饑困於山中後，又開始攻城，直接遭遇了西班牙哈布斯堡王朝水師的埋伏，總計屠殺在當地定居經商的兩萬五千多華人。
而且西班牙哈布斯堡總督還做得有理有節，將被殺害的兩萬多華人的財產封存，並派遣使者投書給明福建巡撫：徐學聚，說是華商密謀作亂，不得已而除之，請令死者的家屬前往呂宋都督府來領取親人的遺物。
這個消息傳到京城，明神宗：朱翊鈞，知道事件以後既驚且怒，金子、銀子沒有得到一兩，卻導致了兩萬多華人的喪生。
於是向明福建巡撫下了一道詔書，既對刁民：張嶷，進行嚴厲的斥責，並且讓明福建巡撫議治呂宋都督府統治的西班牙哈布斯堡王朝人之罪。
這道旨意說得很好玩，寫著“奉天承運皇帝，敕曰；張嶷等欺誑朝廷，生釁海外，致二萬商民儘膏鋒刃，損威辱國，死有餘辜，即梟首傳示海上，呂宋酋夷擅殺商民，撫按官議罪以聞。”
最後明福建巡撫在答複西班牙哈布斯堡王朝治呂宋都督府人時，宣稱“天朝皇帝寬懷大度，對於屠殺華人一節，決不興師問罪，在境華人，固多係不良之徒，亦勿容憐愛。”
就這樣僅殺張嶷一人，而平定此事。
7月22日，派遣趕赴陝西承宣布政使司西安府鹹寧縣逮捕明鹹寧縣知縣：滿朝薦，的北鎮撫司錦衣衛提騎已經來到，滿朝薦被捕至京師，下詔獄拷掠，長期關禁。
內外官員們皆為滿朝薦鳴不平，上疏論救，自明內閣首輔兼東閣大學士：朱賡，以下就多達了一百一十疏，但明神宗卻俱不聽，因此滿朝薦名聞天下。
8月7日，雲南承宣布政使司武定府土官，明元謀縣知縣：阿克，在嘉靖、隆慶，年間屢叛討平，現在又遇到明和曲州知州：鄭舉，圖謀一起起兵恢複故地？
當時明武定府知府：陳典，知其陰謀，畏怯凶惡，急忙攜印璽避入雲南府。
隨後武定府很快就被叛軍攻陷，叛賊阿克為了索印，長驅直入至雲南府，焚掠民屋，聲稱索不到武定府印璽，誓不罷休。
當時明雲南巡撫兼都察院右僉都禦史：陳用賓
，苦於征調大軍未至，且士民環跪泣請“權宜出印與之，計紿賊去，在征兵分道進攻。”
為了雲南承宣布政使司雲南府百姓們的生命財產安全，明雲南巡撫兼都察院右僉都禦史：陳用賓，覺得在征調未至的這個情勢下，隻有用此權宜之計，暫時讓叛賊首領：阿克，得到武定府印璽。
果然他在得到印璽後就退兵了。
因此明雲南巡撫便指揮雲南都指揮使司的滇軍，一鼓作氣追擊叛軍，擒其巨魁十二人，並活捉叛賊首領，收回武定府印璽。
9月初1日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，借機討好明遼東總鎮總兵：李成梁，並以輝發女真部貝勒：納拉·拜音達理，兵助葉赫女真部以及聘我二女：愛新覺羅·嫩哲，而不娶為由親自帶兵征討海西輝發女真部。
然而明建州左衛軍民左參將：鈕祜祿·額亦都，卻向他稟報道“女真語：啟稟貝勒爺，那輝發部首府在地勢險要的扈爾奇山城，又經拜音達理加固城牆易守難攻！若我建州大軍一動，可能他輝發軍必然會加強戒備閉門堅守強行？攻城雖然可以取勝，但傷亡必然多，倒不如先派出幾十名武士，化裝成輝發部人，潛入城中在裡應外合，