乾隆十三年，黃元禦遊幕至清江陽邱，陽邱風景秀美，黃元禦亦心清氣廓。期間，他南遊會稽山，拜謁禹陵，自謂：“身登會稽，親探禹穴，目睹越國江山……乃有著作斐然之誌。”同年四月，他開始撰著《傷寒懸解》，七月三日草成，計十五卷。八月下旬又撰成《金匱懸解》二十二卷，時年四十四歲。
乾隆十四年春，黃元禦初草《四聖懸樞》一書，辨析瘟疫痘疹之義。二月作《四聖心源》，解內外百病原始要終，僅草創大略篇目，因事輟筆。乾隆十五年四月，黃元禦北遊至京，適乾隆帝有疾，眾太醫萎思無策，經舉薦，黃元禦入宮視疾，藥到病除，以精湛的醫術得到了乾隆帝的特彆青睞，親書“妙悟岐黃”以為褒賞，並恩賜禦醫。從此，黃元禦開始了供職太醫院的生涯。
乾隆十六年二月，乾隆帝首次南巡，黃元禦伴駕至杭州，期間著方調藥皆有神效，深得乾隆帝及內外臣工讚譽。四月間，黃元禦乘閒便道至清江舊寓，繼續編寫《四聖心源》一書，“十得其九，厥功未竟”。“六月刪改《四聖懸樞》，謄清定稿。八月十五日開舟北上，回到京城。直至乾隆十七年十月，黃元禦寫畢《天人解》一章，經過四年時間，《四聖心源》終於脫稿。在《天人解》中，他極力闡發《內經》：“善言天者，必有驗於人”的觀點，高度重視陰陽五行學說的運用，並善與四時相聯係，從陰陽變化、五行生克、臟腑生成、氣血原本以及精神化生等方麵闡述氣化自然的妙義，影響巨大。
事君幾年中，黃元禦並不得意，這種心情在《四聖心源·序》中說得非常明白：“顧自己巳以至壬申，曆年多矣，元草未就，則天既長與以窮愁之境，而不頻假以蕭閒之日，帝眷之隆，何可恃也？良時非多，勖之而已。”繁庶之務使他沒更多的時間完成著述，黃元禦為荒廢了這許多寶貴時光而深自惋惜。此後的日子裡，他更是惜時如金，全身心地投入到著述中去。
乾隆十八年，黃元禦四十九歲，春二月，取張仲景著作中的方藥加以箋解疏證，著《長沙藥解》四卷，載藥一百六十一種，方二百四十二首。乾隆十九年三月又撰成《傷寒說意》十卷。該書以傳經入說，辯論分析，多啟迪後學門徑。同年六月八日，撰成《玉楸藥解》八卷，以補《長沙藥解》之未備，他在該書中首創了用浮萍治療瘟疫的療法。至此，黃元禦已完成醫書八部，即後世所稱《黃氏八種》，時年五十歲。因過度勞神，此時的黃元禦已是身疲神怠，門人畢武陵請箋注《素問》、《靈樞》，“自唯老矣，謝曰不能”。
乾隆二十年初春，在門人畢武陵的再次推請下，黃元禦著手箋釋《素問》，至十一月書成，計十三卷，定名為《素問懸解》。此書中的“五運六氣，南政北政”之說，大為發前人之未及。