發展傳統醫學，方南沒有忘記《本草綱目》這本神作。
《本草綱目》一共五十二卷，是李時珍從嘉靖三十一年(1552)開始撰寫至萬曆六年(1578)結束，稿凡三易。
此書采用“目隨綱舉”編寫體例，故以“綱目”名書，以《證類本草》為藍本加以變革。
書中序例相當於總論，述本草要籍與藥性理論；卷1“曆代諸家本草”，介紹明以前主要本草41種；次輯錄明代以前有關藥物氣味陰陽、五味宜忌、標本陰陽、升降浮沉、補瀉、引經報使、各種用藥禁忌等論述，其中又以金元諸家之論居多。
卷3～4為“百病主治藥”，沿用《證類本草》“諸病通用藥”舊例，以病原為綱羅列主治藥名及主要功效，相當於一部臨證用藥手冊。
卷5～52為各論，收藥1892種，附圖1109種。
幾乎可以將《本草綱目》稱呼為這個時代裡傳統醫學的“百科全書”，學徒隻要背會背會《本草綱目》，再在老師的照看下進行幾年實習，基本上可以出師。
其他經驗豐富的大夫也可以多看看《本草綱目》，經驗再豐富的大夫也不可能什麼病症都知道。
《本草綱目》在大明統治區在已經印發，隻不過規模還，了解的人並不多，軍情處將幾份《本草綱目》帶回來，已經批量進行印刷，放到文華書店出售，並推薦治下大夫、學徒購買《本草綱目》，不強製，買不買是他們的選擇。
等到日後醫科大學建立起來，學習傳統醫學的學生們，肯定要學習《本草綱目》。
相比於發展緩慢的傳統醫學，現代醫學發展速度還要快一點，不是現代醫學的知識增加，而是勉強算作學習現代醫學的人大大增加。
在大多數人看來，針灸、湯藥屬於傳統醫學，開刀屬於現代醫學，實際上在元以前，華夏大地上的大夫們在外科手術上已經有不少發展，隻可惜到了明代，以針灸、湯藥為主的保守治療大行其道，外科手術已經沒落。
比如戰場上一個士兵胳膊被到劃了一個大口子，出了很多血，治療方法就是使用十灰止血散或者金瘡藥止血，再用布包紮，遇到流血不止的情況就比較殘忍了，需要火烙使血管燒焦達到止血目的，因為沒有麻醉藥物，傷者需要忍著劇痛來療傷。
明軍中隨軍大夫很少，士卒們受傷了往往得不到有效治療，受重傷直接等死，受輕傷也有可能因為傷口感染而死，隻有軍官將領受傷才會有大夫快速趕來治療。
至於用針線縫合傷口，在明軍中基本上看不見。
相比於明軍，人民軍中的隨軍大夫很少，但衛生員數量很多，大夫是形容掌握一定醫術的人，而衛生員的僅僅掌握很少的醫學知識，主要是為受贍戰友療傷，用針線縫合傷口就是衛生員們需要掌握的最重要醫術。