明帝的同母弟劉荊是光武諸位皇子中比較有才能的一個，他給廢太子劉疆寫信，說他無罪被廢，應該從自己的封地東海起兵，像漢高祖那樣取天下、即皇位。劉疆接到書信後嚇壞了，馬上把信交給劉莊。劉莊沒有追究此事。後來羌人和東漢作戰，劉荊又四處活動。劉莊又讓他去封地。去了封地，他問相士，我長得像先帝，先帝三十歲當皇帝，我如今也已三十，可以起兵嗎？嚇得相士趕快告訴郡國的官員，劉荊害怕，自投監獄。劉莊又沒有追究。後來劉荊又使巫祭祀祝詛，被郡國的官吏報告，惶恐之下自殺。
光武帝與許美人所生的楚王劉英，在明帝當太子時就和明帝關係不錯。劉英結交賓客，又在封國作金龜玉鶴，刻文字為符瑞，積極準備造反。被一個叫燕廣的人告發，有司奏情要求誅殺他，劉莊不忍，隻是把他罷免流放。後來劉英自殺。劉莊發現劉英結交士人官吏的名錄，為此興了大獄，株連了很多人。[]
郭皇後生的兩個兒子劉康和劉延也在封國結交賓客，圖謀不軌，但因為不像劉荊、劉英那麼嚴重，所以隻是被削減封地。[]
限製豪強
光武中興後鑒於王莽篡位，所以對外戚還是有所限製，但同時他又利用外戚來防範宗室。在大司馬吳漢死後，光武想讓自己的小舅子陰興接任大司馬，因為大臣的反對才做罷，但死後仍然讓自己的女婿梁鬆輔政。
明帝即位後，一改光武為政時的柔道，而大刀闊斧地代之以剛猛。劉莊根據光武帝生前的意思，畫將於雲台，但對自己的嶽父馬援卻不予收入，這就給大臣們一個信號，就是自己要限製和約束外戚。而且，他在位時，他的三個大舅子、小舅子馬廖，馬光，馬防都位不過九卿。
隨後他就開始處理外戚和豪強們，功臣、大司空竇融不善於約束自己的家人和子弟，結果子孫多不法。竇融從兄子竇林坐欺罔及臧罪，下獄死。竇融的長子也是光武的附馬竇穆因為封地離六安國比較近，就想占據六安，於是假傳陰太後的旨意，讓六安侯劉盱休妻而娶自己的女兒。後來此事被明帝知道，竇穆被免官，竇氏人中，除了竇融留京，全被遷回故郡。竇融也被劉莊斥責，嚇得竇融也辭職回家養病。竇穆等後來被赦免，允許回京城居住，但明帝派人嚴格監視他們。竇穆心懷不滿，口出怨言又賄賂官吏，結果他和兩個兒子竇宣、竇勳都死在獄中。
太後陰麗華的弟弟陰就的兒子附馬陰豐，殺了公主，雖然陰太後還在，但劉莊也不徇私情，將陰豐殺死，陰就夫婦也自殺。
劉莊又以“怨望、縣飛書誹謗”為由殺了河西功臣梁統的兒子同時也是自己姐夫的梁鬆。
經濟
治理水患
漢明帝的重要政績，是任用王景治理黃河和汴渠。西漢平帝時，黃河、汴渠決口泛濫，其後戰亂發生，一直沒有整治。劉秀曾想修建堤防，但因天下初定，國力負擔不了如此浩大的工程，而當時危害並不顯著，因此作罷。明帝時，人口日益增多，決溢的黃河、汴渠危害日益嚴重，中原百姓治河的呼聲越來越高。
永平十二年（公元69年），明帝決意解決這個問題，此時，有人向他推薦了王景。王景是樂浪郡（今朝鮮平壤一帶）人，博覽群書，知識廣博，對水利工程頗有研究。明帝詢問治水的各種難題，王景分析利害，應對敏捷，明帝“善之”，賜給他《山海經》、《河渠書》、《禹貢圖》等。
同年夏天，明帝征集數十萬士卒、民夫，派王景治水。王景“乃商度地勢，鑿山阜，破砥磧，直截溝澗，防遏衝要，疏決壅積”，修築了從滎陽到千乘海口1000多裡的黃河大堤。這次治水非常成功，後人有“王景治河千年無患”之說，此後900多年，黃河沒有改道，決溢次數也不多，積患已久的黃河問題得到徹底解決。
供應尚書台
漢明帝常夜巡尚書台，看見尚書郎藥崧半夜吃糟糠充饑，沒有被子，枕著桌子睡。劉莊龍心大慟，立即下詔：今後尚書台官員值夜，均由朝廷供應夜宵和早餐，並提供被褥枕頭，以及女侍史兩名聽候調遣。[][
文化
興辦教育，接收外國留學生
劉莊崇尚儒學，即位後親自講經，群儒雲集，在洛陽圜橋門觀看、聽講的人數，“蓋億萬計”。[]他還命令皇太子、諸侯王及大臣子弟功臣子弟，都要讀經。
永平九年（公元66年），漢明帝又為外戚樊氏、郭氏、陰氏、馬氏諸子弟在南宮創辦學校，號稱“四姓小侯學”。同時設立五經師（教授五經的學官），聘任高明的經師傳道授業。於是，期門、羽林的守衛士兵全都通達孝經；就連匈奴單於也派遣自己的王子們來到東漢都城洛陽留學，這是史上第一批外邦留學生，[《後漢書》讚曰：“濟濟乎，洋洋乎，盛於永平矣！”[]
恢複冕服，定型漢服
秦始皇即位，廢除冕服製度，郊祀之服皆穿戴袀玄。西漢沿用秦朝舊製，亦服用袀玄。直到東漢時期，漢顯宗（漢明帝）即位後首次服用旒冕，恢複了冕旒製度；[33]並為漢服修補定型，確立了漢服的最終完整體係。[]
劉莊親自與東平王劉蒼討論，製定了祭祀天地和祖先的儀式，按等級建立了一套天子王侯百官的車服製度。周禮冕服製度即在永平二年（公元59年）恢複。[]
永平二年（公元59年），首次詔令有司參照《周官》、《禮記》、《尚書·皋陶篇》等古籍恢複冕旒製度，並作出定製：冕板皆廣七寸，長一尺二寸，前圓後方，冕板頂部為玄黑色，冕板裡部為朱綠色，前垂四寸，後垂三寸。天子係白玉珠為十二旒，以其綬的顏色作組纓。三公諸侯為七旒，青玉為珠；卿大夫為五旒，黑玉為珠。皆有前無後，各用其綬的顏色作組纓，旁垂黈纊。祭祀天地、宗廟、明堂時，則戴上冕旒。