平定西南叛亂漢武帝劉徹駕崩後，西南部分地區開始不服漢朝統治，多次發生反叛。始元元年（公元前86年）夏，益州等地二十四邑夷民反漢，漢昭帝遣水衡都尉呂破胡，率軍迅速將其平息，劃分河內歸屬冀州、河東歸屬並州。始元四年（公元前83年），西南姑繒、葉愉等夷民部落再次起兵反漢，昭帝複命呂破胡率軍征討。由於呂破胡此次未能迅速進抵益州，致益州太守被殺，死傷四千餘人。
始元四年（公元前83年）冬，為平定反叛，西漢朝廷又命漢朝將軍王平、田廣明率部征討，並調句町侯毋波的親兵武裝配合，至始元五年秋，漢軍捕斬夷民三萬餘人，虜獲牲畜五萬餘頭，遂平益州郡，鉤町侯毋波斬首捕虜有功，封為句町王，封邑句町國，享受國縣並置的特殊待遇。
經濟在武帝晚期，因對外戰爭、封禪等造成國力嚴重損耗，發布《罪己詔》，及時扭轉了對國內外的方針政策。昭帝即位後，延續了武帝末期與民休息的政策，對內繼續休養生息，多次下令郡國官員以勸勉農桑為首要政務，並躬耕於鉤盾弄田、上林苑，示民從事農桑，調動農民的生產積極性。為了減免窮困百姓的負擔，昭帝多次頒布了減免田租、口賦及其他雜稅的詔令，凡遇郡國遭受水旱及地震災害，當年租賦徭役皆免，並頒布“令民得以律占租”的法令，廢除了律外苛稅。
同時，采納鹽鐵之議時，賢良文學的意見，停止了酒類專賣，免去酒類專賣官吏；並罷不急之官，體民間疾苦。在昭帝一係列措施下，漢武帝奢侈無度、連年征戰所導致的“海內虛耗，戶口減半”的形勢終於得以顯著扭轉。因此，昭帝之世，“百姓充實，四夷賓服”。
在外交上，關於北方邊境：昭帝一方麵加強北方戍防，多次擊敗進犯的匈奴、烏桓等，另一方麵重新與匈奴和親，並派使者要求放回蘇武等人，以改善雙方的關係。西南邊境：加封鉤町侯毋波為句町王，使其掌管封地句町國，以穩定西南的政局穩定。西域方麵：因龜茲、樓蘭聯合匈奴，殺漢使官，元鳳年間，派傅介子出使大宛前去問責，使龜茲王和樓蘭王服罪，並於龜茲斬殺了匈奴使者。
元鳳四年（公元前77年），昭帝再次派遣傅介子前往樓蘭，傅介子以發放漢廷賞賜為名，攜帶黃金錦繡至樓蘭，於宴席中斬殺樓蘭王安歸，另立在漢樓蘭質子尉屠耆為王，改國名為鄯善，遷都於扜泥城，成功解決了西域問題。
在文化上，
漢武帝時期創建太學，但規模很有限，隻有幾位經學博士（專掌經學傳授的官員），到漢昭帝時增加到一百人。太學的興立，進一步有效地助長了民間積極向學的風氣，對於文化的傳播起到了重大的推動作用，同時使大官僚和大富豪子嗣壟斷官位的情形有所改變，一些出身社會下層的“英俊”之士，逐漸得到了入仕的機會。在對待秦朝的思想方麵，西漢的官方曆史意識，在漢武帝之後開始發生變化，從含糊的泛泛否定轉而為總體否定，否定中不再包含肯定，對秦文明的分析態度開始消失，尤其體現在賢良文學者的議論中。
在桓寬《鹽鐵論》中，就有不少涉及批判秦文明的篇章：《誅秦》、《周秦》、《伐功》、《申韓》、《備胡》等。另外，昭帝時期還是漢代漆器生產的發達時期；元鳳年間的沂水鮑宅山鳳凰畫像是現存最早的畫像石；最早的完整箭支，也是昭帝始元六年（公元前81年）所製。
