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人類補完委員會召開緊急會議。
“eva係列不可能天生就擁有的s2機關，竟然通過這種方式自己取得。”一個陰陽怪氣的聲音說道。
“劇本剛開始就出了偏差，碇，你要負責。”
“這個是意外情況，原因已經查明，駕駛員被使徒之血汙染導致初號機失控，具體報告我會在三天內提交。”老碇辯解道。
“必須要對初號機做出限製，畢竟那是神的力量。”
“好好利用nerv吧，碇，不要讓我們失望。”基爾議長做出總結。
老碇離開後，委員會非常不滿。
“碇源渡，也許一開始把nerv交給他就是個錯誤。”
“可是沒有他一切計劃都無法實行。”
“我們得給他係上告警鈴鐺。”
……
老碇回到自己的辦公室，臉色陰沉無比。
“計劃太過提前了，要修正可不容易，應付那幫老人不容易吧。”冬月道。
老碇扶了扶眼鏡，“沒關係，這本來就在計劃中，提前發生了而已，省了我很多功夫。一開始方向有誤比較容易糾正，總比進行到關鍵出錯好。沒想到他們研究了十幾年的s2機關，被初號機先得到了，對神的力量存在恐懼在所難免。”
現在初號機的狀態相當於一個沒有靈魂的使徒，隻要置入人類駕駛員，就有了靈魂。相當於智慧之果與生命之果的融合，力量一旦爆發起來後果難料。
按照tv版與舊劇場版的劇情，人類補完計劃，分彆由seele和碇元渡這兩條線在進行。並且進行過程中有互相交叉衝突的地方，比如說在對初號機的利用上，seele之前並未打算將初號機作為最後處刑的對象，之所以最後不得不使用初號機，是因為失去了原版朗槍的情況下已經無法使用莉莉絲實施處刑，所以隻能使用莉莉絲的“唯一分身”初號機。而另一方麵，初號機是否能成為神對於碇元渡來說是至關重要的。於是在這個問題上雙方就有了必然的衝突。
seele的人類補完計劃是以死海文書為劇本來執行的，上麵記載並預言了所有關於使徒、亞當、莉莉絲、人類的來源以及未來。死海文書的預言部分，總體來說還算是靠譜的，畢竟上麵說道了使徒的入侵，並且單從結果上來看，第三次衝擊的發生也被其言中。
然後結合seele這個團體本身的意誌來看，該組織的實際地位與權利都高於聯合國，幕後操縱力強，能夠直接調用國際儲備，隻要內部達成一致，就無需再向外界征求意見。
seele在很久以前就已經成立，在漫長的曆史進程中，老人們開始對自己所屬的人類產生蔑視情緒，在學習聖經得知人類是帶著原罪出生後，這種情緒就更加強烈，為此他們嘗試人類的進一步進化，卻苦於沒有正確的引導與方案，此計劃暫時擱淺。而這就是seele本身的意誌，任何組織一旦有了這種意誌，它就會瘋狂地搜集能夠佐、引導、傳播它的意誌的教科書，然後根據這個教科書去照本宣科。沒錯，在seele看來，死海文書就是再好不過的教科書。
死海文書之所以能被seele升格為綱領性文件，就是因為它那後半部分的預言，人類將被補完，集體回歸莉莉絲，之後就可以統一為一體，產生新的進化生命體。這種看似進化人類，實則滅亡地球論調，正好與seele的老人們的想法不謀而合，並且在上個世紀那個末世論橫行的年代，死海文書對seele那幫冥頑不化的老頭們來說簡直就是救命稻草，他們總算找到一處能使自己心安理得的避難所。