Seele很看重碇唯的能力，一定不會放過她。而碇唯似乎也有什麼事想做想準備，所以她一定會積極參與相關研究。
意識到這點，章珎早早放棄了勸說，隻有碇源堂還一副心神不寧的樣子，反複勸解她。
好在碇唯去南極所花時間不長，很快就回來了。
而那時，章珎已經考入了京都大學。
就在碇唯回日本不久，南極基地發生了重大事故，那支帶碇唯去南極科研的考察隊全軍覆沒。除了事發前被葛城隊長用保護艙小心隔離起來未成年的女兒葛城美裡，整片南極，無人生還。
這一次事故，在內部，被稱之為“第二次衝擊”。
南極的悲慘事故，源自亞當的覺醒。那是一場人為引發的災難，Seele為了掌握決戰的控製權，不惜獻上無數人的未來，命令南極的科學家們對亞當本體進行極為危險的接觸實驗。
Seele如願了。
伴隨著亞當的蘇醒，巨大的光翼從南極基地一直展開到太空之中，白色的、通體發光的、身形龐大如山的亞當釋放了自己的力場，使南極地區發生了一場破壞力遠超核彈的大爆炸。
爆炸之後，海平麵上升，地軸偏轉，接連而來的海嘯、地震等自然災害席卷全球。
曾經的日本東京市被海水淹沒在下。全世界的氣候也都受到了南極異變的影響，很長一段時間裡，氣候變化異乎尋常，要麼乾旱、要麼洪災，饑荒和人道主義災難持續發生。
如果說第二次衝擊之前，章珎對Seele的性質尚有懷疑，那麼現在，他已經能十分肯定了。
能毫不手軟地促成這樣全球性的災難，連累數十億人陷入生存困境。無疑，那夥老而不死的老頭子都是一群不把彆人的命當命的混賬東西。
碇唯為他們做事，碇唯肯定也清楚南極的事。那碇唯又是怎麼想的呢……
碇唯隻是微笑，不肯回答章珎的任何問題，章珎便不再追問。
他考入京都大學後表現優良，同樣得到了Seele的青眼。幾乎是在同時，Seele抽來了全日本最優秀的科研專家，集中在箱根，開始準備在地下的黑之月上建立名為Gehirn的人工進化研究所。研究所宣稱，自身存在的目的，是為了預防第三次衝擊的到來。同時，研究所還將負責承擔對使徒這一威脅的調查、研究，以及殲滅工作。
值得一提的是，碇源堂就是人工進化研究所的所長。
他與碇唯相識之前，隻是一個普通的記者。資曆遠不夠人工進化研究所招人所需的門檻。
加入研究所的機會還是他向碇唯主動爭取來的。
現在一切就很清楚了，不管碇源堂到底有多愛碇唯，他接觸碇唯的目的都是不純潔的。
但碇唯就像是鐵了心一樣地喜歡那個男人。
聰明、有能力、有主見的女性，相當有魅力，但也最讓人頭疼。
比如碇唯。她一旦決定了什麼事，意誌就會過分地堅定，水潑不進，死不動搖。即使是掌握一手洗腦神功的章珎，也拿她沒辦法。
他實在摸不清碇唯究竟是突患戀愛腦，還是在盤算著反過來利用碇源堂做事。總之，日本這個地方當真是一地混水，他待著隻覺得無趣得很。
章珎大三那年，因為他的教授冬月辭職進入了位於箱根的人工進化研究所總部，章珎索性申請出國交換，去了中國的高校，並在北京加入了人工進化研究所中國分部。
他表現優異，短短時間內連跳數級。正當章珎在中國分部過得如魚得水的時候……
從日本傳來噩耗，碇唯因為實驗事故去世了。
碇唯在日本人工進化研究所總部做出了極為巨大的貢獻，她提出了許多的理論，使日本總部順利生產製造出當前世界上僅有的兩台人型最終決戰兵器——Eva零號機、Eva初號機。
她提出了一個理論，用以啟動這巨大的戰爭機器。那就是讓駕駛員進入Eva的核心，成為Eva的魂。
這個試驗風險巨大，而碇唯主動要求以實驗體的身份參與。然後麼……根據“怕啥來啥”的墨菲定律，她融化了，消失在初號機的核心之中。
許多人都知道章珎和碇唯的姐弟關係，消息傳出後，紛紛向章珎表示了同情和慰問。
他們一片好意，然而章珎根本不悲傷。
