幸好一向和他唱反調的誌村團藏死了，太過保守隻知守成的猿飛日斬在醫院修養，而其他幾位火影顧問都羞於團藏犯下的罪孽暫時消停了。
水門這才在安置這些根忍忍者時沒有遇到太多阻力，一切都進行得還算順利，總算為那些根忍爭取到了還算光明的未來：
還在進行養蠱式培育、沒有獲得代號的小忍者被水門塞進了忍者學校上學，雖然遲了一點，但他們將重新獲得正常的人生，度過正常的童年。
已經獲得代號的根忍則被一股腦的送去了醫院精神科檢查精神情況、心理素質，如果沒有太大的問題，那麼就按照他們各自的意願將他們安排進暗部和正式忍者部隊。
至於那些被進行了人體試驗的忍者，在醫院裡檢查過身體後，沒有在人體試驗中留下太多隱患的忍者被塞進了暗部方便水門就近照看。
至於那些因人體試驗留下了恐怖後遺症，無法像正常人那些生活的忍者，那就隻能將他們安排在醫院好好修養了。
在醫療忍術最強的千手綱手不肯回來木葉的情況下，水門對那些因人體試驗成了重傷號的忍者無能為力，隻能囑咐醫院裡的醫療忍者好好照料他們。
對於水門處置根忍的中中方案，猿飛日斬略微有些微詞，在水門前來探望他的時候，他隱晦地暗示水門不要太過心軟，要對根忍斬草除根。
誰也不知道那些根忍到底被團藏洗腦到了什麼樣的程度，比暗部還要黑暗的根忍如果不處理乾淨，終究會成為木葉內部的不穩定因素。
但猿飛日斬的微詞並沒有在木葉造成太大的影響，水門對根忍的處理方式贏得了木葉大多數忍者和平民的支持。
在帶土掀起九尾之亂的那天晚上，林瑩在質問團藏時並沒有收著聲音，所以大半個木葉的居民都知道火影顧問誌村團藏不是個好東西了。
在查抄根忍駐地後，水門也選擇了將暗部呈上的大半非機密的報告公布了出去，所以木葉居民對於根忍的態度普遍是同情的，同情他們被團藏利用。
自來也回到木葉後，在從水門這裡了解到事情的前因後果後，他沉默了許久，最終什麼話也沒說，默認了水門的處理方式，沒有站在猿飛日斬那邊。
與水門作彆後，自來也立刻就去了醫院探望修養中的猿飛日斬。
然而，對於猿飛日斬隱晦表露出來的對水門執政理念的不讚同，自來也完全沒有做出回應，他裝傻應付了過去，就好像他根本沒有發現水麵下隱藏的波濤。
猿飛日斬是他的恩師，他會儘心儘力地照顧失去查克拉後蒼老了許多的老師。
但屬於三代火影的時代已經過去了，木葉已經到了需要改革的時候。
現在木葉需要的是積極進取，不是守舊保守，自來也不會在這個時候拖弟子的後腿。
他是個沒大誌沒本事的家夥，所以根本就沒像大蛇丸那樣試圖爭取火影之位，但他心裡明白，作為第三次忍界大戰的勝利方，木葉此時不該低調，該銳意進取了！
現在已經當年二代火影千手扉間戰死沙場，木葉局麵岌岌可危的時候了，木葉已經再一次強大了起來，該拿回屬於自己的威嚴了，老師的守成已經不適宜當下的木葉了。
三個親傳弟子大蛇丸因人體試驗暴露而叛變，千手綱手帶著戀人加藤斷的侄女靜音在外流浪不肯回來木葉，自來也雖然回來了但更偏向於自己的弟子水門。
猿飛日斬失去了所有的弟子的支持，不僅如此，在團藏的所作所為曝光後，被懷疑是否知情的他也失去了與他同期的幾名夥伴的支持。
他的同期裡，宇智波鏡戰死於第一次忍界大戰，團藏死於彌彥之手，剩下的秋道取風、轉寢小春和水戶門炎因鏡的萬花筒寫輪眼被團藏秘密盜走一事對他心懷芥蒂，再不肯支持他。
尤其是秋道取風，他從年少時就與宇智波鏡合作得最多，與他關係也最好，是三人中最懷疑猿飛日斬、最不肯原諒他的人。
甚至於猿飛日斬住院這麼久，秋道取風都沒有來探望過他一次。
最後，猿飛日斬失去了政治上的大半支持，真正變成了“孤家寡人”。
雖然他在木葉的威望依舊很高，但他失去了所有的查克拉，又失去了火影顧問秋道取風三人的支持，再想像從前那樣在木葉決策層占有舉足輕重的地位，無異於癡人說夢。
木葉隱村三代火影猿飛日斬的時代，終於走到了落幕的時候。
忙著處理根忍的事宜，波風水門也沒忘了將林瑩轉交給他的宇智波鏡的萬花筒寫輪眼還給宇智波一族。
雖然木葉高層並不是全都同意將這枚萬花筒還給宇智波，但波風水門還是堅持要完成這件事情，他覺得，因為二代火影千手扉間對宇智波的警惕態度，木葉已經將宇智波一族逼到了極點，不能再這麼下去了，必須緩和雙方的關係。
挑了一個風和日麗的好日子，在提前遞過拜帖後，波風水門帶著妻子漩渦玖辛奈和才一個月的兒子波風鳴人一起前去拜訪宇智波家族。：，，.