好在朱由校並不是把九邊的事情，一股腦地推給熊廷弼就完事，在任命熊廷弼為九邊提督的同時，朱由校還同時任命在泰昌元年八月兩度擊敗努爾哈赤，攻克灰山、撫安堡的賀世賢為遼東總兵，總理遼東兵事，同時任命靖東營遊擊祖大壽為副總兵，遼東鎮練兵遊擊毛文龍為遼東水師總兵！
並且在聖旨中明確命令賀世賢要堅決按照熊廷弼的既有政策，築堡遷民，強兵製器，隨時準備應對後金的進攻！
又命令毛文龍率領遼東水師將皮島作為前進基地，騷擾後金的後方，同時占據朝鮮國的濟州島作為遼東水師的保障基地。
朱由校對毛文龍的要求就是，以最小的代價，襲擾後金，使其不得安寧，同時要機動靈活地配合主力，完成對後金兵力的牽製！
如果按照原來的曆史軌跡，賀世賢會在天啟元年，在後金進攻沈陽時力戰而死，但那是在熊廷弼被罷官之後才出現的情況，如今熊廷弼不但沒有罷官，還被朱由校提升為九邊提督，賀世賢的命運如何就要再看看了。
不過賀世賢作為遼東鎮的老將，一輩子能熬到這個位置，還不用受中官和文官的轄製，已經是感到心滿意足了，同時他對熊廷弼也佩服的很，因此對於朱由校的旨意，執行的也極為堅決！
祖大壽和毛文龍這兩位後世頗為有名氣的將領，現如今還隻能算是嶄露頭角的後起之秀，對於朱由校這種超拔自然更是感激不儘，同時他們根基尚淺，心裡也有抱熊廷弼大腿的打算，故此對於熊廷弼可以說是言聽計從，這讓熊廷弼人雖然在大同，但對遼東一線的戰事，依然可以做到如臂使指！
另外朱由校還將熊廷弼手下的一員大將曹文詔直接提拔成大同總兵，這讓熊廷弼感到更加的貼心，因為曹文詔在熊廷弼手下表現出了極其優秀的軍事才能，而且曹文詔不過三十多歲，這次提拔成總兵也是超拔，自然是對曾經上表表揚過他的熊廷弼感激不儘，熊廷弼用起來也是得心應手！
不過也不是所有的事情都讓熊廷弼感到滿意，首先九邊的監軍中官全部撤走了，這雖然鬆開了熊廷弼的手腳，可也讓他感到壓力倍增，其次是從京城傳來的公文看，當今那位小皇帝似乎開始重新任用武勳了！
英國公張維賢竟然就任兵部尚書，聽說為了這事兒京裡還有人叩闕，隻不過這次叩闕發生的突然，結束的也潦草，最後竟然沒人反對這件事了！
張維賢不但坐穩了兵部尚書的位置，就連整個兵部也從六部中剝離出來，而他這個兵部左侍郎雖然看起來還是文官，可實際上卻已經進入了武官的行列，因為在已經明確的隸屬關係上，他直接對應的是兵部，而不是內閣！
也就是說熊廷弼現在有任何事情，都要上報兵部，接到的命令也是從兵部下發的，至於以內閣為首的文官係統，就跟他沒有任何關係了，對此骨子裡始終認為自己是文人的熊廷弼，還是有些芥蒂的，畢竟文貴武賤的思想早已經刻深深在了他的心裡！
所以以熊廷弼的本意來說，他是不願意棄文從武的，可是以熊廷弼目前的處境來看，他又必須接受這個現實，因為他在薊遼總督的任上可是得罪了不少人，也遭到不少人的彈劾，這說明在文官之中已經有人要收拾他了！
同時熊廷弼也從一些渠道聽說，叩闕的事情之所以潦草收場，跟對他的彈劾有些關係，那些彈劾他的人也都被收押待參了，這幾件事加在一起，已經讓他熊廷弼很難在文官中混了。