短暫的愕然之後，章珎立馬從她進入Seele的第一天開始回想，他非常肯定碇唯全程都是主動選擇，因此她的死亡絕非意外，絕對是有預謀有計劃的“自殺”。
章珎仔仔細細地想了想，最困擾碇唯的事情會是什麼？
家庭？不可能。丈夫愛她，兒子可愛，有證據證明碇唯產後也沒有出現過任何抑鬱症症狀。個人生活方麵，似乎完美得無可挑剔。那麼最有可能刺激她做出這種事的原因，恐怕就是所謂的Seele的秘密任務了。
有什麼話一定要這樣藏著捂著？她如果能夠稍微敞開心扉，也許章珎還能給她一些建議。
雖然前路不是很容易，但也不是什麼必死才能解開的局。據說現在，失去愛妻的碇源堂非常悲痛，想必碇唯也沒有向他透露過什麼。這個一直不肯相信任何人的女人啊……
章珎歎歎氣，再次確信自己不太能理解日本人。這些家夥不僅學不會好好說話，還喜歡動不動去死。
活著有那麼不好嗎。
這個民族酷愛自殺毛病什麼時候才能改一下啊？
由於繁忙，他在北京支部暫時沒能走開。等章珎終於回到日本時，碇唯已經去世一年多了。章珎在她的墓前，給這個不知道在想什麼的姐姐獻上了一束花，這才開始找他“可愛”的外甥。
所以說，大多數時候世上隻有媽媽好也是一條至信哲理了。如果親媽不在，親爹那種生物是隨時都可能退化成後爹的。
碇唯才死不到兩個月，慈父碇源堂就相當冷靜利落地把愛妻的獨生子扔到自己哥哥家代養了。
對一部分家庭來說，自己忙碌工作，顧不來孩子，委托親戚照顧，也許是正常的。但是在碇源堂家裡，情況絕對不是這樣。
碇源堂本姓六分儀，他當初和碇唯結婚，不顧彆人的詫異，主動要求拋棄自己的姓氏，和妻子同姓。一方麵或許是因為這麼做有利可圖，另一方麵，則是因為他本來就不留戀他的家庭，巴不得用這種方式和家人一刀兩斷。這裡就可以料見他與六分儀家感情淡漠到什麼程度。
退一萬步說，碇源堂那種陰沉詭異的性格，也絕對不是出自一個幸福快樂的家庭。
六分儀家內家庭關係非常的差，而碇源堂為兒子真嗣找的這戶親戚，剛好就是那種非常惹人嫌的人。
章珎不信碇源堂不清楚這一家的情況。
況且碇源堂已經是人工進化研究上的所長了，薪水驚人，並不是沒有能力為孩子聘請保姆，再不濟，也可以把真嗣放在全日製或寄宿製的學校裡。可他偏偏不，就是要把真嗣扔得遠遠的。
不知道的還以為真嗣不是他的兒子呢。
所以碇唯為什麼非要嫁給這麼一個東西。章珎第一萬次想不通。
他看到真嗣的時候，那孩子發著燒，躺在空蕩蕩的榻榻米上，滿臉通紅，渾身是汗。他還是章珎記憶裡的樣子，長得很像碇唯。章珎離開日本的時候，他才兩歲半，在碇唯的懷裡揮著肉呼呼的小胳膊，咿呀咿呀的。
章珎長得也很像碇唯，看到他和真嗣相似的臉，那家人一臉慌亂。他沒有多廢話，扔下一疊錢，權當這些時間真嗣在這裡生活的養育費，彎下腰抱起高燒的外甥，什麼東西都不拿地走了。
真嗣在醫院裡休息了很久，才醒過來。將近兩年多過去，他已經不認識章珎這位舅舅了。
小男孩的聲音還很奶，他盯著章珎，慢慢詢問道：“您是誰？”
章珎靜了一下，慢慢說：“我是你舅舅。”
碇真嗣一言不發，沉默地睜著大大的眼睛看著眼前的陌生人。
章珎微笑道：“你不信？”真嗣沒說話，章珎又像自言自語一般地垂頭笑語道，“那這樣，如果我能叫出你的名字，那我就是你的舅舅，好不好？”
碇真嗣好一會兒才慢慢點頭。
章珎想起碇唯懷著這個孩子時的一些小事，她那會兒一直在煩惱給未出世的孩子起什麼名字好。而她糾結了那麼久，到頭來孩子的名字還是碇源堂給定的。
他聽碇源堂說：“男孩叫做真嗣，女孩叫做麗。”
回憶至此結束，章珎溫柔地直視著碇真嗣，開口道：“你叫……”
“桃太郎。”章珎語氣極為嚴肅地說。
作者有話要說： 碇真嗣垂死病中驚坐起：你再說一遍？？？？？？