江戶川柯南最近這段時間一直在懷疑人生, 四月份的時候，為了慶祝毛利蘭在關東大會上比賽順利晉級，他跟小蘭去了多羅碧加樂園玩。在遊樂園裡, 他偷看到了黑衣人和一個不明人物的交易，然後他就被另一個黑衣人用一甩棍打在了腦袋上, 還被灌下了不明藥物，等到他再次醒來的時候, 他就發現自己竟然已經變小了！
好了, 每年劇場版開頭我們可以跳過省略了，總之, 工藤新一自此之後化名江戶川柯南，暫時居住在毛利小五郎家裡, 借著毛利小五郎的名頭, 開始一邊查案一邊追查黑衣組織的消息。
但是就算是他，也完全沒有想到, 在他剛剛打響毛利小五郎“沉睡的小五郎”名氣的時候——畢竟從變小到現在才一個月——他居然遇到了一個衝著工藤新一來的犯罪分子。
老實說，這真的把江戶川柯南嚇了一大跳，此前的時候他解決掉案件, 指認出犯人來之後，基本上犯人都被當場抓住了，誰知道這會兒居然有個犯人指名道姓地就要找工藤新一。
從沒想到自己當偵探有朝一日居然可能會被人報複的天真少年江戶川柯南本來是要愣住的，可是眼前就是過不了幾分鐘就會爆炸的炸彈, 他哪裡來得及多想, 踩著博士新給他做的太陽能滑板一路猛衝，才及時地將炸彈丟到了河裡，避免了人員和財物的損傷。
之後更是接二連三地被強行塞了線索過來，讓他根本來不及思考那麼多, 隻能全力以赴地一邊解謎一邊將找到的炸彈全都想辦法丟到安全的地方。
然而他的行為還是有些太過莽撞了，最後一次將炸彈踢飛之後，他也被忽然才隻飛高了十幾米的爆炸直接給吹飛了出去，還撞到了頭導致了昏迷，再次醒過來的時候甚至人都還在醫院。
麵對著目暮警部的“你怎麼會在這裡？”“不是說犯人要找工藤老弟嗎？”“工藤君怎麼會拜托你來處理這麼危險的事情？”三連問，江戶川柯南隻能尷尬地打著哈哈。他哪裡不知道自己，真要出了這麼大的事情哪怕他遠在天涯海角都得趕回來，怎麼可能真的讓個剛上小學的小孩子來處理這麼危險的事情。
可“我就是工藤新一”這句話江戶川柯南是怎麼都說不出口的，無論是大人變成小孩子這種離譜的可能性有多少人真的會信，單純就那個組織能神通廣大到製作出如此不可思議的藥物來的研究能力，都足夠讓江戶川柯南懷疑對方在政府層麵的影響力了。
如此危險的情況下，他又怎麼可能將自己的身份暴露出來？他甚至都不敢去找武裝偵探社求助，唯恐因為自己的緣故而將不相關的人都牽連進去。
所以他隻能勉強地打著哈哈，說著連自己都不太相信的假話，又通過變聲蝴蝶結給目暮警官他們打電話來勉強維持住自己不在東京，一時間回不來，隻能拜托自家的子侄來暫時處理一下，他也不知道事情居然會演變成如此惡劣的情況雲雲。
就在他電話都還沒打完的時候，新的炸彈和線索就又來了，這一次對方居然喪心病狂到在東京都環線列車上設置炸彈，這些列車上可都還有大量的乘客啊！
那個人在聽到工藤新一的聲音之後，顯得更加興奮了，給出“XX之X”的提示之後就掛掉了電話。
對方掛電話的速度太快，警察們就算想要通過電話定位對方的位置也做不到。好在就在此時，一起來的萩原研二想起來了多年前之前幫過他大忙的武裝偵探社，這種時候也顧不得麵子不麵子的了，他立刻就給武裝偵探社打了電話。
雖然說武裝偵探社黃金周休假，但是休的其實是外界委托，對於來自警方、異能特務科等部門的緊急委托，福澤諭吉可不會視而不見。
於是福澤諭吉便想要聯係自家小孩兒，可惜第一通電話沒打通，他立刻就知道，亂步估計還在某個遊樂設施上玩，沒顧得上看手機，便將消息發給了國木田獨步。
等到亂步從過山車上下來，目暮警官的電話也終於打通了。
江戶川亂步解謎的速度何其之快，這邊話都沒說完他那邊就已經說出了正確的結果，甚至於因為“覺得你這個人還不錯”這樣的理由將推理的過程都說了出來，要知道平常時候他哪有那麼好的心思去一一解釋這種“看一眼就知道結果”的事情。
因為江戶川亂步的及時出現，萩原研二帶著爆破物處理班的成員們去解決被犯人安放在鐵軌上的炸彈，而江戶川柯南在無言以對之後，也決定從頭開始梳理這次的事件，他跟著目暮警部他們去了警視廳，卻並沒有隻是在那邊傻等對方。
隨著他仔細地審視整個案件，他終於察覺到了異樣之處，在第二個炸彈的時候，本來應該時間不夠的，但是當他在經過某條路上的時候，炸彈的倒計時居然停了下來。這讓他察覺到了異樣，等到他結合所有的線索之後，他得出了幕後真凶就是知名建築師森穀帝二。
