麵對北宗眾多禪師的謾罵圍攻，神會獨自站於高台之上，迎著凜冽寒風，臉不改容，有如被狂濤巨浪衝擊的中流砥柱，與山東崇遠禪師展開一場曠世的大論戰。
神會稱自己才是“南天竺一乘宗"的正式傳人，提出達摩“傳一領袈裟以為法言授與慧可，慧可傳僧璨，僧璨傳道信，道信傳弘忍，弘忍傳惠能，六代相承，連綿不絕，"指出南宗惠能才是正統的六祖。在萬人麵前毫不留情地指出五祖弘忍沒有將袈裟金缽傳給神秀，神秀根本沒有資格當五祖的繼承人。猛力抨擊神秀的北宗“傳承是傍，法門是漸”。普寂所立的法統是偽造的。在眾目睽睽之下，駁得自認才壓千人的崇遠禪師啞口無言，駁得那些口舌如簧的北宗禪師瞠目結舌。
大雲寺無遮大會兩派的爭辯，成了北方廣大信眾茶餘飯後的話題，越傳越遠，越傳越廣。禪宗南頓北漸兩大派係，勢成水火，“相見如仇讎”，鬥爭越來越激烈。但由於神會在這次辯論會上大獲全勝，南宗頓教的佛法在北方迅速崛起；相應的是，北宗漸教逐漸走向式微衰落。
天寶四年745年兵部侍郎宋鼎信奉南方“頓悟”的禪法，將神會請進東都洛陽。此時，普寂禪師已經辭世，神會在洛陽大展宏圖，大力弘傳“頓悟”宗旨，在荷澤寺為六祖惠能建堂立碑，依照自己的宗統繪畫了《六葉圖》，力稱六祖惠能才是禪宗法脈的正統繼承人。
後來，神會將辯論記錄整理麵世，冠名為《菩提達摩南宗定是非論》。
由於在北方神秀一派的“漸悟”異常熾盛，洛陽又是北秀的勢力中心，而神秀的門徒一直將得五祖授傳聖物南逃的惠能視作仇敵，故此，他們瞅準機會，恃著勢力，借助他們所能倚重的政治勢力和手段，向神會發動了淩厲而多重的反擊，終於將神會驅逐出京城。
神會被迫遠徙湖北，流離輾轉，不到兩年時光，迫得搬了四次住地，從弋陽郡轉到武當郡，再轉到襄州，天寶十三年754年七月，又敕移至荊州開元寺。在迫遷期間，神會雄心如矢，不變初衷，到處力弘南宗的“頓教”法門，激揚踔厲。
天寶十四年755年時間發生了曆史上有名的“安史之亂”，安祿山舉兵攻陷了東都洛陽，直逼長安。玄宗皇帝驚惶萬狀，棄城而去，奔逃到西蜀。當時連年天災．又是連天的戰患，令唐朝國力漸弱，國庫空虛。大唐江山，岌岌可危。副元帥郭子儀采用了右仆射裴冕的建議，通令全國郡府俱設置戒壇度僧，收取一定的香油錢作為稅錢以為軍餉。並力邀神會主持此事。
當時，深孚眾望的神會因遭到奸佞盧弈的誣奏，謫居於荊州，今見山河扳蕩，京都危如累卵，正是國家興亡，匹夫有責。