對於他，曆史評價，班固：昔周成以孺子繼統，而有管、蔡四國流言之變。孝昭幼年即位，亦有燕、盍、上官逆亂之謀。成王不疑周公，孝昭委任霍光，各因其時以成名，大矣哉！承孝武奢侈餘敝師旅之後，海內虛耗，戶口減半，光知時務之要，輕徭薄賦，與民休息。至始元、元鳳之間，匈奴和親，百姓充實。舉賢良、文學，問民所疾苦，議鹽、鐵而罷榷酤，尊號曰“昭”，不亦宜乎！[
]曹丕：夫孝昭，父非武王，母非邑薑，體不承聖，化不胎育，保失仁義之德，佐無隆平之治，所謂生深宮中，長婦手矣，德與體並，智與性成。曹植：周公以天下初定，武王既終，而成王尚幼，未能定南麵之事，是以推己忠誠，稱製假號。二弟流言，邵公疑之，發金滕之匱，然後用寤，亦未決也。至於昭帝所以不疑於霍光，亦緣武帝有遺詔於光。使光若周公踐天子之位，行周公之事，吾恐叛者非徒二弟，疑者非徒邵公也。且賢者固不能知聖賢，自其宜耳。昭帝固可不疑霍光，成王自可疑周公也。若以昭帝勝成王，霍光當逾周公邪？
李世民：昔漢昭帝之保霍光，魏太祖之明程昱，朕之不德，庶幾於此。[]李德裕：1人君之德，莫大於至明，明以照奸，則百邪不能蔽矣，漢昭帝是也。周成王有慚德矣，高祖、文、景俱不如也。2使昭帝得伊、呂之佐，則成、康不足侔矣。蘇轍：昭帝享國十三年，年甫及冠，功未有見於天下，其不及成王者亦遠矣。天壽雖出於天，然人事常參焉。故吾以為成王之壽考，周公之功也；昭帝之短折，霍光之過也。司馬光：以孝昭之明，十四而知上官桀之詐，固可以親政矣。
錢時：昭帝甫十四而能明燕書之詐。昔人謂成王有慚德，固矣。雖然，昭帝止於昭帝，而成王進德，遂至學有緝熙於光明之盛。愚於此則深見，天姿雖美不足恃，而學問之功為大也。昭帝享國則固日淺，而成王複辟之年亦方弱冠耳。《洛誥》答周公之語，非大進所學有見於道，能為是言乎。因觀三代而下，英君誼辟，非無剛明特達之才，而不能躋之二帝三王之盛者，皆由不學之故。非不學也，不以二帝三王之所學者為學也。非不學二帝三王之所學者也，無二帝三王之佐也。由是言之，成王雖疑周公而周公不負成王，昭帝雖不疑霍光而霍光則有負於昭帝多矣。
洪邁：漢昭帝年十四，能察霍光之忠，知燕王上書之詐，誅桑弘羊、上官桀，後世稱其明。
父母父親：漢武帝劉徹母親：趙婕妤（鉤弋夫人）
姊妹兄長:戾太子：劉據，齊懷王：劉閎，燕剌王：劉旦，廣陵厲王：劉胥。昌邑哀王：劉髆，姐妹:鄂邑長公主（蓋長公主）：漢昭帝的大姐,，漢武帝的大女兒，生母不詳。衛長公主（當利公主）：漢武帝劉徹和皇後衛子夫的長女。諸邑公主：漢武帝與皇後衛子夫之女，與陽石公主同坐巫蠱之禍而死。石邑公主（一說陽石公主）：漢武帝與皇後衛子夫之女。夷安公主：漢武帝之女，生母不詳，嫁漢武帝姊妹隆慮公主之子昭平君。
後妃皇後：上官氏，上官桀孫女，上官安之女，霍光的外孫女。妃嬪：周陽氏。