可是，推理出犯人不等於能夠解決事件，他目前什麼證據都沒有，根本無法指認凶手，於是江戶川柯南立刻做出了一個決定，他要去尋找森穀帝二涉嫌犯罪的線索，而最好的方法，就是潛入他的家裡去搜查。
森穀帝二一定不會想到，他們居然這麼快就能鎖定到他的頭上，他現在的對外形象，可還是個受害者。
江戶川柯南趁著一群警察們也在複盤整個案件的時候，悄咪咪地偷偷溜了出去，一腳滑板就直奔森穀帝二家。
這邊江戶川柯南還在去森穀帝二家的路上，那一頭江戶川亂步就到了。
在花了不到三分鐘解決案件之後，江戶川亂步開始享用他的限量蛋糕作為對自己的獎勵。織田作之助則主動請纓地跟了上去，畢竟對手是個炸彈狂人，根據亂步先生的說法，對方恐怕把剩下所有的□□都安放在米華大廈裡了，要是不趕緊拆除米花大廈裡的炸彈，隻怕到時候會造成非常嚴重的後果。
森穀帝二是真的沒想到半路會殺出來一個江戶川亂步，他本來想著如果工藤新一解謎失敗那自然是最好的，這樣他就可以大肆嘲笑對方的無能，如果成功，隻怕也要不少時間，可是沒想到的是，他才放出狠話還沒半小時，手機上各種自媒體就已經在說環線列車繞道停靠的各種事情了。
一看到這些內容，森穀帝二頓時就火冒三丈，他精心設計的謎題居然這麼容易就被解開了麼？可惡，可惡的工藤新一！
森穀帝二用力摔杯，看著自己的玻璃酒杯被摔得粉碎，他深呼吸了口氣，不過沒關係，他在米華大廈準備了大量的炸彈，而且今天是5月3日，明天就是工藤新一的生日，他知道工藤新一的小女朋友毛利蘭給準備了生日禮物，還約了和他一起看午夜場的電影。
這一次，這一次他一定可以將那個可恨的工藤新一和他的小女朋友一起送去地獄！
森穀帝二想到了美處，便哈哈大笑了起來，小了一會，他也懶得收拾地上的碎片，打算等明天找家政婦過來處理。
就在此時，他聽到了門口有人按門鈴的聲音，他有些煩躁地看了碎了一地的玻璃碎片，轉身就走了出去，來到門前，便看到是之前來找過他的幾位警察，他有些詫異地挑眉：“請問諸位來到我這裡，是有什麼事情嗎？”
“是的，有些事情想要谘詢一下森穀帝二先生。”打頭的佐藤美和子一副很好脾氣樣子地說道。
“好的。”森穀帝二並沒有察覺到有什麼不對，他很自然地走出來，打開鐵門，剛想將門口的兩個警察放進來，他的手就被女警抓住了。
“失禮了，目前森穀教授你已經被認為是近來發生的一係列爆炸事件的嫌疑人，請你跟我們走一趟。”佐藤美和子動作極快地扣住了他的手，手銬哢嚓一聲就已經拷了上去，“啊對了，這是警視廳批下來的搜查令，這是我和鬆田的警官證，你可以再確認一下。以及作為被搜查對象，搜查的時候你需要在場。”
佐藤美和子動作非常流利地一套做完，就將怔住的森穀帝二拉了進去，“好啦，我們開始吧。”
她話音落下，門口就立刻又開過了兩輛車，從車上下來了好幾個警察，朝著森穀帝二的家裡走進去。
“等，等一下，你們這是非法入侵！”森穀帝二忍不住地大叫起來。
“哪裡非法入侵了？”佐藤美和子一臉淡定地看著他，“需要我再次將全套手續給你看一遍嗎？”
“你你你……”森穀帝二看著對方出示在自己麵前的搜查證，說話都有些說不利索，他自然是絕對不想要讓警察來搜查自己的家的，一旦搜查，無論是他假扮成小胡子中年去安置炸彈用的裝扮還是他先前的時候跑去偷□□的道具全都會被找出來，可是他又根本沒辦法反對，特彆是在自己都已經被對方抓住的時候，他急得腦門上汗都出來了，可是卻拿現在的情況絲毫沒有辦法。要知道，他不光是雙手被拷起來了，更要命的是他的一隻手還被眼前的女警抓在手裡，根本掙脫不開！
鬆田陣平笑嘻嘻地摘掉臉上的墨鏡，跟自己的女朋友站在一起“押送”這個在今天之前還能算是盛名在外，受人尊敬的建築師，如今卻隻能作為喪心病狂的炸彈狂魔被送去監獄落得個身敗名裂下場的男人去他們搜查的房間，這些過程全都會被記錄下來，可以有效地避免對方在法庭上翻供，指認警察們想要陷害他，故意將那些東西帶進來之類的話語。
“佐藤君，我們在箱子後麵找到了這個。”不多時，第一個房間搜查完畢，一群人就有了收獲，一個非常典型的那是一身再顯而易見不過的變裝用裝束，道具和目擊者描述的一模一樣。
“鬆田君，你看這個是不是□□？”很快，第二個房間就找到了一些危險的東西。
森穀帝二整個人都快站不穩了，他們是怎麼知道這個房間裡還有暗格的？