明朝軍事製度主要有兩種，一個是衛所製，一個是募兵製。
衛所製即在全國各地軍事要地設立衛所駐軍，衛所軍隊中大抵5600人為一衛，1120人為一所，一般每衛設左、右、中、前、後5個千戶所；120人為一個百戶所，百戶所設總旗2個（每總旗轄50人）、小旗10個（每小旗轄10人）。
此外，還有一種單獨駐紮一個地方，直接歸都指揮使司管轄指揮的千戶所，叫做守禦千戶所；還有一種稱為“禦”（設置數量不多）的軍事機構，管2到3個千戶所。
各衛所都隸屬於五軍都督府，亦隸屬於兵部，有事從征調發，無事則還歸衛所，軍隊來源為世襲的軍戶，由每戶派一人為正丁至衛所當兵，軍人在衛所中輪流戊守以及屯田，屯田所得以供給軍隊及將官等所需。
其目標在養兵而不耗國家財力，但明宣宗以後由於社會穩定，相對和平，衛所軍官開始侵占軍田，剝削士兵，軍人生活水平及社會地位日漸低下，逃兵也逐漸增加，軍備因此逐漸廢馳。
募兵製始於正統年間，和衛所軍不同，募兵不世襲，雖然為兵，但隸屬於民籍。
服役期滿即退伍，最開始，募兵沒有像衛所軍那樣擁有正式編製，而且往往隨著需求擴編或裁員，募兵完全是戰鬥部隊，不像衛所兵那樣需要抽調部分兵員從事屯田任務。
募兵的糧食補給，軍餉完全來自國家財政直接支出，不用來自屯田所獲，而且餉銀也比衛所軍和民壯要高。
到了嘉靖年間，募兵的騎兵與步兵以及車兵開始擁有正式的編製——營哨製，一般是五人為一伍，二伍為什，三什為隊，三隊為哨，五哨為總，五總為營，每營兵員3000人，這是南方明軍的營哨編製。
北方稍有變動，但大體相當，如戚繼光的薊鎮陸軍編製，十二人為一隊，三隊為旗，三旗為局，四局為司，二司為部，三部為營，人數也在3000人左右。
明朝後期，衛所軍和營哨軍的分工也開始劃分，衛所軍主要負責駐守，治安，訓練新兵和屯田，而營哨軍則主要負責機動作戰，如此情況下，衛所軍成了正兵，營哨則是機動的奇兵。
到了萬曆時代，為了契合這種分工，衛所軍若想參戰，則必須編入營哨建製，同時，衛所的軍官隻負責士兵訓練和日常管理，不負責指揮作戰，而營哨軍官除了要負責士兵的訓練，還要負責指揮，編入營哨軍的衛所軍官的編製也要遵守營哨軍的編製。
可以說明朝中後期的主要作戰部隊都是營哨軍。
廣東是沿海省份，因為倭寇襲擾，廣東駐守明軍十萬左右，主力就是衛所軍和營哨軍，廣東衛所軍沒有比營哨軍弱多少。