義為伊斯蘭教白山派正名，他很快就轉頭反叛葛爾丹。
正當胤禩胤禛在西南兩邊周旋時，胤礽基本遵循了康熙留下的作戰策略，分三路出師，駐守東北的鵬春出東路，費揚古出西路，振武將軍孫思克、西安將軍博霽自陝西出鎮彝並進，胤礽親督諸軍出中路，共同夾擊葛爾丹。
這裡的葛爾丹遠沒有正史中的強大，而大清卻遠比正史中強盛，所以雙方激戰數日，準噶爾部很快敗退，正當葛爾丹想要在親兵的護衛下退回去時，後方傳來令他氣憤至極的消息——
阿帕克和卓自立為汗，帶領整個天山南麓脫離準噶爾的聲明便放了出來。
遠在拉薩的拉藏汗帶兵北上，大肆掠奪和碩特部曾經被準噶爾部侵占的土地。
遊牧於額爾齊斯河流域的侄子策旺拉布坦也帶著親衛騎兵南下，準備奪回屬於自己的準噶爾部。幾路兵馬幾乎把葛爾丹團團圍住，幾乎無路可逃。
不過葛爾丹畢竟不是尋常人，抱著拚死也要逃出去的信念，在親衛騎兵的殊死搏殺中，硬生生地殺出一個突破口，向西南方向逃竄。
勝利在望，向來追求完美的胤礽自然不允許失敗，不顧天黑，立刻帶了一隊精銳騎兵追了上去，而身為前鋒的胤祉見此情況也率領前鋒營的精銳緊跟了上去。