漢武帝時期規定，無論郡國大小，每年舉孝廉二人，這個規定從漢武帝一直到東漢和帝維持了兩百多年，直到劉肇親政，才進行了改革和完善。[]
當時，人口50-60萬的大郡每年舉孝廉二人，而人口20萬的小郡也是每年舉二人，劉肇發現，各郡人口數量不同，而每年分配的名額相同，就造成了選官上的不公平。於是，永元四年（公元92年）劉肇誅殺竇氏外戚後，召開朝會與公卿大臣商議改革措施，最終采納太尉丁鴻與司空劉方的建議，按照人口數量分配選舉名額：人口滿20萬每年舉孝廉一人，滿40萬每年舉孝廉兩人，滿60萬每年舉三人，滿80萬舉四人，滿100萬舉五人，滿120萬舉六人。而不滿20萬的每兩年舉一人，不滿10萬的每三年舉一人，]從而促進了漢代察舉選官的公平性。
然而，由於幽州、並州、涼州等偏遠地區戶口相對較少，且處於邊境地帶，勞役繁重，讀書的士子、品行能力出眾的官吏進入仕途的路子比較狹窄，劉肇考慮到，安撫這些邊遠的地區應以人為本。於是，永元十三年（公元101年）劉肇又對察舉改革作出了進一步調整，規定：邊郡地區，人口10萬以上的郡國，每年舉薦孝廉一人；不滿10萬人的，每兩年舉孝廉一人，5萬人以下的，每三年舉薦廉一人，[]從而糾正了邊遠小郡長期以來也需歲舉2人所造成“蠻夷錯雜為數”的負麵影響，小邊郡與內郡一樣，人口數與選舉數掛鉤，但享有更大的優惠。在這種更加務實的選法下，有助於調動邊郡選舉效率，改變“束修良吏，進仕路狹”的狀況，標誌著以孝廉為主體的察舉製已相當完善。
選官用賢
劉肇當政時期，多次下詔納賢[]。劉肇深知吏治對一個政權的重要性，非常重視官吏的選拔任用。當政時期，曾四次專門下詔納賢，並且親自策問，選用官員[]。
寬和為政
劉肇當政時期，在法製上主張寬刑[]，任用的掌管刑獄的廷尉陳寵，便是一個富於同情心的仁愛之人，每次斷案，都依據經典，而“務從寬恕”[]。
劉肇對有過失之人，也能根據情況，從寬處理。永元九年（公元97年），竇太後去世。由於宮廷緊守秘密，漢和帝為梁貴人所生的事實始終沒予公開。竇太後死後，梁家才敢奏明朝廷，為梁貴人討一個說法。這時，漢和帝也才知道了自己的身世之謎。但在如何安置竇太後的問題上，三公上奏：“請依光武帝黜呂太後故事，貶竇太後尊號，不宜合葬先帝”。劉肇念及竇太後對自己的養育之恩，認為“恩不忍離，義不忍虧”，不應有所降黜，於是不降尊號，追諡章德皇後，對生母梁貴人、養母宋貴人的問題也都妥善安置。梁貴人被追封皇太後。
愛民為本
劉肇體恤民眾疾苦，多次詔令理冤獄，恤鰥寡，矜孤弱，薄賦斂，告誡上下官吏認真思考造成天災人禍的自身原因。而他也常常以此自責，如永元八年（公元96年）京城洛陽地區發生蝗災，他下詔首先說：“蝗蟲之異，殆不虛生，萬方有罪，在予一人。”憂民之心，殷殷可見。[]嶺南（今廣東地區）出產生龍眼、荔枝，為了滿足朝廷需要，往往“十裡一置，五裡一候，晝夜傳送”，經風曆險，勞民傷財。唐羌上書，請求停止，劉肇批示：“遠國珍羞，本以薦奉宗廟，苟有傷害，豈愛民之本？其敕太官勿複受獻！”愛民之意，發自肺腑。[]
宦官政策
在劉肇奪回政權的過程中，參與者除了清河王劉慶與大臣丁鴻之外，宦官鄭眾也幫助劉肇在《漢書·外戚傳》中尋找皇帝誅殺外戚的故事，為劉肇的決策提供了更多參考[]。雖然鄭眾提出“亟行其誅”的建議並未被劉肇采納[]，但當時大多宦官都依附竇氏外戚，唯獨鄭眾一心忠於漢室，不巴結竇氏一黨，得到了漢和帝的信任。
劉肇奪回權力後，派鄭眾到皇後所居的長秋宮任職，擔任大長秋，成為陰皇後的近侍。而在策勳班賞的過程中，鄭眾總是推辭的多，接受的少，這種謙遜仁愛之心，很得劉肇的讚賞。因此，劉肇常與他商量事情。《後漢書》作者範曄認為東漢“中官用權，自（鄭）眾始焉”[]，但也有學者提出異議，指出和帝時期宦官鄭眾並無多大權力，鄭眾擔任的大長秋僅僅是管理後宮事務，鄭眾本人直到永元十四年（公元102年）才被封為鄲鄉侯，食邑也隻有一千五百戶[]；且宦官封侯並非劉肇首創，西漢時期呂後就曾給宦官封侯[]。
經濟
經濟上，劉肇多次下詔賑濟災民[]、安置流民[]，並減免賦稅[]；要求勿違農時，以保證農業生產時間[]。在他統治時期，東漢墾田麵積達732萬多頃（公元105年），為東漢一代之最；戶籍人口達5325萬多人[]。
撫恤百姓
永元五年（公元93年）二月，劉肇下令將京師洛陽上林苑、廣成苑的果園借給貧民，讓他們隨意采摘，不收稅。[]永元十一年（公元99年）二月，劉肇派人巡視各郡國，下令讓受災不能養活自己的人到山林池澤中捕撈采集食物，不收稅。[]
永元十六年（公元104年）春正月，劉肇下詔對有田業卻匱乏不能自農的貧民，發放糧食種子。夏四月，派三府掾分行四州，為沒有耕牛的貧民，提供一定費用為其雇牛耕種，從而促進了牛耕的普及。[]
懲辦豪強
永元五年（公元93年）二月，劉肇考慮到去年秋麥收成不好，擔心百姓糧食不夠，便要求各郡國上報貧困不能自給的戶口人數。同時指出“以前郡國上報的貧民，用衣鞋和炊具當飯錢，而豪強卻以此謀利。”於是劉肇下旨查辦。如果有郡國長官不能親自耕種，反而愁擾百姓，若有再犯的，二千石的長官先坐牢。