在此之後，seele忙不迭地製定人類補完計劃，緊接著又人為引發了第二次衝擊，之後一邊不惜巨資成立nerv及其配套設施（包括eva零號機到伍號機），一邊催促碇源渡趕緊照他們的要求進行計劃的操作，他們就等著坐享其成，等著變成lcl，這就是他們所期盼的人類美好補完結局。
第二次衝擊是seele引導的，但在當時它是拯救了全人類的。如果它不通過發動第二次衝擊來使亞當胚胎化並且捕捉之，那麼亞當就有被使徒搶先一步進行補完的可能，假如使徒補完成功，全人類就要麵對被當作祭品的命運，人類全滅。然後通過第二次衝擊，seele付出了損失全球一半的人口的代價，卻保護了剩餘的人類，同時將亞當複製，製造了eva以對抗使徒。而且後來seele指揮nerv不斷擊殺使徒，在一定意義上也起到了保護人類的正麵作用。
在客觀上，seele的分水嶺是渚薰的死，渚薰死亡後，3到17使徒全員滅亡，人類已經失去了補完上的對手，也就不必擔心會被當做祭品而全滅。但是此時seele依然堅定不移地執行著自己的人類補完計劃，而這麼做卻會使全地球人類滅亡，seele很清除這一點，所以在此時，seele等於說是從使徒手裡拿過接力棒，正是開始蔑視人類現有的生命，在道義上已經徹底地蛻變為一個邪教組織。seele開始發動第三次衝擊，目的是讓人類自行贖罪。作為人類補完計劃的領導者，基爾議長一直對人類的自行贖罪抱著虔誠的心態。
說完了seele，再回頭來理論一下碇源渡這方麵的真實意圖。雖然他也不是什麼好人，相比較而言，卻比seele要有人情味兒得多。
縱觀整個動畫，碇源渡的一生隻在乎一個人，那就是他的媳婦碇唯。碇源渡原本姓六分儀，後來為了追老婆連姓都改了，當然也有說法是為了向seele靠攏，這都無所謂，總之是姓了媳婦的姓。他的一切計劃，都就是為了再與碇唯相會。碇源渡的計劃其核心宗旨是要與妻子唯相見。當然這是非常籠統的說法，按照碇源渡的性格，計劃搞了這麼大，很明顯這個相見不是牛郎織女似的，而是一種為了高端也更為貪婪的形式。
（1）碇源渡自己本來就是有野心的，他不讚同seele的贖罪式補完，而堅信人類可以直接成神，所以一直主張“人工成神之道”。
（2）唯的事故，不論碇源渡之前是否知曉，客觀上確實讓碇源渡更為堅定了推行自己計劃的想法。即讓唯神化，之後自己神化，他們二人（二神）一同樣的神的身份相會。
（3）seele的計劃與碇源渡的計劃實際上是有一部分交集的，即消滅所有使徒（使徒要來找亞當，他也需要亞當）。這也是碇源渡能夠跟seele合作那麼久的原因。
（4）碇源渡在初號機對第14使徒力天使上這一點與seele產生了分歧。初號機攫取了第14使徒的s2機關，成為了神。這是seele所懼怕看到的，因為這種行為在seele看來實際上是更大的罪惡。而初號機成為神卻正是碇源渡想要的，他想要唯成神。
（5）在對待朗槍的態度上，碇源渡也與seele持截然相反的態度。朗槍是化作生命之樹的道具，是贖罪儀式中的核心物件。而碇源渡不要贖罪，所以朗槍絕對不是碇源渡希望看到的東西，最好能丟的越遠越好。於是他趁第15使徒空天使來襲之時，以近乎拙劣的理由命令零號機使用朗槍攻擊。這也讓seele方麵十分震怒，同時對碇源渡徹底失去信心。
（6）初號機成神之後，碇源渡需要的是自己成神。但是碇源渡很明顯不可能像初號機那樣獲得s2機關，唯一可行的辦法就是利用手中的亞當胚胎。並且使用麗，將他帶往莉莉絲的身體。屆時，亞當的身體加莉莉絲的身體等於神，同時加碇源渡自己的靈魂與自我意識，這就是他最終的目的，
