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二月初三，朱慈烺首先對軍隊做出了重大調整。
衛所製被廢除，管理全國衛所的五軍都督府自然名存實亡，沒了作用。
朱慈烺將五軍都督職能重新分化，安排各地駐軍。
五軍都督府，創建於元朝至正年間，朱元璋最初設置統軍大元帥府，後來了改成了樞密院，最終又改為大都督府，節製中外諸軍事。
為了鞏固皇權，洪武十三年，明太祖朱元璋以“權不專於一司，事不留於壅蔽。”為由將大都督府一分為五，為前後左右中五府，自此之後成為定製，一直延續到現在。
起初五軍都督府很牛逼，掌天下兵馬大權，兵部隻是虛有其名，甘願當小弟。
後來慢慢的，兵部和五軍都督府互相牽製，最後兵部完全淩駕於五軍都督府之上，成為國家軍事最高的管理結構。
這一變化過程，也是大明文武之間的博弈，因為五軍都督府的官員基本都是勳貴，而兵部是文官。
即便權力不如以往，但五軍都督府的指責基本沒變，主要負責掌管軍籍、管理地方衛所屯田，募兵、軍糧調運等事務。
大明兩京一十三省（現在十四省），共有府140個，州193個，縣1138個，軍事上由493個衛，259個所管轄，這就是衛所製。
五軍都督府管著各省的指揮使司，各省指揮使司管理若乾個衛，衛下轄一定數量的千戶所和百戶所。
五軍都督府分為中軍都督府、左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府，劃片管轄地方衛所。
遇到戰事，五軍都督府得服從兵部安排，領軍作戰。
當然了，五軍都督府可以推選將領，武官的世襲考核及任官比試，由兵部、五府共同主持。
也就是說，五軍都督府的武將們，負責管理地方衛所軍隊，負責募兵、練兵、作戰。
而兵部的文官老爺們，負責調兵。
經過與軍機部幾個勳貴的商議，朱慈烺正式改左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府為東軍都督府，西軍都督府，南軍都督府，北軍都督府。
加上不變的中軍都督府，五軍都督府重置，管轄的地方亦做出變動。
中軍都督府，領導指揮直隸、浙江、福建境內所有武裝力量，設都督府於直隸南京，由天武三軍戍衛直隸，。
東軍都督府，領導指揮湖廣、河南、江西境內所有武裝力量，設都督府於湖廣武昌，由安武軍駐紮。
南軍都督府，領導指揮廣東、廣西、雲南、貴州境內所有武裝力量，設都督府於雲南昆明，由靖武軍駐紮。
西軍都督府，領導指揮陝西、四川境內所有武裝力量，設都督府於陝西西安，由定西軍駐紮。
北軍都督府，領導指揮北直隸、山東、山西、大寧境內所有武裝力量，設都督府於北直隸北京，由天雄軍駐紮。
新的五軍都督府，既負責守土邊疆，又負責攻略四方，如同五大戰區
中軍都督府，攻略東番、南洋、清國、日本、澳洲，範圍是整個南海、東海、太平洋，往美洲發展。
南軍都督府，攻略東南亞諸國、印度等地。
北軍都督府，攻略漠北，配合征北都護府和征東都護府，攻略清國和西伯利亞，範圍到北冰洋。