如果碇源渡成功了，首先seele是肯定要被他剿滅的，那是對他最大的威脅，當然eva各機體也肯定要毀掉。其次是普通人，碇源渡最有可能的做法是當上這個世界的領導者，他已經是神了嘛，碇唯自然成了神後，然後就是千秋萬代，一統江湖。但是這些其實都是黃粱美夢，最後故事的發展並沒遂了碇源渡的心願，原因隻有一個，綾波的背叛。
碇源渡當時的做法很明確，自己已經和亞當處於半融合狀態，接著自己與綾波融合，綾波帶著他再與莉莉絲融合就大功告成！但是進行到要與綾波融合的時候，綾波把碇源渡手中的亞當吸取掉後，將碇源渡的手排斥了出去，自己飛空與莉莉絲融合去了，丟下了碇源渡在原地發呆。究其原因，是綾波擁有了自我意識，她想按自己的想法去做，她想去找正在慘叫的碇真嗣，她不想成為碇源渡的玩偶。這是碇源渡最大的悲哀，無論再怎麼克隆碇唯，綾波終究不是她本人，終究會在最後舍棄他。眼看自己失敗，既然找媳婦重逢不成，就又想起了自己的兒子，又覺得對不起兒子，最後在被補完的時候，他選擇了自己被初號機吃掉的意向，而那時初號機代表這碇真嗣。而那個恐怖的意向表達的是碇源渡對兒子的歉疚與後悔，也是作為企圖染指神權的懲罰。
在實際的劇情中，碇源渡計劃的實際效果隻是造就了一個即擁有神格又擁有人格的大號綾波（擁有亞當與莉莉絲的身體以及莉莉絲的靈魂相當於神格，擁有麗的自主意識相當於人格），且大號綾波不聽命於碇源渡而投奔真嗣（此為意外）。這一點亦在seele的計劃之外。這樣，seele的計劃被這樣一個神人綾波插手，形式上就大不相同了。且補完亦沒有“完全”順應seele的目的，結果上seele的計劃也失敗了（真嗣和明日香依然以個體的形式存活了下來）。
在大號綾波浮上天之後，立刻同化了量產機（量產機生出綾波的頭，且貳號機的頭也變成了綾波的樣子說明貳號機也被同化了），這可以理解為原版莉莉絲和亞當結合之後產生的神所具有的“神力”。一開始補完的過程似乎也與seele料想的沒什麼偏差，由於真嗣的厭世導致人類全部化為lcl，靈魂被回收到莉莉絲之卵黑之月中。但結果還是不一樣了，要是沒有大號綾波的幫助，真嗣也許早已失去了自我，而正是綾波的循循善誘，真嗣最後還是認清了現實，不願浸淫在虛幻的歡樂中，而是回到了雖然會彼此傷害，但是卻無比真實的現實世界。
亞當與莉莉絲的合體，並且擁有莉莉絲的靈魂以及綾波麗的自主意識。這樣這個神一樣的存在打亂了所有的補完計劃。從此補完計劃將完全按照碇真嗣的意願來進行。
經過上麵的分析，可以總結一下補完要的具體條件和道具了。
（1）人類的補完，首先需要莉莉絲的身體或者是莉莉絲的複製體（初號機），還需要朗槍或者山寨朗槍。到底用哪個取決於手中有沒有原版的朗槍。有原版朗槍則可以使用莉莉絲的身體，無原版朗槍則隻能使用山寨朗槍加初號機。之後需要量產機作為祭品參與補完的儀式，並在儀式中獻出自己的生命（s2機關）。當然，最後還有一樣道具，就是全體人類。
（2）使徒方麵的補完需要亞當的身體。所謂的人類補完計劃的情況大致就是這樣了。從實際的結果來看，碇源渡的計劃完全失敗。seele的計劃本來成功了大部分，但是在最後，由於一個小小人物的選擇，他們也徹底的失敗了。
實際劇情中發展出來的人類補完計劃，是seele、碇源渡、大號綾波三方共同參與的混合體，而到最後，一切又都取決於真嗣的決定。
不過，這個嶄新的eva世界，補完計劃真的如此嗎？